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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9391
タイトルStructure of the assembled ATPase EscN in complex with its central stalk EscO from the enteropathogenic E. coli (EPEC) type III secretion system
マップデータAssembled ATPase EscN in complex with its central stalk EscO from the enteropathogenic E. coli (EPEC) type III secretion system
試料
  • 複合体: Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of central stalk EscO
    • タンパク質・ペプチド: Translocator EscN
    • タンパク質・ペプチド: EscO
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
  • リガンド: water
キーワードATPase / Type III Secretion System / ADP / hexamer / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type 3 secretion system ATPase SCTN / ATPase, type III secretion system, FliI/YscN / T3SS EscN ATPase, C-terminal / T3SS EscN ATPase C-terminal domain / : / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities ...Type 3 secretion system ATPase SCTN / ATPase, type III secretion system, FliI/YscN / T3SS EscN ATPase, C-terminal / T3SS EscN ATPase C-terminal domain / : / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
T3SS component / protein-secreting ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) / Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Majewski DD / Worrall LJ
資金援助 カナダ, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the homohexameric T3SS ATPase-central stalk complex reveals rotary ATPase-like asymmetry.
著者: Dorothy D Majewski / Liam J Worrall / Chuan Hong / Claire E Atkinson / Marija Vuckovic / Nobuhiko Watanabe / Zhiheng Yu / Natalie C J Strynadka /
要旨: Many Gram-negative bacteria, including causative agents of dysentery, plague, and typhoid fever, rely on a type III secretion system - a multi-membrane spanning syringe-like apparatus - for their ...Many Gram-negative bacteria, including causative agents of dysentery, plague, and typhoid fever, rely on a type III secretion system - a multi-membrane spanning syringe-like apparatus - for their pathogenicity. The cytosolic ATPase complex of this injectisome is proposed to play an important role in energizing secretion events and substrate recognition. We present the 3.3 Å resolution cryo-EM structure of the enteropathogenic Escherichia coli ATPase EscN in complex with its central stalk EscO. The structure shows an asymmetric pore with different functional states captured in its six catalytic sites, details directly supporting a rotary catalytic mechanism analogous to that of the heterohexameric F/V-ATPases despite its homohexameric nature. Situated at the C-terminal opening of the EscN pore is one molecule of EscO, with primary interaction mediated through an electrostatic interface. The EscN-EscO structure provides significant atomic insights into how the ATPase contributes to type III secretion, including torque generation and binding of chaperone/substrate complexes.
履歴
登録2019年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2019年2月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6njp
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9391.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9391.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Assembled ATPase EscN in complex with its central stalk EscO from the enteropathogenic E. coli (EPEC) type III secretion system
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 200 pix.
= 204. Å		1.02 Å/pix.
x 200 pix.
= 204. Å		1.02 Å/pix.
x 200 pix.
= 204. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.15345424 - 0.29047865
平均 (標準偏差)0.0010767479 (±0.01008855)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 204.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z204.000204.000204.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1530.2900.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of cen...

全体名称: Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of central stalk EscO
要素
  • 複合体: Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of central stalk EscO
    • タンパク質・ペプチド: Translocator EscN
    • タンパク質・ペプチド: EscO
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of cen...

超分子名称: Homohexameric complex of ATPase EscN bound to one molecule of central stalk EscO
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)

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分子 #1: Translocator EscN

分子名称: Translocator EscN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC
分子量理論値: 49.196566 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSHMISEHDS VLEKYPRIQK VLNSTVPALS LNSSTRYEGK IINIGGTIIK ARLPKARIGA FYKIEPSQRL AEVIAIDEDE VFLLPFEHV SGMYCGQWLS YQGDEFKIRV GDALLGRLID GIGRPMESNI VAPYLPFERS LYAEPPDPLL RQVIDQPFIL G VRAIDGLL ...文字列:
GSHMISEHDS VLEKYPRIQK VLNSTVPALS LNSSTRYEGK IINIGGTIIK ARLPKARIGA FYKIEPSQRL AEVIAIDEDE VFLLPFEHV SGMYCGQWLS YQGDEFKIRV GDALLGRLID GIGRPMESNI VAPYLPFERS LYAEPPDPLL RQVIDQPFIL G VRAIDGLL TCGIGQRIGI FAGSGVGKST LLGMICNGAS ADIIVLALIG ERGREVNEFL ALLPQSTLSK CVLVVTTSDR PA LERMKAA FTATTIAEYF RDQGKNVLLM MDSVTRYARA ARDVGLASGE PDVRGGFPPS VFSSLPKLLE RAGPAPKGSI TAI YTVLLE SDNVNDPIGD EVRSILDGHI VLTRELAEEN HFPAIDIGLS ASRVMHNVVT SEHLRAAAEC KKLIATYKNV ELLI RIGEY TMGQDPEADK AIKNRKLIQN FIQQSTKDIS SYEKTIESLF KVVA

UniProtKB: protein-secreting ATPase

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分子 #2: EscO

分子名称: EscO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC
分子量理論値: 14.971122 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GSHMLDRILS IRKSRANRLR ESMAKINSQI KEVDGKLDDC EQSIKESIAS KQAYCASLVN LDKVSLYKYQ IKNNAFDEQK QRLYEKKSS LSKEKRSLLD SQKRTKENLQ HVNKSVEKLS FAIKEHYFD

UniProtKB: T3SS component

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 21 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.34 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 57.67 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 600000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 55000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2obm

chain_id: A, residue_range: 102-446, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5b0o

chain_id: A, residue_range: 26-97, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細phenix.real_space_refine
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6njp:
Structure of the assembled ATPase EscN in complex with its central stalk EscO from the enteropathogenic E. coli (EPEC) type III secretion system

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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