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Yorodumi- PDB-4h69: Crystal Structure of the Allene Oxide Cyclase 2 from Physcomitrel... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4h69 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Allene Oxide Cyclase 2 from Physcomitrella patens complexed with substrate analog | ||||||
Components | Allene oxide cyclase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / B-barrel / Oxylipins / fatty acid / metabolites / allene-oxide cyclase activity | ||||||
Function / homology | Function and homology information allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Physcomitrella patens (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
Citation | Journal: Plant Physiol. / Year: 2012 Title: Crystal Structures of Physcomitrella patens AOC1 and AOC2: Insights into the Enzyme Mechanism and Differences in Substrate Specificity. Authors: Neumann, P. / Brodhun, F. / Sauer, K. / Herrfurth, C. / Hamberg, M. / Brinkmann, J. / Scholz, J. / Dickmanns, A. / Feussner, I. / Ficner, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4h69.cif.gz | 444.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4h69.ent.gz | 367.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4h69.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4h69_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4h69_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 4h69_validation.xml.gz | 54.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4h69_validation.cif.gz | 76.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/4h69 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20964.643 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GST-N-terminal fusion / Source: (gene. exp.) Physcomitrella patens (plant) / Gene: aoc2 / Plasmid: pGEX-6-P-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8H0N6, allene-oxide cyclase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-10Y / ( #4: Chemical | ChemComp-IPA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 55 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 12 % to 14 % (w/v) PEG 4000, 0.25 M (NH4)2SO4, 10 % (w/v) isopropanol and 0.1 M HEPES-KOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 22, 2008 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE, / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→19.759 Å / Num. all: 90899 / Num. obs: 90899 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.916 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: AOC1 from Physcomytrella patens Resolution: 2→19.759 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / FOM work R set: 0.8445 / SU ML: 0.57 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): -3 / Phase error: 23.16 / Stereochemistry target values: ML Details: MEDIUM NCS RESTRAINS HAVE BEEN USED AT THE EARLY STAGES OF REFINEMENT AND HAVE BEEN RELEASED FOR VARIABLE PARTS OF THE AOCS MONOMERS WHERE APPROPRIATE. THE FINAL REFINEMENT STEPS HAVE BEEN ...Details: MEDIUM NCS RESTRAINS HAVE BEEN USED AT THE EARLY STAGES OF REFINEMENT AND HAVE BEEN RELEASED FOR VARIABLE PARTS OF THE AOCS MONOMERS WHERE APPROPRIATE. THE FINAL REFINEMENT STEPS HAVE BEEN APPLIED WITHOUT ANY NCS RESTRAINTS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.564 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.96 Å2 / Biso mean: 30.8267 Å2 / Biso min: 7.34 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→19.759 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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