[日本語] English
万見
- EMDB-71525: NER dual incision complex - DuIM -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71525
タイトルNER dual incision complex - DuIM
マップデータDuIM composite map
試料
  • 複合体: NER dual incision complex
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードNER / XPA / XPG / XPF / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of t-circle formation / pyrimidine dimer repair by nucleotide-excision repair / telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / : / nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / protein localization to chromosome / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition ...positive regulation of t-circle formation / pyrimidine dimer repair by nucleotide-excision repair / telomeric DNA-containing double minutes formation / ERCC4-ERCC1 complex / negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere / : / nucleotide-excision repair factor 1 complex / nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair / protein localization to chromosome / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / DNA replication factor A complex / nucleotide-excision repair complex / MMXD complex / core TFIIH complex portion of holo TFIIH complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / negative regulation of telomere maintenance / central nervous system myelin formation / single-stranded DNA endonuclease activity / base-excision repair, AP site formation / positive regulation of mitotic recombination / resolution of meiotic recombination intermediates / hair cell differentiation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / hair follicle maturation / t-circle formation / CAK-ERCC2 complex / bubble DNA binding / mitotic recombination / post-embryonic hemopoiesis / embryonic cleavage / single-stranded telomeric DNA binding / Removal of the Flap Intermediate / lateral element / UV protection / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / isotype switching / regulation of DNA damage checkpoint / G-rich strand telomeric DNA binding / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / protein localization to site of double-strand break / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / DNA 5'-3' helicase / G protein-coupled receptor internalization / chromatin-protein adaptor activity / hydrolase activity, acting on ester bonds / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / response to UV-C / nuclear thyroid hormone receptor binding / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / UV-damage excision repair / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / regulation of mitotic cell cycle phase transition / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / erythrocyte maturation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / oogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / spinal cord development / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / telomeric repeat DNA binding / bone mineralization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / ATPase activator activity / RNA polymerase II complex binding / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / DNA topological change / hemopoiesis / RNA Polymerase I Transcription Initiation / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / TFIID-class transcription factor complex binding / replicative senescence / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Activation of the pre-replicative complex / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / hematopoietic stem cell differentiation / embryonic organ development / HSF1 activation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / response to X-ray / protein localization to nucleus / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript
類似検索 - 分子機能
XPG/Rad2 endonuclease, eukaryotes / DNA repair protein XPF / Replication factor A protein 2 / Replication protein A, C-terminal / : / Replication protein A C terminal / ERCC1/RAD10/SWI10 family / : / Binding domain of DNA repair protein Ercc1 (rad10/Swi10) / XPA protein N-terminal ...XPG/Rad2 endonuclease, eukaryotes / DNA repair protein XPF / Replication factor A protein 2 / Replication protein A, C-terminal / : / Replication protein A C terminal / ERCC1/RAD10/SWI10 family / : / Binding domain of DNA repair protein Ercc1 (rad10/Swi10) / XPA protein N-terminal / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / XPA / Zinc finger, XPA-type, conserved site / XPA, C-terminal / XPA, conserved site / XPA protein C-terminus / XPA protein signature 1. / XPA protein signature 2. / XPA domain superfamily / Replication factor-A protein 1, N-terminal domain / Replication factor A protein-like / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain / Replication protein A OB domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / : / XPG protein signature 2. / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / Helical and beta-bridge domain / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / : / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Ubiquitin-binding motif (UBM) domain profile. / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase C-terminal domain / Putative DNA-binding domain superfamily / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / OB-fold nucleic acid binding domain / RuvA domain 2-like / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Restriction endonuclease type II-like / PIN-like domain superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA excision repair protein ERCC-1 / Replication protein A 32 kDa subunit / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB / DNA repair protein complementing XP-A cells / Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / DNA excision repair protein ERCC-5 / General transcription factor IIH subunit 1 / Replication protein A 14 kDa subunit / General transcription factor IIH subunit 2 ...DNA excision repair protein ERCC-1 / Replication protein A 32 kDa subunit / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB / DNA repair protein complementing XP-A cells / Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / DNA excision repair protein ERCC-5 / General transcription factor IIH subunit 1 / Replication protein A 14 kDa subunit / General transcription factor IIH subunit 2 / General transcription factor IIH subunit 3 / General transcription factor IIH subunit 5 / General transcription factor IIH subunit 4 / DNA repair endonuclease XPF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li CL / Kim J / Yang W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK075037 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2026
タイトル: Pre-incision structures reveal principles of DNA nucleotide excision repair.
著者: Eric C L Li / Jinseok Kim / Sem J Brussee / Kaoru Sugasawa / Martijn S Luijsterburg / Wei Yang /
要旨: Nucleotide excision repair (NER) removes bulky adducts from genomic DNA and prevents the ultraviolet light-sensitivity disease xeroderma pigmentosum, cancer and premature ageing. After initial lesion ...Nucleotide excision repair (NER) removes bulky adducts from genomic DNA and prevents the ultraviolet light-sensitivity disease xeroderma pigmentosum, cancer and premature ageing. After initial lesion recognition by XPC in global genome repair or by stalled RNA polymerases in transcription-coupled repair, a lesion and surrounding DNA duplex are unwound by TFIIH, which includes the ATPases XPB and XPD, and additional NER factors XPA, XPF, XPG and RPA, to form a DNA bubble comprising around 27 nucleotides. The double strand-single strand (ds-ss) junction-specific endonucleases XPF and XPG cleave DNA on the 5' and 3' sides of the lesion, respectively. Here we report the functional steps and atomic structures of the ATPase-driven and lesion-dependent DNA bubble formation and arrangement of the complete NER factors for dual incision. The unwinding of nearly 30 base pairs of DNA depends mainly on the double strand DNA translocase XPB and the duplex dividers XPA and XPF. XPD binds the lesion strand with XPF at the 5' ds-ss junction. XPF cuts the lesion strand only after XPG binds the 3' ds-ss junction. The ERCC1 subunit of XPF facilitates DNA strand separation and recruitment of RPA to the non-lesion strand. These findings provide insights on the causes of human diseases and potential targets for enhancing chemotherapeutic efficacy.
履歴
登録2025年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_71525.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71525.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DuIM composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.56 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.56 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.009328565 - 0.051526524
平均 (標準偏差)0.00090291904 (±0.0021253391)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: DuIM DeepEMhancer map

ファイルemd_71525_additional_1.map
注釈DuIM DeepEMhancer map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: DuIM half1 map

ファイルemd_71525_half_map_1.map
注釈DuIM half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: DuIM half2 map

ファイルemd_71525_half_map_2.map
注釈DuIM half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : NER dual incision complex

全体名称: NER dual incision complex
要素
  • 複合体: NER dual incision complex
    • タンパク質・ペプチド: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 4, p52
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIH subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-5
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair endonuclease XPF
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-1
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein complementing XP-A cells
    • DNA: DNA (Cy5)
    • DNA: DNA
    • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
    • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 32 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Replication protein A 14 kDa subunit
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: NER dual incision complex

超分子名称: NER dual incision complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 800 KDa

+
分子 #1: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit

分子名称: TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.404734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGKRDRADRD KKKSRKRHYE DEEDDEEDAP GNDPQEAVPS AAGKQVDESG TKVDEYGAKD YRLQMPLKDD HTSRPLWVAP DGHIFLEAF SPVYKYAQDF LVAIAEPVCR PTHVHEYKLT AYSLYAAVSV GLQTSDITEY LRKLSKTGVP DGIMQFIKLC T VSYGKVKL ...文字列:
MGKRDRADRD KKKSRKRHYE DEEDDEEDAP GNDPQEAVPS AAGKQVDESG TKVDEYGAKD YRLQMPLKDD HTSRPLWVAP DGHIFLEAF SPVYKYAQDF LVAIAEPVCR PTHVHEYKLT AYSLYAAVSV GLQTSDITEY LRKLSKTGVP DGIMQFIKLC T VSYGKVKL VLKHNRYFVE SCHPDVIQHL LQDPVIRECR LRNSEGEATE LITETFTSKS AISKTAESSG GPSTSRVTDP QG KSDIPMD LFDFYEQMDK DEEEEEETQT VSFEVKQEMI EELQKRCIHL EYPLLAEYDF RNDSVNPDIN IDLKPTAVLR PYQ EKSLRK MFGNGRARSG VIVLPCGAGK SLVGVTAACT VRKRCLVLGN SAVSVEQWKA QFKMWSTIDD SQICRFTSDA KDKP IGCSV AISTYSMLGH TTKRSWEAER VMEWLKTQEW GLMILDEVHT IPAKMFRRVL TIVQAHCKLG LTATLVREDD KIVDL NFLI GPKLYEANWM ELQNNGYIAK VQCAEVWCPM SPEFYREYVA IKTKKRILLY TMNPNKFRAC QFLIKFHERR NDKIIV FAD NVFALKEYAI RLNKPYIYGP TSQGERMQIL QNFKHNPKIN TIFISKVGDT SFDLPEANVL IQISSHGGSR RQEAQRL GR VLRAKKGMVA EEYNAFFYSL VSQDTQEMAY STKRQRFLVD QGYSFKVITK LAGMEEEDLA FSTKEEQQQL LQKVLAAT D LDAEEEVVAG EFGSRSSQAS RRFGTMSSMS GADDTVYMEY HSSRSKAPSK HVHPLFKRFR K

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB

+
分子 #2: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.018047 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKLNVDGLLV YFPYDYIYPE QFSYMRELKR TLDAKGHGVL EMPSGTGKTV SLLALIMAYQ RAYPLEVTKL IYCSRTVPEI EKVIEELRK LLNFYEKQEG EKLPFLGLAL SSRKNLCIHP EVTPLRFGKD VDGKCHSLTA SYVRAQYQHD TSLPHCRFYE E FDAHGREV ...文字列:
MKLNVDGLLV YFPYDYIYPE QFSYMRELKR TLDAKGHGVL EMPSGTGKTV SLLALIMAYQ RAYPLEVTKL IYCSRTVPEI EKVIEELRK LLNFYEKQEG EKLPFLGLAL SSRKNLCIHP EVTPLRFGKD VDGKCHSLTA SYVRAQYQHD TSLPHCRFYE E FDAHGREV PLPAGIYNLD DLKALGRRQG WCPYFLARYS ILHANVVVYS YHYLLDPKIA DLVSKELARK AVVVFDEAHN ID NVCIDSM SVNLTRRTLD RCQGNLETLQ KTVLRIKETD EQRLRDEYRR LVEGLREASA ARETDAHLAN PVLPDEVLQE AVP GSIRTA EHFLGFLRRL LEYVKWRLRV QHVVQESPPA FLSGLAQRVC IQRKPLRFCA ERLRSLLHTL EITDLADFSP LTLL ANFAT LVSTYAKGFT IIIEPFDDRT PTIANPILHF SCMDASLAIK PVFERFQSVI ITSGTLSPLD IYPKILDFHP VTMAT FTMT LARVCLCPMI IGRGNDQVAI SSKFETREDI AVIRNYGNLL LEMSAVVPDG IVAFFTSYQY MESTVASWYE QGILEN IQR NKLLFIETQD GAETSVALEK YQEACENGRG AILLSVARGK VSEGIDFVHH YGRAVIMFGV PYVYTQSRIL KARLEYL RD QFQIRENDFL TFDAMRHAAQ CVGRAIRGKT DYGLMVFADK RFARGDKRGK LPRWIQEHLT DANLNLTVDE GVQVAKYF L RQMAQPFHRE DQLGLSLLSL EQLESEETLK RIEQIAQQLD YKDDDDK

UniProtKB: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

+
分子 #3: General transcription factor IIH subunit 1

分子名称: General transcription factor IIH subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.116492 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MATSSEEVLL IVKKVRQKKQ DGALYLMAER IAWAPEGKDR FTISHMYADI KCQKISPEGK AKIQLQLVLH AGDTTNFHFS NESTAVKER DAVKDLLQQL LPKFKRKANK ELEEKNRMLQ EDPVLFQLYK DLVVSQVISA EEFWANRLNV NATDSSSTSN H KQDVGISA ...文字列:
MATSSEEVLL IVKKVRQKKQ DGALYLMAER IAWAPEGKDR FTISHMYADI KCQKISPEGK AKIQLQLVLH AGDTTNFHFS NESTAVKER DAVKDLLQQL LPKFKRKANK ELEEKNRMLQ EDPVLFQLYK DLVVSQVISA EEFWANRLNV NATDSSSTSN H KQDVGISA AFLADVRPQT DGCNGLRYNL TSDIIESIFR TYPAVKMKYA ENVPHNMTEK EFWTRFFQSH YFHRDRLNTG SK DLFAECA KIDEKGLKTM VSLGVKNPLL DLTALEDKPL DEGYGISSVP SASNSKSIKE NSNAAIIKRF NHHSAMVLAA GLR KQEAQN EQTSEPSNMD GNSGDADCFQ PAVKRAKLQE SIEYEDLGKN NSVKTIALNL KKSDRYYHGP TPIQSLQYAT SQDI INSFQ SIRQEMEAYT PKLTQVLSSS AASSTITALS PGGALMQGGT QQAINQMVPN DIQSELKHLY VAVGELLRHF WSCFP VNTP FLEEKVVKMK SNLERFQVTK LCPFQEKIRR QYLSTNLVSH IEEMLQTAYN KLHTWQSRRL MKKT

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 1

+
分子 #4: General transcription factor IIH subunit 4, p52

分子名称: General transcription factor IIH subunit 4, p52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.245156 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MESTPSRGLN RVHLQCRNLQ EFLGGLSPGV LDRLYGHPAT CLAVFRELPS LAKNWVMRML FLEQPLPQAA VALWVKKEFS KAQEESTGL LSGLRIWHTQ LLPGGLQGLI LNPIFRQNLR IALLGGGKAW SDDTSQLGPD KHARDVPSLD KYAEERWEVV L HFMVGSPS ...文字列:
MESTPSRGLN RVHLQCRNLQ EFLGGLSPGV LDRLYGHPAT CLAVFRELPS LAKNWVMRML FLEQPLPQAA VALWVKKEFS KAQEESTGL LSGLRIWHTQ LLPGGLQGLI LNPIFRQNLR IALLGGGKAW SDDTSQLGPD KHARDVPSLD KYAEERWEVV L HFMVGSPS AAVSQDLAQL LSQAGLMKST EPGEPPCITS AGFQFLLLDT PAQLWYFMLQ YLQTAQSRGM DLVEILSFLF QL SFSTLGK DYSVEGMSDS LLNFLQHLRE FGLVFQRKRK SRRYYPTRLA INLSSGVSGA GGTVHQPGFI VVETNYRLYA YTE SELQIA LIALFSEMLY RFPNMVVAQV TRESVQQAIA SGITAQQIIH FLRTRAHPVM LKQTPVLPPT ITDQIRLWEL ERDR LRFTE GVLYNQFLSQ VDFELLLAHA RELGVLVFEN SAKRLMVVTP AGHSDVKRFW KRQKHSS

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 4

+
分子 #5: General transcription factor IIH subunit 2

分子名称: General transcription factor IIH subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.481996 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDEEPERTKR WEGGYERTWE ILKEDESGSL KATIEDILFK AKRKRVFEHH GQVRLGMMRH LYVVVDGSRT MEDQDLKPNR LTCTLKLLE YFVEEYFDQN PISQIGIIVT KSKRAEKLTE LSGNPRKHIT SLKKAVDMTC HGEPSLYNSL SIAMQTLKHM P GHTSREVL ...文字列:
MDEEPERTKR WEGGYERTWE ILKEDESGSL KATIEDILFK AKRKRVFEHH GQVRLGMMRH LYVVVDGSRT MEDQDLKPNR LTCTLKLLE YFVEEYFDQN PISQIGIIVT KSKRAEKLTE LSGNPRKHIT SLKKAVDMTC HGEPSLYNSL SIAMQTLKHM P GHTSREVL IIFSSLTTCD PSNIYDLIKT LKAAKIRVSV IGLSAEVRVC TVLARETGGT YHVILDESHY KELLTHHVSP PP ASSSSEC SLIRMGFPQH TIASLSDQDA KPSFSMAHLD GNTEPGLTLG GYFCPQCRAK YCELPVECKI CGLTLVSAPH LAR SYHHLF PLDAFQEIPL EEYNGERFCY GCQGELKDQH VYVCAVCQNV FCVDCDVFVH DSLHCCPGCI HKIPAPSGV

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 2

+
分子 #6: General transcription factor IIH subunit 3

分子名称: General transcription factor IIH subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.416008 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSDEDELNL LVIVVDANPI WWGKQALKES QFTLSKCIDA VMVLGNSHLF MNRSNKLAVI ASHIQESRFL YPGKNGRLGD FFGDPGNPP EFNPSGSKDG KYELLTSANE VIVEEIKDLM TKSDIKGQHT ETLLAGSLAK ALCYIHRMNK EVKDNQEMKS R ILVIKAAE ...文字列:
MVSDEDELNL LVIVVDANPI WWGKQALKES QFTLSKCIDA VMVLGNSHLF MNRSNKLAVI ASHIQESRFL YPGKNGRLGD FFGDPGNPP EFNPSGSKDG KYELLTSANE VIVEEIKDLM TKSDIKGQHT ETLLAGSLAK ALCYIHRMNK EVKDNQEMKS R ILVIKAAE DSALQYMNFM NVIFAAQKQN ILIDACVLDS DSGLLQQACD ITGGLYLKVP QMPSLLQYLL WVFLPDQDQR SQ LILPPPV HVDYRAACFC HRNLIEIGYV CSVCLSIFCN FSPICTTCET AFKISLPPVL KAKKKKLKVS A

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 3

+
分子 #7: General transcription factor IIH subunit 5

分子名称: General transcription factor IIH subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.060362 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MVNVLKGVLI ECDPAMKQFL LYLDESNALG KKFIIQDIDD THVFVIAELV NVLQERVGEL MDQNAFSLTQ K

UniProtKB: General transcription factor IIH subunit 5

+
分子 #8: DNA excision repair protein ERCC-5

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 133.489562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGVQGLWKLL ECSGRQVSPE ALEGKILAVD ISIWLNQALK GVRDRHGNSI ENPHLLTLFH RLCKLLFFRI RPIFVFDGDA PLLKKQTLV KRRQRKDLAS SDSRKTTEKL LKTFLKRQAI KTAFRSKRDE ALPSLTQVRR ENDLYVLPPL QEEEKHSSEE E DEKEWQER ...文字列:
MGVQGLWKLL ECSGRQVSPE ALEGKILAVD ISIWLNQALK GVRDRHGNSI ENPHLLTLFH RLCKLLFFRI RPIFVFDGDA PLLKKQTLV KRRQRKDLAS SDSRKTTEKL LKTFLKRQAI KTAFRSKRDE ALPSLTQVRR ENDLYVLPPL QEEEKHSSEE E DEKEWQER MNQKQALQEE FFHNPQAIDI ESEDFSSLPP EVKHEILTDM KEFTKRRRTL FEAMPEESDD FSQYQLKGLL KK NYLNQHI EHVQKEMNQQ HSGHIRRQYE DEGGFLKEVE SRRVVSEDTS HYILIKGIQA KTVAEVDSES LPSSSKMHGM SFD VKSSPC EKLKTEKEPD ATPPSPRTLL AMQAALLGSS SEEELESENR RQARGRNAPA AVDEGSISPR TLSAIKRALD DDED VKVCA GDDVQTGGPG AEEMRINSST ENSDEGLKVR DGKGIPFTAT LASSSVNSAE EHVASTNEGR EPTDSVPKEQ MSLVH VGTE AFPISDESMI KDRKDRLPLE SAVVRHSDAP GLPNGRELTP ASPTCTNSVS KNETHAEVLE QQNELCPYES KFDSSL LSS DDETKCKPNS ASEVIGPVSL QETSSIVSVP SEAVDNVENV VSFNAKEHEN FLETIQEQQT TESAGQDLIS IPKAVEP ME IDSEESESDG SFIEVQSVIS DEELQAEFPE TSKPPSEQGE EELVGTREGE APAESESLLR DNSERDDVDG EPQEAEKD A EDSLHEWQDI NLEELETLES NLLAQQNSLK AQKQQQERIA ATVTGQMFLE SQELLRLFGI PYIQAPMEAE AQCAILDLT DQTSGTITDD SNIWLFGARH VYRNFFNKNK FVEYYQYVDF HNQLGLDRNK LINLAYLLGS DYTEGIPTVG CVTAMEILNE FPGHGLEPL LKFSEWWHEA QKNPKIRPNP HDTKVKKKLR TLQLTPGFPN PAVAEAYLKP VVDDSKGSFL WGKPDLDKIR E FCQRYFGW NRTKTDESLF PVLKQLDAQQ TQLRIDSFFR LAQQEKEDAK RIKSQRLNRA VTCMLRKEKE AAASEIEAVS VA MEKEFEL LDKAKRKTQK RGITNTLEES SSLKRKRLSD SKRKNTCGGF LGETCLSESS DGSSSEDAES SSLMNVQRRT AAK EPKTSA SDSQNSVKEA PVKNGGATTS SSSDSDDDGG KEKMVLVTAR SVFGKKRRKL RRARGRKRKT

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-5

+
分子 #9: DNA repair endonuclease XPF

分子名称: DNA repair endonuclease XPF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 104.694188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MESGQPARRI AMAPLLEYER QLVLELLDTD GLVVCARGLG ADRLLYHFLQ LHCHPACLVL VLNTQPAEEE YFINQLKIEG VEHLPRRVT NEITSNSRYE VYTQGGVIFA TSRILVVDFL TDRIPSDLIT GILVYRAHRI IESCQEAFIL RLFRQKNKRG F IKAFTDNA ...文字列:
MESGQPARRI AMAPLLEYER QLVLELLDTD GLVVCARGLG ADRLLYHFLQ LHCHPACLVL VLNTQPAEEE YFINQLKIEG VEHLPRRVT NEITSNSRYE VYTQGGVIFA TSRILVVDFL TDRIPSDLIT GILVYRAHRI IESCQEAFIL RLFRQKNKRG F IKAFTDNA VAFDTGFCHV ERVMRNLFVR KLYLWPRFHV AVNSFLEQHK PEVVEIHVSM TPTMLAIQTA ILDILNACLK EL KCHNPSL EVEDLSLENA IGKPFDKTIR HYLDPLWHQL GAKTKSLVQD LKILRTLLQY LSQYDCVTFL NLLESLRATE KAF GQNSGW LFLDSSTSMF INARARVYHL PDAKMSKKEK ISEKMEIKEG EETKKELVLE SNPKWEALTE VLKEIEAENK ESEA LGGPG QVLICASDDR TCSQLRDYIT LGAEAFLLRL YRKTFEKDSK AEEVWMKFRK EDSSKRIRKS HKRPKDPQNK ERAST KERT LKKKKRKLTL TQMVGKPEEL EEEGDVEEGY RREISSSPES CPEEIKHEEF DVNLSSDAAF GILKEPLTII HPLLGC SDP YALTRVLHEV EPRYVVLYDA ELTFVRQLEI YRASRPGKPL RVYFLIYGGS TEEQRYLTAL RKEKEAFEKL IREKASM VV PEEREGRDET NLDLVRGTAS ADVSTDTRKA GGQEQNGTQQ SIVVDMREFR SELPSLIHRR DIDIEPVTLE VGDYILTP E MCVERKSISD LIGSLNNGRL YSQCISMSRY YKRPVLLIEF DPSKPFSLTS RGALFQEISS NDISSKLTLL TLHFPRLRI LWCPSPHATA ELFEELKQSK PQPDAATALA ITADSETLPE SEKYNPGPQD FLLKMPGVNA KNCRSLMHHV KNIAELAALS QDELTSILG NAANAKQLYD FIHTSFAEVV SKGKGKK

UniProtKB: DNA repair endonuclease XPF

+
分子 #10: DNA excision repair protein ERCC-1

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.402059 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDPGKDKEGV PQPSGPPARK KFVIPLDEDE VPPGVAKPLF RSTQSLPTVD TSAQAAPQTY AEYAISQPLE GAGATCPTGS EPLAGETPN QALKPGAKSN SIIVSPRQRG NPVLKFVRNV PWEFGDVIPD YVLGQSTCAL FLSLRYHNLH PDYIHGRLQS L GKNFALRV ...文字列:
MDPGKDKEGV PQPSGPPARK KFVIPLDEDE VPPGVAKPLF RSTQSLPTVD TSAQAAPQTY AEYAISQPLE GAGATCPTGS EPLAGETPN QALKPGAKSN SIIVSPRQRG NPVLKFVRNV PWEFGDVIPD YVLGQSTCAL FLSLRYHNLH PDYIHGRLQS L GKNFALRV LLVQVDVKDP QQALKELAKM CILADCTLIL AWSPEEAGRY LETYKAYEQK PADLLMEKLE QDFVSRVTEC LT TVKSVNK TDSQTLLTTF GSLEQLIAAS REDLALCPGL GPQKARRLFD VLHEPFLK

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-1

+
分子 #11: DNA repair protein complementing XP-A cells

分子名称: DNA repair protein complementing XP-A cells / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.422053 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MAAADGALPE AAALEQPAEL PASVRASIER KRQRALMLRQ ARLAARPYSA TAAAATGGMA NVKAAPKIID TGGGFILEEE EEEEQKIGK VVHQPGPVME FDYVICEECG KEFMDSYLMN HFDLPTCDNC RDADDKHKLI TKTEAKQEYL LKDCDLEKRE P PLKFIVKK ...文字列:
MAAADGALPE AAALEQPAEL PASVRASIER KRQRALMLRQ ARLAARPYSA TAAAATGGMA NVKAAPKIID TGGGFILEEE EEEEQKIGK VVHQPGPVME FDYVICEECG KEFMDSYLMN HFDLPTCDNC RDADDKHKLI TKTEAKQEYL LKDCDLEKRE P PLKFIVKK NPHHSQWGDM KLYLKLQIVK RSLEVWGSQE ALEEAKEVRQ ENREKMKQKK FDKKVKELRR AVRSSVWKRE TI VHQHEYG PEENLEDDMY RKTCTMCGHE LTYEKM

UniProtKB: DNA repair protein complementing XP-A cells

+
分子 #14: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit

分子名称: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.212977 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MVGQLSEGAI AAIMQKGDTN IKPILQVINI RPITTGNSPP RYRLLMSDGL NTLSSFMLAT QLNPLVEEEQ LSSNCVCQIH RFIVNTLKD GRRVVILMEL EVLKSAEAVG VKIGNPVPYN EGLGQPQVAP PAPAASPAAS SRPQPQNGSS GMGSTVSKAY G ASKTFGKA ...文字列:
MVGQLSEGAI AAIMQKGDTN IKPILQVINI RPITTGNSPP RYRLLMSDGL NTLSSFMLAT QLNPLVEEEQ LSSNCVCQIH RFIVNTLKD GRRVVILMEL EVLKSAEAVG VKIGNPVPYN EGLGQPQVAP PAPAASPAAS SRPQPQNGSS GMGSTVSKAY G ASKTFGKA AGPSLSHTSG GTQSKVVPIA SLTPYQSKWT ICARVTNKSQ IRTWSNSRGE GKLFSLELVD ESGEIRATAF NE QVDKFFP LIEVNKVYYF SKGTLKIANK QFTAVKNDYE MTFNNETSVM PCEDDHHLPT VQFDFTGIDD LENKSKDSLV DII GICKSY EDATKITVRS NNREVAKRNI YLMDTSGKVV TATLWGEDAD KFDGSRQPVL AIKGARVSDF GGRSLSVLSS STII ANPDI PEAYKLRGWF DAEGQALDGV SISDLKSGGV GGSNTNWKTL YEVKSENLGQ GDKPDYFSSV ATVVYLRKEN CMYQA CPTQ DCNKKVIDQQ NGLYRCEKCD TEFPNFKYRM ILSVNIADFQ ENQWVTCFQE SAEAILGQNA AYLGELKDKN EQAFEE VFQ NANFRSFIFR VRVKVETYND ESRIKATVMD VKPVDYREYG RRLVMSIRRS ALM

UniProtKB: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit

+
分子 #15: Replication protein A 32 kDa subunit

分子名称: Replication protein A 32 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.276795 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MWNSGFESYG SSSYGGAGGY TQSPGGFGSP APSQAEKKSR ARAQHIVPCT ISQLLSATLV DEVFRIGNVE ISQVTIVGII RHAEKAPTN IVYKIDDMTA APMDVRQWVD TDDTSSENTV VPPETYVKVA GHLRSFQNKK SLVAFKIMPL EDMNEFTTHI L EVINAHMV ...文字列:
MWNSGFESYG SSSYGGAGGY TQSPGGFGSP APSQAEKKSR ARAQHIVPCT ISQLLSATLV DEVFRIGNVE ISQVTIVGII RHAEKAPTN IVYKIDDMTA APMDVRQWVD TDDTSSENTV VPPETYVKVA GHLRSFQNKK SLVAFKIMPL EDMNEFTTHI L EVINAHMV LSKANSQPSA GRAPISNPGM SEAGNFGGNS FMPANGLTVA QNQVLNLIKA CPRPEGLNFQ DLKNQLKHMS VS SIKQAVD FLSNEGHIYS TVDDDHFKST DAE

UniProtKB: Replication protein A 32 kDa subunit

+
分子 #16: Replication protein A 14 kDa subunit

分子名称: Replication protein A 14 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.583714 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MVDMMDLPRS RINAGMLAQF IDKPVCFVGR LEKIHPTGKM FILSDGEGKN GTIELMEPLD EEISGIVEVV GRVTAKATIL CTSYVQFKE DSHPFDLGLY NEAVKIIHDF PQFYPLGIVQ HD

UniProtKB: Replication protein A 14 kDa subunit

+
分子 #12: DNA (Cy5)

分子名称: DNA (Cy5) / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 28.705611 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC) (DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC) (DT) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC) (DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC) (DT) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT) (DT)(DC) (DT)(DG)(VM6)(DC)(DA)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC) (DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)

+
分子 #13: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 29.180648 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA) ...文字列:
(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG) (DG)(DC) (DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT) (DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)

+
分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 7 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMKOAcpotassium acetate
25.0 mMTris2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol
2.0 mMCaCl2calcium chloride
2.0 mMTCEP(Tris(2-carboxyethyl)phospine)
1.0 %Glycerolglycerol
0.05 %C14H28O6Octyl glucoside
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 52926 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 52.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 140332
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

8ebt

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelC7CAD

6sxa

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelXPF/ERCC1

1l1o

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelRPA trimerization core

1jmc

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelRPA70

6tus

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelXPG catalytic domain
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9pd4:
NER dual incision complex - DuIM

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る