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万見
- EMDB-8646: Locally-refined cryo-EM structure of the small ribosomal subunit ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8646
タイトルLocally-refined cryo-EM structure of the small ribosomal subunit from Mycobacterium tuberculosis
マップデータsmall ribosomal subunit from Mycobacterium tuberculosis
試料
  • 複合体: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid ...Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS19 ...Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS12
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Yang K / Chang J-Y / Cui Z / Zhang J
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Structural insights into species-specific features of the ribosome from the human pathogen Mycobacterium tuberculosis.
著者: Kailu Yang / Jeng-Yih Chang / Zhicheng Cui / Xiaojun Li / Ran Meng / Lijun Duan / Jirapat Thongchol / Joanita Jakana / Christoph M Huwe / James C Sacchettini / Junjie Zhang /
要旨: Ribosomes from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) possess species-specific ribosomal RNA (rRNA) expansion segments and ribosomal proteins (rProtein). Here, we present the near-atomic structures of the ...Ribosomes from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) possess species-specific ribosomal RNA (rRNA) expansion segments and ribosomal proteins (rProtein). Here, we present the near-atomic structures of the Mtb 50S ribosomal subunit and the complete Mtb 70S ribosome, solved by cryo-electron microscopy. Upon joining of the large and small ribosomal subunits, a 100-nt long expansion segment of the Mtb 23S rRNA, named H54a or the 'handle', switches interactions from with rRNA helix H68 and rProtein uL2 to with rProtein bS6, forming a new intersubunit bridge 'B9'. In Mtb 70S, bridge B9 is mostly maintained, leading to correlated motions among the handle, the L1 stalk and the small subunit in the rotated and non-rotated states. Two new protein densities were discovered near the decoding center and the peptidyl transferase center, respectively. These results provide a structural basis for studying translation in Mtb as well as developing new tuberculosis drugs.
履歴
登録2017年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月19日-
マップ公開2017年9月20日-
更新2017年11月1日-
現状2017年11月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8646.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈small ribosomal subunit from Mycobacterium tuberculosis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 320 pix.
= 400. Å		1.25 Å/pix.
x 320 pix.
= 400. Å		1.25 Å/pix.
x 320 pix.
= 400. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.023464333 - 0.06367067
平均 (標準偏差)0.00022104236 (±0.002154457)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 400.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.251.251.25
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.000400.000400.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0230.0640.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis

全体名称: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis
要素
  • 複合体: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis

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超分子 #1: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis

超分子名称: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#51
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.27 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 184330
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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