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Yorodumi- PDB-4wj3: Crystal structure of the asparagine transamidosome from Pseudomon... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wj3 | ||||||
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Title | Crystal structure of the asparagine transamidosome from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE/RNA / transamidosome / aminoacyl-tRNA synthetase / GatCAB / tRNA / LIGASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate-tRNAAsn ligase / glutaminyl-tRNAGln biosynthesis via transamidation / aspartate-tRNA(Asn) ligase activity / asparaginyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolysing) / glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase complex / Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Carbon-nitrogen ligases with glutamine as amido-N-donor / glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / aspartate-tRNA ligase activity / aspartyl-tRNA aminoacylation ...aspartate-tRNAAsn ligase / glutaminyl-tRNAGln biosynthesis via transamidation / aspartate-tRNA(Asn) ligase activity / asparaginyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolysing) / glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase complex / Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Carbon-nitrogen ligases with glutamine as amido-N-donor / glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / aspartate-tRNA ligase activity / aspartyl-tRNA aminoacylation / regulation of translational fidelity / nucleic acid binding / translation / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.705 Å | ||||||
Authors | Suzuki, T. / Nakamura, A. / Kato, K. / Tanaka, I. / Yao, M. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Structure of the Pseudomonas aeruginosa transamidosome reveals unique aspects of bacterial tRNA-dependent asparagine biosynthesis Authors: Suzuki, T. / Nakamura, A. / Kato, K. / Soll, D. / Tanaka, I. / Sheppard, K. / Yao, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wj3.cif.gz | 2.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wj3.ent.gz | 2.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wj3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4wj3_validation.pdf.gz | 648.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4wj3_full_validation.pdf.gz | 787.4 KB | Display | |
Data in XML | 4wj3_validation.xml.gz | 223 KB | Display | |
Data in CIF | 4wj3_validation.cif.gz | 305.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/4wj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/4wj3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51912.508 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Gene: gatA, PA4483 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9HVT8, glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolysing) #2: Protein | Mass: 51236.820 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Gene: gatB, PA4484 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(de3) References: UniProt: Q9HVT7, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Carbon-nitrogen ligases with glutamine as amido-N-donor #3: Protein | Mass: 11557.967 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Gene: gatC, PA4482 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9HVT9, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Carbon-nitrogen ligases with glutamine as amido-N-donor #4: Protein | Mass: 67311.672 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Gene: aspS, PA0963 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(de3) / References: UniProt: Q51422, aspartate-tRNAAsn ligase #5: RNA chain | Mass: 24471.504 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / References: GenBank: 110227054 Has protein modification | N | Sequence details | THE C-TERMINAL RESIDUES FOR CHAINS B, E, H AND K HAVE ONLY WEAK ELECTRON DENSITY SO IT WAS NOT ...THE C-TERMINAL RESIDUES FOR CHAINS B, E, H AND K HAVE ONLY WEAK ELECTRON DENSITY SO IT WAS NOT POSSIBLE TO ACCURATELY | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: MES, lithium sulfate, PEG3350, hexammine cobalt(III) chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jan 23, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.7→48.12 Å / Num. obs: 96512 / % possible obs: 92.1 % / Redundancy: 2.6 % / Net I/σ(I): 6.36 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.9_1692) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Resolution: 3.705→46.769 Å / SU ML: 0.64 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 35.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.705→46.769 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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