[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4gw9: Structure of a bacteriophytochrome and light-stimulated protomer ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gw9 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of a bacteriophytochrome and light-stimulated protomer swapping with a gene repressor | |||||||||
![]() | bacteriophytochrome | |||||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / PHOTORECEPTOR / PAS/PAC SENSOR / BACTERIOPBHYTOCHROME / BACTERIOPHYTOCHROME PHOTOSENSORY AND C-TERMINAL OUTPUT TRANSDUCING DOMAINS / GENE REPRESSOR RPPPSR2 / photosensory core domain and PAS/PAC domain / Light signaling / PpsR2 | |||||||||
Function / homology | ![]() detection of visible light / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bellini, D. / Papiz, M.Z. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structure of a bacteriophytochrome and light-stimulated protomer swapping with a gene repressor. Authors: Bellini, D. / Papiz, M.Z. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 981 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 847.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 113.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 149.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 72958.180 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: N-terminal 70 kDa fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: CGA009 / Gene: RPA1537 / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-BLA / #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE FULL LENGTH PROTEIN WITH N-HIS6TAG-(1-730) WAS EXPRESSED. HOWEVER, RESIDUES 636-730 WERE LOST ...THE FULL LENGTH PROTEIN WITH N-HIS6TAG-(1-730) WAS EXPRESSED. HOWEVER, RESIDUES 636-730 WERE LOST DURING PURIFICATI | Source details | THE PROTEIN SOURCE IS RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS, STRAIN CGA009 AND THE GENE IS RPA1537. THIS GENE ...THE PROTEIN SOURCE IS RHODOPSEUD | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.69 Å3/Da / Density % sol: 66.7 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: PROTEIN CONCENTRATION 20 MG/ML, 4% POLY-GAMMA-GLUTAMIC ACID POLYMER, 100 MM TRISHCL PH 8, 0.4 M NIACINAMIDE, 200 MM KBR, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source |
| ||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 24, 2011 | ||||||||||||||||||
Radiation |
| ||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→74 Å / Num. obs: 97789 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.4 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.87 Å / Redundancy: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 96.4 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.01 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.972 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|