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- PDB-5uqy: Crystal structure of Marburg virus GP in complex with the human s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uqy
タイトルCrystal structure of Marburg virus GP in complex with the human survivor antibody MR78
要素
  • (ENVELOPE GLYCOPROTEIN ...) x 2
  • MR78 Fab heavy chain
  • MR78 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / glycoprotein / viral protein / antibody / Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
TLV/ENV coat polyprotein / : / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Hashiguchi, T. / Fusco, M.L. / Hastie, K.M. / Bomholdt, Z.A. / Lee, J.E. / Flyak, A.I. / Matsuoka, R. / Kohda, D. / Yanagi, Y. / Hammel, M. ...Hashiguchi, T. / Fusco, M.L. / Hastie, K.M. / Bomholdt, Z.A. / Lee, J.E. / Flyak, A.I. / Matsuoka, R. / Kohda, D. / Yanagi, Y. / Hammel, M. / Crowe, J.E. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109762 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI089498 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI069347 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural basis for Marburg virus neutralization by a cross-reactive human antibody.
著者: Hashiguchi, T. / Fusco, M.L. / Bornholdt, Z.A. / Lee, J.E. / Flyak, A.I. / Matsuoka, R. / Kohda, D. / Yanagi, Y. / Hammel, M. / Crowe, J.E. / Saphire, E.O.
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年3月1日ID: 3X2D
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2
C: MR78 Fab light chain
D: MR78 Fab heavy chain
E: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1
F: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2
G: MR78 Fab light chain
H: MR78 Fab heavy chain
I: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1
J: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2
K: MR78 Fab light chain
L: MR78 Fab heavy chain
M: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1
N: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2
O: MR78 Fab light chain
P: MR78 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)412,48430
ポリマ－404,80216
非ポリマー7,68214
水00
1
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2
C: MR78 Fab light chain
D: MR78 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2
C: MR78 Fab light chain
D: MR78 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2
C: MR78 Fab light chain
D: MR78 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,36721
ポリマ－303,60212
非ポリマー5,7659
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area42380 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area88850 Å2
手法PISA
2
E: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1
F: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2
G: MR78 Fab light chain
H: MR78 Fab heavy chain
I: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1
J: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2
K: MR78 Fab light chain
L: MR78 Fab heavy chain
M: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1
N: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2
O: MR78 Fab light chain
P: MR78 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,36223
ポリマ－303,60212
非ポリマー5,76011
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39180 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area83470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.653, 204.653, 192.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

-
ENVELOPE GLYCOPROTEIN ... , 2種, 8分子 AEIMBFJN

#1: タンパク質
ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP1 / GP1 / 2 / GP / Virion spike glycoprotein


分子量: 27885.434 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 17-256, 426-435 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Ravn-87) (ウイルス)
株: Ravn-87 / 遺伝子: GP / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): S2 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q1PDC7
#2: タンパク質
ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP2 / GP1 / 2 / GP / Virion spike glycoprotein


分子量: 26137.631 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 436-637 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Ravn-87) (ウイルス)
株: Ravn-87 / 遺伝子: GP / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): S2 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q1PDC7

-
抗体 , 2種, 8分子 CGKODHLP

#3: 抗体
MR78 Fab light chain


分子量: 23307.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Hybridoma / Plasmid details: B cell hybrdoma
#4: 抗体
MR78 Fab heavy chain


分子量: 23869.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Hybridoma / Plasmid details: B cell hybrdoma

-
糖 , 6種, 14分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#10: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M NaCl, 0.05 M MES pH6.5, 13 % PEG4000, 0.5 % ethyl acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→130.53 Å / Num. obs: 52806 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.994 / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3.6→3.612 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 534 / Rsym value: 0.94 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CSY

3csy


解像度: 3.6→84.739 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 2674 5.07 %
Rwork0.2212 --
obs0.2233 52782 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→84.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20699 0 509 0 21208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53229644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.03112976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043690
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6004-3.66580.33771370.31142635X-RAY DIFFRACTION100
3.6658-3.73640.33671470.30182650X-RAY DIFFRACTION100
3.7364-3.81260.36661540.27522617X-RAY DIFFRACTION100
3.8126-3.89550.28341380.26512613X-RAY DIFFRACTION100
3.8955-3.98610.29341510.25222621X-RAY DIFFRACTION100
3.9861-4.08580.29141290.24882656X-RAY DIFFRACTION100
4.0858-4.19630.29411360.23382644X-RAY DIFFRACTION99
4.1963-4.31980.32231460.23612619X-RAY DIFFRACTION100
4.3198-4.45920.23961360.21632643X-RAY DIFFRACTION100
4.4592-4.61860.26371340.21782641X-RAY DIFFRACTION100
4.6186-4.80350.22981290.20452667X-RAY DIFFRACTION100
4.8035-5.0220.26051430.2132621X-RAY DIFFRACTION99
5.022-5.28680.25761390.21412622X-RAY DIFFRACTION100
5.2868-5.6180.26741550.20182647X-RAY DIFFRACTION100
5.618-6.05160.2581460.2042636X-RAY DIFFRACTION99
6.0516-6.66040.21821480.20162629X-RAY DIFFRACTION99
6.6604-7.62360.25831410.20472652X-RAY DIFFRACTION99
7.6236-9.60280.18031260.18942640X-RAY DIFFRACTION99
9.6028-84.76270.25471390.21372655X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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