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Yorodumi- PDB-5wtl: Crystal structure of the periplasmic portion of outer membrane pr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wtl | ||||||
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Title | Crystal structure of the periplasmic portion of outer membrane protein A (OmpA) from Capnocytophaga gingivalis | ||||||
Components | OmpA family protein | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / prokaryote / TT3R / TSP3 / Calcium-binding motif | ||||||
Function / homology | Function and homology information porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / cell adhesion / calcium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Capnocytophaga gingivalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.298 Å | ||||||
Authors | Dai, S. / Tan, K. / Ye, S. / Zhang, R. | ||||||
Citation | Journal: Cell Calcium / Year: 2017 Title: Structure of thrombospondin type 3 repeats in bacterial outer membrane protein A reveals its intra-repeat disulfide bond-dependent calcium-binding capability. Authors: Dai, S. / Sun, C. / Tan, K. / Ye, S. / Zhang, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wtl.cif.gz | 424 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5wtl.ent.gz | 344.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wtl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wtl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5wtpC 4erhS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27976.947 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 195-455 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Capnocytophaga gingivalis (bacteria) / Gene: CAPGI0001_0903 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C2M2E7 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MES / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100 mM MES, pH 6.0, 200 mM Ca(Ac)2, 20% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97931 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 28, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.298→42.509 Å / Num. obs: 53087 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 3.4 % / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ERH Resolution: 2.298→42.509 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.298→42.509 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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