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- EMDB-8510: Negative-stain electron microscopy reconstructions of a dimodular... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8510
タイトルNegative-stain electron microscopy reconstructions of a dimodular nonribosomal peptide synthetase
マップデータdimodular nonribosomal peptide synthetase
試料
  • 複合体: Dimodule of DhbF, a bacillibactin-synthesizing nonribosomal peptide synthetase
    • タンパク質・ペプチド: DhbF
生物種Anoxybacillus kamchatkensis G10 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.8 Å
データ登録者Haque AS / Bui KH / Schmeing TM
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: X-Ray Crystallography and Electron Microscopy of Cross- and Multi-Module Nonribosomal Peptide Synthetase Proteins Reveal a Flexible Architecture.
著者: Michael J Tarry / Asfarul S Haque / Khanh Huy Bui / T Martin Schmeing /
要旨: Nonribosomal peptide synthetases (NRPS) are macromolecular machines that produce peptides with diverse activities. Structural information exists for domains, didomains, and even modules, but little ...Nonribosomal peptide synthetases (NRPS) are macromolecular machines that produce peptides with diverse activities. Structural information exists for domains, didomains, and even modules, but little is known about higher-order organization. We performed a multi-technique study on constructs from the dimodular NRPS DhbF. We determined a crystal structure of a cross-module construct including the adenylation (A) and peptidyl carrier protein (PCP) domains from module 1 and the condensation domain from module 2, complexed with an adenosine-vinylsulfonamide inhibitor and an MbtH-like protein (MLP). The action of the inhibitor and the role of the MLP were investigated using adenylation reactions and isothermal titration calorimetry. In the structure, the PCP and A domains adopt a novel conformation, and noncovalent, cross-module interactions are limited. We calculated envelopes of dimodular DhbF using negative-stain electron microscopy. The data show large conformational variability between modules. Together, our results suggest that NRPSs lack a uniform, rigid supermodular architecture.
履歴
登録2016年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月8日-
マップ公開2018年1月31日-
更新2018年1月31日-
現状2018年1月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0998
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0998
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8510_1.png

emd_8510_2.png

emd_8510_3.png

emd_8510_4.png

emd_8510_5.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈dimodular nonribosomal peptide synthetase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.21 Å/pix.
x 150 pix.
= 331.5 Å		2.21 Å/pix.
x 150 pix.
= 331.5 Å		2.21 Å/pix.
x 150 pix.
= 331.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.21 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0998 / ムービー #1: 0.0998
最小 - 最大-0.07216961 - 0.22747496
平均 (標準偏差)0.00076288334 (±0.019974325)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 331.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.212.212.21
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z331.500331.500331.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0720.2270.001

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添付データ

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追加マップ: dimodular nonribosomal peptide synthetase, additional map #1

ファイルemd_8510_additional_1.map
注釈dimodular nonribosomal peptide synthetase, additional map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: dimodular nonribosomal peptide synthetase, additional map #2

ファイルemd_8510_additional_2.map
注釈dimodular nonribosomal peptide synthetase, additional map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: dimodular nonribosomal peptide synthetase, additional map #3

ファイルemd_8510_additional_3.map
注釈dimodular nonribosomal peptide synthetase, additional map #3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: dimodular nonribosomal peptide synthetase, additional map #4

ファイルemd_8510_additional_4.map
注釈dimodular nonribosomal peptide synthetase, additional map #4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimodule of DhbF, a bacillibactin-synthesizing nonribosomal pepti...

全体名称: Dimodule of DhbF, a bacillibactin-synthesizing nonribosomal peptide synthetase
要素
  • 複合体: Dimodule of DhbF, a bacillibactin-synthesizing nonribosomal peptide synthetase
    • タンパク質・ペプチド: DhbF

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超分子 #1: Dimodule of DhbF, a bacillibactin-synthesizing nonribosomal pepti...

超分子名称: Dimodule of DhbF, a bacillibactin-synthesizing nonribosomal peptide synthetase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Anoxybacillus kamchatkensis G10 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pBACtandem
分子量理論値: 238 KDa

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分子 #1: DhbF

分子名称: DhbF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Anoxybacillus kamchatkensis G10 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ASMNQRLRLP LSGAQAGIWF AQQLDPANPI YNTGEYVEIH GPVDPARFEQ ALRHVLVQAE SLHAQFGED ENGPWQIIDP SPDFPFYFID VSTAANPESE ALFWMKKDLS KPVDLKCDPL F TEALFKLS DQRFFWYQRI HHIAIDGFGF SLIAQKVAET YTALMNDRMI ...文字列:
ASMNQRLRLP LSGAQAGIWF AQQLDPANPI YNTGEYVEIH GPVDPARFEQ ALRHVLVQAE SLHAQFGED ENGPWQIIDP SPDFPFYFID VSTAANPESE ALFWMKKDLS KPVDLKCDPL F TEALFKLS DQRFFWYQRI HHIAIDGFGF SLIAQKVAET YTALMNDRMI AADEAFASFR EV IEEEKVY HASEQYERDR QFWLERFRDQ PEAVSLSDRA ARASHTFIRK TVHLSVAQTE RLK QSTQYW KAGWHELFLA ATALYLHRLT SATDVILGLP MMNRLGSVAL NVPAMVMNLV PFRL HLHAD MKMSQLLSAV RQEIKEIKQH HKYRHEQLRR DLKLLGENQR LFGVQVNIMP FDYGL HFDG YQGITHNLSA GPVDDLAINV YDRTDGNGLR IDFDANPEIY QADDLAIHQS RFLQIL EML TVLQEDVTIG SVELLLEQER RQVLEIWNET ARHHSEASFL QLFEKQAQQH PEAMAVI CE NQMLRYQELN EQANRLAHLL VEKGAGPEQY VALALPRSAD MVIAMLAVLK AGAAYLPI D PEYPKERLAF MLDDAEPLCI ITNSATQPKL SAISPLSMIV LDHPETEEAI KRYPSTNVE NGRSALHPAY VIYTSGSTGK PKGVVVPFQN LNNFLFAMQD KFMLNERDRW LAVTTIAFDI AALEIFLPL MSGARLIVAK KEAIHDPQTL AALISNEEIT IMQATPTLWH MLVTYHPDSI A GLRVLVGG EALPSSLASA LDQLGCEITN LYGPTETTIW STMATLQQDD IVAPVIGKPI WN TQVYVLD RHLQPVPPGV AGELYIAGEG VARGYLKRPD LTAERFVANP YGPPGSRMYR TGD LVRWRK DGSLDYIGRV DYQVKLRGFR IEIGEIEAIL TKYDEVERAV VVAREDQPGA PRLV AYLIP RGSKGALDLA ELRLYVSEKL PDYMVPSAFM ILEEFPLTPN GKIDRKALPV PDWTV TMKG RKPRTPQEEI LCELFAEVLD LSAVGIDDNF FELGGHSLLA ARLISRIRDV LGVELA IGK LFESPTVASL VHHLKEAAHG KPPVKAYAHK DEIPLSFAQR RLWFLHHLEG PSPTYNI PV VVHLTGALQI AALRQALYDV VERHETLRTI FPDRSGTSRQ IVLEPHQARP ELIVQEIS E NELSRVLNEA VRYSFDLAKE PPIRAQLFVL GENRYVLLLL MHHIAADGWS LTPLTRDLA SAYQAHCQQQ KVDWPPLPVT YADYALWQQE FLGNENHPDH LIAKQLDYWK QTLADLPEEL EWSTDYPRP AESSYEGGVV EFKLDAELHQ RLLALARENK TSLFMVLQAG FAALLTRLGA G TDIPIGSP IAGRNDDALE DLVGMFINTL VLRMDTSGNP SFRELLARVK QVNLSAYENQ DL PFERLVE VLNPVRSRAK HPLFQVMFVF QNTPEPKLEL QGLESRLEVR SVGSAKFDLT LEL RENRMG DGSPAGLIGL FEYSRDLFQQ ETVERFAKRL CQLLKEVVTN PELPIGQIHM LLPE ERKLL LNQAEHRQRH LSAETLPALF EKQVQRVPDA TAVVFEDQKL SYAELNKKAN QLAHF LISK GVGPERVVAL ALPRSLEMVI GILAVLKAGG AYLPLDPNYP EDRIAYMMED AQPMYV IAN QQMAVKLPHT PNVEHIVVDA EHVVGQIGHY PETNPNDADR IEALSPYHMA YIIYTSG ST GKPKGVMIPH QNVVRLFRST EHWFQFSEND SWTLFHSYAF DFSVWEIWGP FLYGGRLV V VPHHVSRSPK EFLQLLVEQN VTVLNQTPSA FYQLMQADRE NSEWSKQLSL RFVIFGGEA LELSRLEDWY ERHPENQPKL INMYGITETT VHVSYIELDR TILSLKGNSL IGCSIPDLEV YVLDDQLQP VPPGVIGEMY VAGAGLARGY LGRPDLTAER FIANPFGPPG SRMYRTGDLA K WRVDGTLD YIGRADHQVK IRGYRIELGE IEAVLAKHPQ IAQVAVIVRE DQPGDKRLVA YI VPAKDAV FESSELRKYV AASLPDYMIP SAFVMIEALP LTPNGKLDRK ALPMPDLAIE VNG RGPRTP QEEMLCDLFM EILRLPRVGI DDGFFELGGH SLLAVQLMSR IRETFGVELS IGDL FEAPT VAGLAEKLEM GSS

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium Chloride
10.0 %C3H8O3Glycerol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 7.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 12.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 56000
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 8425 / Random conical tilt - Tilt angle: 60 degrees
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 16595
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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