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万見
- PDB-4h6b: Structural basis for allene oxide cyclization in moss -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h6b
タイトルStructural basis for allene oxide cyclization in moss
要素Allene oxide cyclase
キーワードISOMERASE / B-barrel / Oxylipins / fatty acid / metabolites / allene-oxide cyclase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Allene oxide cyclase / Allene oxide cyclase superfamily / Allene oxide cyclase / AOC barrel-like / Allene oxide cyclase-like / Allene oxide cyclase/Dirigent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-10X / Chem-10Y / HEXANE-1,6-DIOL / PHOSPHATE ION / allene-oxide cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrella patens (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Neumann, P. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Physcomitrella patens AOC1 and AOC2: Insights into the Enzyme Mechanism and Differences in Substrate Specificity.
著者: Neumann, P. / Brodhun, F. / Sauer, K. / Herrfurth, C. / Hamberg, M. / Brinkmann, J. / Scholz, J. / Dickmanns, A. / Feussner, I. / Ficner, R.
履歴
登録2012年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allene oxide cyclase
D: Allene oxide cyclase
C: Allene oxide cyclase
B: Allene oxide cyclase
E: Allene oxide cyclase
F: Allene oxide cyclase
G: Allene oxide cyclase
H: Allene oxide cyclase
I: Allene oxide cyclase
J: Allene oxide cyclase
K: Allene oxide cyclase
L: Allene oxide cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,97750
ポリマ－253,13912
非ポリマー4,83838
水46,3172571
1
A: Allene oxide cyclase
D: Allene oxide cyclase
C: Allene oxide cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,58512
ポリマ－63,2853
非ポリマー1,3009
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
2
B: Allene oxide cyclase
E: Allene oxide cyclase
F: Allene oxide cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,74015
ポリマ－63,2853
非ポリマー1,45512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
3
G: Allene oxide cyclase
H: Allene oxide cyclase
I: Allene oxide cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,38512
ポリマ－63,2853
非ポリマー1,1019
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area21850 Å2
手法PISA
4
J: Allene oxide cyclase
K: Allene oxide cyclase
L: Allene oxide cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,26711
ポリマ－63,2853
非ポリマー9828
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.420, 67.513, 161.879
Angle α, β, γ (deg.)84.36, 79.15, 62.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ADCBEFGHIJKL

#1: タンパク質
Allene oxide cyclase


分子量: 21094.898 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GST N-terminal fusion / 由来: (組換発現) Physcomitrella patens (植物) / 遺伝子: aoc, aoc1 / プラスミド: pGEX-6-P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GS38, allene-oxide cyclase

-
非ポリマー , 5種, 2609分子

#2: 化合物 ChemComp-10X / (9Z)-11-{(2S,3S)-3-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]oxiran-2-yl}undec-9-enoic acid


分子量: 294.429 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30O3
#3: 化合物 ChemComp-10Y / (9Z)-11-{(2R,3S)-3-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]oxiran-2-yl}undec-9-enoic acid


分子量: 294.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30O3
#4: 化合物...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 292 K / pH: 4.2
詳細: Hampton Magic Screen condition no. 49 containing 20 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M Na3PO4, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→19.85 Å / Num. obs: 505495 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 23.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.35→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 84.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DIO

2dio


解像度: 1.35→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.0513 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: MEDIUM NCS RESTRAINS HAVE BEEN USED AT THE EARLY STAGES OF REFINEMENT AND HAVE BEEN RELEASED FOR VARIABLE PARTS OF THE AOCS MONOMERS WHERE APPROPRIATE. THE FINAL REFINEMENT STEPS HAVE BEEN ...詳細: MEDIUM NCS RESTRAINS HAVE BEEN USED AT THE EARLY STAGES OF REFINEMENT AND HAVE BEEN RELEASED FOR VARIABLE PARTS OF THE AOCS MONOMERS WHERE APPROPRIATE. THE FINAL REFINEMENT STEPS HAVE BEEN APPLIED WITHOUT ANY NCS RESTRAINTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 25280 5 %THIN SHELLS (NCS)
Rwork0.141 ---
obs0.143 480301 92.8 %-
all-505495 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.29 Å20.95 Å20.48 Å2
2---0.11 Å2-0.34 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16824 0 300 2571 19695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0217917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.9824359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29152215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.43224.036778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.546152693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6791552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.371317917
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.89752571
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.957517401
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 1428 -
Rwork0.267 27129 -
obs--71.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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