PDB-4h69: Crystal Structure of the Allene Oxide Cyclase 2 from Physcomitrel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h69

タイトル

Crystal Structure of the Allene Oxide Cyclase 2 from Physcomitrella patens complexed with substrate analog

要素

Allene oxide cyclase

キーワード

ISOMERASE / B-barrel / Oxylipins / fatty acid / metabolites / allene-oxide cyclase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast
類似検索 - 分子機能

生物種

Physcomitrella patens (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Neumann, P. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Physcomitrella patens AOC1 and AOC2: Insights into the Enzyme Mechanism and Differences in Substrate Specificity.
著者: Neumann, P. / Brodhun, F. / Sauer, K. / Herrfurth, C. / Hamberg, M. / Brinkmann, J. / Scholz, J. / Dickmanns, A. / Feussner, I. / Ficner, R.

履歴

登録	2012年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Database references
改定 1.2	2019年9月4日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h69.cif.gz	444.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h69.ent.gz	367.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h6aC 4h6bC 4h6cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h6a-1 4jx1-2 1zj8-1 1zj9-2 5ehs-d 4jx1-3 6iyl-1 2zpn-d 4jx1-4 4jwu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Allene oxide cyclase

B: Allene oxide cyclase

C: Allene oxide cyclase

D: Allene oxide cyclase

E: Allene oxide cyclase

F: Allene oxide cyclase

ヘテロ分子

128 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Allene oxide cyclase

B: Allene oxide cyclase

D: Allene oxide cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Allene oxide cyclase

E: Allene oxide cyclase

F: Allene oxide cyclase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.414, 115.570, 87.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Allene oxide cyclase 分子量: 20964.643 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GST-N-terminal fusion / 由来: (組換発現) Physcomitrella patens (植物) / 遺伝子: aoc2 / プラスミド: pGEX-6-P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8H0N6, allene-oxide cyclase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-10Y / (9Z)-11-{(2R,3S)-3-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]oxiran-2-yl}undec-9-enoic acid 分子量: 294.429 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 914 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12 % to 14 % (w/v) PEG 4000, 0.25 M (NH4)2SO4, 10 % (w/v) isopropanol and 0.1 M HEPES-KOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE, / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→19.759 Å / Num. all: 90899 / Num. obs: 90899 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.916 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.42

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.1	0.541	2.55	43807	12378	1	99.9
2.1-2.2	0.472	3.34	36188	10214	1	100
2.2-2.3	0.333	4.48	30135	8526	1	99.9
2.3-2.4	0.267	5.39	25225	7153	1	99.9
2.4-2.83	0.173	7.44	71956	20514	1	99.8
2.83-3.26	0.088	12.19	37924	11098	1	99.7
3.26-3.69	0.066	15.46	21680	6502	1	99.5
3.69-4.12	0.055	18.26	13489	4086	1	99.3
4.12-4.55	0.047	21.39	8894	2693	1	99.3
4.55-10	0.042	24.34	23844	7075	1	99.6
10-20	0.024	32.03	2185	660	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AOC1 from Physcomytrella patens

解像度: 2→19.759 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / FOM work R set: 0.8445 / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): -3 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: MEDIUM NCS RESTRAINS HAVE BEEN USED AT THE EARLY STAGES OF REFINEMENT AND HAVE BEEN RELEASED FOR VARIABLE PARTS OF THE AOCS MONOMERS WHERE APPROPRIATE. THE FINAL REFINEMENT STEPS HAVE BEEN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2268	4546	5 %	thin shells (NCS)
R_work	0.1941	-	-	-
obs	0.1958	90861	99.75 %	-
all	-	90899	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.564 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.96 Å² / B_iso mean: 30.8267 Å² / B_iso min: 7.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.3206 Å²	-0 Å²	-4.5287 Å²
2-	-	-1.8111 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.5095 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.759 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8469	0	131	914	9514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8897
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	12057
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1585
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.925	3291

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3074	151	0.2717	2864	3015	100
2.0227-2.0465	0.3208	152	0.2638	2883	3035	100
2.0465-2.0714	0.2764	153	0.2493	2905	3058	100
2.0714-2.0976	0.2925	151	0.2419	2860	3011	100
2.0976-2.1252	0.2684	151	0.2392	2877	3028	100
2.1252-2.1542	0.3129	150	0.2386	2854	3004	100
2.1542-2.185	0.2767	151	0.2282	2855	3006	100
2.185-2.2176	0.2767	152	0.2164	2900	3052	100
2.2176-2.2522	0.244	149	0.2045	2820	2969	100
2.2522-2.289	0.2519	153	0.2134	2911	3064	100
2.289-2.3284	0.2442	150	0.2121	2843	2993	100
2.3284-2.3707	0.2659	152	0.2056	2898	3050	100
2.3707-2.4162	0.2546	152	0.2108	2876	3028	100
2.4162-2.4655	0.2428	150	0.2138	2855	3005	100
2.4655-2.519	0.2565	152	0.2064	2887	3039	100
2.519-2.5774	0.2731	151	0.2024	2864	3015	100
2.5774-2.6418	0.235	153	0.2088	2916	3069	100
2.6418-2.713	0.2334	150	0.2002	2840	2990	100
2.713-2.7926	0.2067	152	0.1891	2887	3039	100
2.7926-2.8825	0.238	151	0.197	2872	3023	100
2.8825-2.9852	0.2274	152	0.1991	2882	3034	100
2.9852-3.1043	0.2151	151	0.1936	2881	3032	100
3.1043-3.245	0.2296	151	0.1964	2855	3006	100
3.245-3.4152	0.2113	151	0.189	2882	3033	99
3.4152-3.628	0.2002	153	0.1856	2895	3048	99
3.628-3.9061	0.1915	149	0.1754	2843	2992	99
3.9061-4.2955	0.2051	153	0.1595	2889	3042	99
4.2955-4.9088	0.1483	152	0.1424	2898	3050	100
4.9088-6.1534	0.2029	153	0.1758	2896	3049	99
6.1534-19.7595	0.2418	155	0.2006	2927	3082	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5716	-0.1854	0.1843	1.4292	-0.1535	1.7411	0.0276	0.039	0.0407	-0.0496	0.0441	-0.0016	-0.1222	-0.0728	-0.0196	0.0054	0.0413	0.0408	-0.0188	0.0031	0.0137	28.7461	0.2021	32.0292
2	1.3356	-0.2661	-0.2001	1.97	-0.3604	1.1549	0.0824	0.0146	-0.0287	-0.1383	-0.0172	0.0026	0.1281	0.0545	-0.0483	0.044	0.0226	0.0076	-0.0065	0.0053	-0.0047	36.5405	-24.1134	39.1667
3	1.3525	-0.2154	-0.3832	1.6556	0.0449	1.1424	-0.0016	-0.0738	-0.0068	0.0974	-0.0012	0.0092	-0.0138	-0.0247	0.01	-0.0552	0.085	0.0089	-0.1569	-0.0643	-0.1373	54.2433	-40.9461	12.8253
4	1.8062	-0.0632	-0.3626	1.8598	0.0935	1.5849	-0.0128	-0.1975	-0.1061	0.2301	0.0287	0.3272	0.0503	-0.3543	0.0103	0.0757	0.0066	0.07	0.1979	0.0803	0.1262	16.5832	-11.7184	51.691
5	1.2798	0.3118	0.0488	0.9592	0.2041	1.5185	0.0155	0.0757	-0.1619	-0.0306	0.0616	-0.0938	0.1979	0.0756	-0.0586	0.1104	0.0515	-0.0528	-0.0577	-0.0749	-0.0096	60.6324	-59.4717	-5.509
6	1.7261	-0.0092	-0.1447	1.8225	-0.0365	1.7156	0.0675	0.0151	0.1665	-0.0441	0.0647	-0.1975	-0.1805	0.2005	-0.0464	-0.056	-0.0487	-0.0221	-0.1648	-0.0625	-0.0603	73.6386	-36.9699	-4.8252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	-4 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	-4 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	-4 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	-4 - 188
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	-4 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	-4 - 188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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