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- EMDB-7079: Structure of the 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal by a Hybrid... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7079
タイトルStructure of the 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal by a Hybrid Cryo-EM, NMR, and Molecular Dynamics Approach
マップデータDIS dimer 3D map from data set 1 (JEOL2200FS microscope, DE12 detector)
試料30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal != Human immunodeficiency virus 1

30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal

  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Zhang K / Keane S / Su Z / Case D / Ludtke S / Summers M / Chiu W
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50GM103297 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080139 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM42561 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structure of the 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal by a Hybrid Cryo-EM, NMR, and Molecular Dynamics Approach.
著者: Kaiming Zhang / Sarah C Keane / Zhaoming Su / Rossitza N Irobalieva / Muyuan Chen / Verna Van / Carly A Sciandra / Jan Marchant / Xiao Heng / Michael F Schmid / David A Case / Steven J Ludtke ...著者: Kaiming Zhang / Sarah C Keane / Zhaoming Su / Rossitza N Irobalieva / Muyuan Chen / Verna Van / Carly A Sciandra / Jan Marchant / Xiao Heng / Michael F Schmid / David A Case / Steven J Ludtke / Michael F Summers / Wah Chiu /
要旨: Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy are routinely used to determine structures of macromolecules with molecular weights over 65 and under 25 kDa, ...Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy are routinely used to determine structures of macromolecules with molecular weights over 65 and under 25 kDa, respectively. We combined these techniques to study a 30 kDa HIV-1 dimer initiation site RNA ([DIS]; 47 nt/strand). A 9 Å cryo-EM map clearly shows major groove features of the double helix and a right-handed superhelical twist. Simulated cryo-EM maps generated from time-averaged molecular dynamics trajectories (10 ns) exhibited levels of detail similar to those in the experimental maps, suggesting internal structural flexibility limits the cryo-EM resolution. Simultaneous inclusion of the cryo-EM map and H-edited NMR-derived distance restraints during structure refinement generates a structure consistent with both datasets and supporting a flipped-out base within a conserved purine-rich bulge. Our findings demonstrate the power of combining global and local structural information from these techniques for structure determination of modest-sized RNAs.
履歴
登録2017年10月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月1日-
マップ公開2018年2月21日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7079.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7079.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DIS dimer 3D map from data set 1 (JEOL2200FS microscope, DE12 detector)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.01 Å/pix.
x 128 pix.
= 257.28 Å		2.01 Å/pix.
x 128 pix.
= 257.28 Å		2.01 Å/pix.
x 128 pix.
= 257.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.42 / ムービー #1: 0.42
最小 - 最大-0.27218056 - 1.1295877
平均 (標準偏差)0.0016898855 (±0.036324795)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 257.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.012.012.01
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z257.280257.280257.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.2721.1300.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal

全体名称: 30 kDa HIV-1 RNA Dimerization Signal
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量実験値: 30 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細HIV-1 RNA Dimerization Signal

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 540 / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Starting model made from 2D class averages by EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 20366
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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