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万見
- EMDB-7859: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7859
タイトルFull Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab and PCT64-35S Fab
マップデータFull Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab and PCT64-35S Fab, primary map
試料
  • 複合体: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PCT64-35S Fab and PGT151 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151, Light chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PCT64_35S Fab, Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PCT64_35S, Light chain
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Berndsen ZT / Rantalainen K / Ward AB
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Co-evolution of HIV Envelope and Apex-Targeting Neutralizing Antibody Lineage Provides Benchmarks for Vaccine Design.
著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / ...著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / James C Paulson / Ian A Wilson / Andrew B Ward /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at serial time points during infection provide a basis for understanding the co-evolutionary contest between HIV and the humoral immune system. Here, we describe the structural characterization of an apex-targeting antibody lineage and autologous clade A viral Env from a donor in the Protocol C cohort. Comparison of Ab-Env complexes at early and late time points reveals that, within the antibody lineage, the CDRH3 loop rigidifies, the bnAb angle of approach steepens, and surface charges are mutated to accommodate glycan changes. Additionally, we observed differences in site-specific glycosylation between soluble and full-length Env constructs, which may be important for tuning optimal immunogenicity in soluble Env trimers. These studies therefore provide important guideposts for design of immunogens that prime and mature nAb responses to the Env V2-apex.
履歴
登録2018年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月30日-
マップ公開2018年6月27日-
更新2018年6月27日-
現状2018年6月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7859.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab and PCT64-35S Fab, primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 373.76 Å		1.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 373.76 Å		1.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 373.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.46 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.05317737 - 0.1651219
平均 (標準偏差)-0.0001583287 (±0.0070029404)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 373.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.461.461.46
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z373.760373.760373.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0530.165-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in...

ファイルemd_7859_half_map_1.map
注釈Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab and PCT64-35S Fab, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in...

ファイルemd_7859_half_map_2.map
注釈Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab and PCT64-35S Fab, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in comp...

全体名称: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PCT64-35S Fab and PGT151 Fab
要素
  • 複合体: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PCT64-35S Fab and PGT151 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151, Light chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PCT64_35S Fab, Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PCT64_35S, Light chain

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超分子 #1: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in comp...

超分子名称: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PCT64-35S Fab and PGT151 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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分子 #1: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043

分子名称: Full Length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M18C043
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKVKGIQMNC QHLLRWGTMI LGLIIICSAA NNLWVTVYYG VPVWRDAETT LFCASDAKAY DTEVHNVWAT HACVPTDPSP QEIHLANVTE KFDMWKNSMV EQMHTDIISL WDESLKPCVK LTPLCITLNC TNITRNVTGG NLTEEGKEEL KNCSFNATTE LRDKIQKVHS ...文字列:
MKVKGIQMNC QHLLRWGTMI LGLIIICSAA NNLWVTVYYG VPVWRDAETT LFCASDAKAY DTEVHNVWAT HACVPTDPSP QEIHLANVTE KFDMWKNSMV EQMHTDIISL WDESLKPCVK LTPLCITLNC TNITRNVTGG NLTEEGKEEL KNCSFNATTE LRDKIQKVHS LFYRLDLVEL NEGNSSDSNT SMYRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC REKEFNGTGP CKKVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEG KVKIRCENIS NNAKTILVQL TTPVRINCTR PSNNTRTSIR IGPGQSFYAT GDIIGDIRKA YCNVSESEWK EALGKVVEQL RNHFNKTITF ASSSGGDLEI TTHSFNCGGE FFYCNTSSLF NSTWDGNSAT NSTQVPNGTI TLPCRIKQII NMWQRTGQAM YAPPIPGKIR CDSNITGLIL IRDGGNNNNE SETFRPGGGD MRNNWRSELY KYKVVKIDPL GVAPTGAKRR VVEREKRAVG IGAVLFGFLG AAGSTMGAAS LTLTVQARQL LSGIVQQQSN LLRAIEAQQH LLRLTVWGIK QLQARVLAVE RYLSDQQLLG IWGCSGKLIC TTNVPWNSSW SNKSQDEIWN NMTWLQWDKE ISNYTDTIYY LIEKSQNQQE VNEKDLLALD KWTNLWNWFG ISNWLWYIRI FIMIVGGLIG LRIIFAVLSV INRVRQGYSP VSFQTLTPNP RELDRPGGIE EGDGELGKTR SIRLVGGFLA LFWDDLRSLC LFSYHRLRDF ILIAARILEL LGHNSLKGLR LGWEGLKYLG NLLLYWGREL KNSAVNLVDT IAIVVAGWTD RVIEVLQGIG RAFLHIPRRI RQGFERALL

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分子 #2: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain

分子名称: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF ...文字列:
RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DK

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分子 #3: Immunoglobulin G PGT151, Light chain

分子名称: Immunoglobulin G PGT151, Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #4: Immunoglobulin G PCT64_35S Fab, Heavy chain

分子名称: Immunoglobulin G PCT64_35S Fab, Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRL ACVGSEFTFS EAWMTWVRQA PGKGLEWVGH MRPTTEGGAK DYAAAVRGRF TIARDDSKST LYLQMNSLKI EDTGVYYCMT GVERGDFWSD DYSQHYNTYL IDVWGKGTTV TVSS

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分子 #5: Immunoglobulin G PCT64_35S, Light chain

分子名称: Immunoglobulin G PCT64_35S, Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGDRAT LSCRATQSVG GDYFAWYQQR PGQSPRLLIY GTSRRAAGIP DRFSGSGSG TDFTLTIDRL EPEDFAVYYC RQYETSFTFG PGTKVDIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Specimen was manually frozen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 980 / 平均電子線量: 37.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 60093
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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