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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8670 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of MsbA with lipid A in POPG nanodisc | |||||||||
マップデータ | MsbA with lipid A in POPG nanodisc filtered to 4.5 A and with -220 B-factor sharpening | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Mi W / Walz T / Liao M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structural basis of MsbA-mediated lipopolysaccharide transport. 著者: Wei Mi / Yanyan Li / Sung Hwan Yoon / Robert K Ernst / Thomas Walz / Maofu Liao / 要旨: Lipopolysaccharide (LPS) in the outer membrane of Gram-negative bacteria is critical for the assembly of their cell envelopes. LPS synthesized in the cytoplasmic leaflet of the inner membrane is ...Lipopolysaccharide (LPS) in the outer membrane of Gram-negative bacteria is critical for the assembly of their cell envelopes. LPS synthesized in the cytoplasmic leaflet of the inner membrane is flipped to the periplasmic leaflet by MsbA, an ATP-binding cassette transporter. Despite substantial efforts, the structural mechanisms underlying MsbA-driven LPS flipping remain elusive. Here we use single-particle cryo-electron microscopy to elucidate the structures of lipid-nanodisc-embedded MsbA in three functional states. The 4.2 Å-resolution structure of the transmembrane domains of nucleotide-free MsbA reveals that LPS binds deep inside MsbA at the height of the periplasmic leaflet, establishing extensive hydrophilic and hydrophobic interactions with MsbA. Two sub-nanometre-resolution structures of MsbA with ADP-vanadate and ADP reveal an unprecedented closed and an inward-facing conformation, respectively. Our study uncovers the structural basis for LPS recognition, delineates the conformational transitions of MsbA to flip LPS, and paves the way for structural characterization of other lipid flippases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8670.map.gz | 14.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8670-v30.xml emd-8670.xml | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8670_fsc.xml | 6.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8670.png | 50.6 KB | ||
その他 | emd_8670_additional.map.gz | 11.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8670 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8670 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8670_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8670_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8670_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8670 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8670 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | MsbA with lipid A in POPG nanodisc filtered to 4.5 A and with -220 B-factor sharpening | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Map with no filtering or sharpening
ファイル | emd_8670_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Map with no filtering or sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : MsbA with lipid A in POPG nanodisc
全体 | 名称: MsbA with lipid A in POPG nanodisc |
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要素 |
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-超分子 #1: MsbA with lipid A in POPG nanodisc
超分子 | 名称: MsbA with lipid A in POPG nanodisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: MsbA expressed from special E.coli strain ClearColi (which has no LPS), mixed with lipid A and reconstituted into POPG nanodisc |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 組換株: ClearColi |
-分子 #1: MsbA with lipid A in POPG nanodisc
分子 | 名称: MsbA with lipid A in POPG nanodisc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIDDD DKHMHNDKDL STWQTFRRLW PTIAPFKAGL IVAGVALILN AASDTFMLSL LKPLLDDGFG KTDRSVLVWM PLVVIGLMIL RGITSYVSSY CISWVSGKVV MTMRRRLFGH MMGMPVSFFD KQSTGTLLSR ITYDSEQVAS SSSGALITVV ...文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIDDD DKHMHNDKDL STWQTFRRLW PTIAPFKAGL IVAGVALILN AASDTFMLSL LKPLLDDGFG KTDRSVLVWM PLVVIGLMIL RGITSYVSSY CISWVSGKVV MTMRRRLFGH MMGMPVSFFD KQSTGTLLSR ITYDSEQVAS SSSGALITVV REGASIIGLF IMMFYYSWQL SIILIVLAPI VSIAIRVVSK RFRNISKNMQ NTMGQVTTSA EQMLKGHKEV LIFGGQEVET KRFDKVSNRM RLQGMKMVSA SSISDPIIQL IASLALAFVL YAASFPSVMD SLTAGTITVV FSSMIALMRP LKSLTNVNAQ FQRGMAACQT LFTILDSEQE KDEGKRVIER ATGDVEFRNV TFTYPGRDVP ALRNINLKIP AGKTVALVGR SGSGKSTIAS LITRFYDIDE GEILMDGHDL REYTLASLRN QVALVSQNVH LFNDTVANNI AYARTEQYSR EQIEEAARMA YAMDFINKMD NGLDTVIGEN GVLLSGGQRQ RIAIARALLR DSPILILDEA TSALDTESER AIQAALDELQ KNRTSLVIAH RLSTIEKADE IVVVEDGVIV ERGTHNDLLE HRGVYAQLHK MQFGQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 7.2 sec. / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |