PDB-5wtl: Crystal structure of the periplasmic portion of outer membrane pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wtl

タイトル

Crystal structure of the periplasmic portion of outer membrane protein A (OmpA) from Capnocytophaga gingivalis

要素

OmpA family protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / prokaryote / TT3R / TSP3 / Calcium-binding motif

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / cell adhesion / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Capnocytophaga gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.298 Å

データ登録者

Dai, S. / Tan, K. / Ye, S. / Zhang, R.

引用

ジャーナル: Cell Calcium / 年: 2017
タイトル: Structure of thrombospondin type 3 repeats in bacterial outer membrane protein A reveals its intra-repeat disulfide bond-dependent calcium-binding capability.
著者: Dai, S. / Sun, C. / Tan, K. / Ye, S. / Zhang, R.

履歴

登録	2016年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wtl.cif.gz	423.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wtl.ent.gz	344.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wtl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5wtl_validation.pdf.gz	488.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wtl_full_validation.pdf.gz	495.6 KB	表示
XML形式データ	5wtl_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	5wtl_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wtl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5wtpC 4erhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wjb-1 4csy-1 4c16-2 6eyi-d 5wjb-2 5w4t-4 4gn0-3 4dt0-d 4cq4-d 3wuq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: OmpA family protein

B: OmpA family protein

C: OmpA family protein

D: OmpA family protein

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OmpA family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: OmpA family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: OmpA family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: OmpA family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.205, 87.343, 185.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	OmpA family protein 分子量: 27976.947 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 195-455 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Capnocytophaga gingivalis (バクテリア) 遺伝子: CAPGI0001_0903 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2M2E7
#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.0, 200 mM Ca(Ac)2, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.298→42.509 Å / Num. obs: 53087 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ERH

4erh

解像度: 2.298→42.509 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2551	2700	5.09 %
R_work	0.203	-	-
obs	0.2057	53041	98.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.298→42.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7675	0	63	445	8183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	8109
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.072	11069
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.137	3081
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1100
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1489

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2978-2.3396	0.3274	135	0.2593	2575	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3396-2.3846	0.3114	145	0.2471	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3846-2.4333	0.3142	148	0.2496	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4333-2.4862	0.2755	146	0.2455	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4862-2.544	0.353	131	0.244	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.544-2.6076	0.3206	137	0.2435	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6076-2.6781	0.2874	127	0.2316	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6781-2.7569	0.2908	123	0.2308	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7569-2.8459	0.2982	129	0.2279	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8459-2.9476	0.3199	149	0.2228	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9476-3.0656	0.3105	142	0.2245	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0656-3.205	0.2905	152	0.2152	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
3.205-3.3739	0.2352	145	0.2092	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3739-3.5852	0.2414	175	0.1957	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5852-3.8619	0.2244	140	0.1786	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8619-4.2502	0.2304	165	0.1748	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2502-4.8644	0.2006	126	0.1661	2697	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8644-6.1258	0.2441	147	0.1879	2638	X-RAY DIFFRACTION	96
6.1258-42.5161	0.2143	138	0.1911	2689	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4024	-1.1229	-0.9508	0.8969	0.8172	2.8303	-0.316	0.6689	-0.8481	-1.6533	0.0823	-0.7627	0.9587	0.6111	0.1147	1.5414	0.3002	0.3158	1.2306	-0.0111	0.8104	27.2767	23.7059	-42.1242
2	1.9228	-0.2312	0.2624	1.5188	0.4049	1.5641	0.0714	0.4018	-0.1561	-0.7361	-0.0714	-0.4477	-0.0007	0.0443	0.0255	0.566	0.0975	0.0857	0.3066	-0.0478	0.4195	19.9388	31.1025	-24.1152
3	-0.3599	0.3969	0.4595	-0.6217	0.4413	3.6364	-0.0153	-0.2196	-0.1357	0.1439	0.0209	-0.2083	1.0413	0.0117	-0.0919	0.7193	0.1183	-0.0462	0.6152	-0.0047	0.3929	16.0506	35.7161	17.2301
4	2.7222	-0.8275	0.2813	2.8055	0.6315	2.4141	-0.1395	0.1044	-0.1559	0.0887	0.2165	0.4503	0.157	-0.4324	-0.0969	0.2392	-0.0676	-0.0498	0.2804	0.0763	0.4064	10.6096	32.8327	63.8631
5	2.6977	-1.1611	-1.2598	2.0239	1.7283	2.7968	-0.1408	-0.0435	-0.2531	-0.0276	0.1239	0.5017	-0.1457	-0.3477	-0.188	0.2109	-0.0539	0.0031	0.382	0.1246	0.4572	7.6837	40.3164	66.947
6	0.3471	-0.6409	0.4085	4.4916	1.2085	1.7398	-0.5994	-0.474	-0.4203	0.2923	-0.449	0.2392	0.039	0.1806	0.6316	0.7009	0.1682	0.37	1.239	0.5252	1.7705	-11.8013	24.74	155.9872
7	1.8902	1.3735	-0.9352	1.0697	-0.7627	0.5162	-0.1791	-0.3863	-0.0609	0.4903	0.6178	1.0834	0.3774	-1.2145	-0.5738	0.8796	-0.1669	0.0862	0.7341	0.2122	0.8218	-1.7867	30.0738	150.2866
8	0.3084	0.6737	-1.2847	-0.1357	-0.5872	2.1835	0.0561	0.2339	-0.0648	-0.0812	-0.0566	0.1469	0.3177	-0.2322	-0.0639	0.5149	0.0879	-0.0027	0.4833	0.0353	0.4044	15.3877	38.1857	120.8064
9	2.5422	-0.5101	-1.4289	0.433	0.071	2.3416	-0.1822	0.2798	-0.4145	-0.9194	0.3722	0.3871	0.1213	-0.7081	-0.1849	0.8465	-0.0992	-0.189	0.5322	0.0058	0.3959	30.4337	38.5864	85.7205
10	2.9486	-0.0248	-0.0443	2.6057	-0.9927	2.7052	-0.0004	0.1273	0.0288	-0.2679	0.01	-0.2971	-0.016	0.4589	-0.0281	0.2883	-0.0422	0.0087	0.2575	-0.0371	0.2894	34.6053	31.4753	61.1132
11	1.8776	-0.4511	-0.6781	1.7498	0.46	0.3283	-0.6154	-0.2526	0.4314	0.8094	0.4049	-0.0178	-0.1541	0.1815	0.1551	0.6827	0.1693	-0.0441	0.3683	0.0031	0.4868	9.6747	9.4298	93.7403
12	3.841	-0.963	0.2738	2.0897	-0.6715	2.3655	0.1362	0.1661	0.1441	-0.0605	-0.1728	-0.1772	-0.0758	0.3127	-0.0095	0.2029	0.01	-0.0348	0.2325	-0.0264	0.2085	30.7322	9.9525	164.0668
13	1.6818	-1.0355	1.2222	1.7142	0.3608	2.8157	-0.0889	-0.1096	0.0257	0.7836	-0.1942	-0.9612	-0.6459	0.355	0.0819	1.316	-0.7814	-0.8625	1.5076	0.2905	0.6038	29.6117	18.4548	268.2277
14	3.3453	1.6666	0.2225	2.613	0.7569	2.5992	-0.2297	0.3762	-0.0448	-0.4318	-0.1129	-0.1139	0.4262	-0.2307	0.2504	0.6458	-0.0846	-0.0253	0.3417	-0.0213	0.3991	19.409	10.9671	243.8753
15	0.2992	-0.18	-0.634	0.2028	-0.0197	3.4705	0.5516	-0.5528	0.0169	0.9062	-0.2185	-0.473	-1.4391	-0.0842	-0.1439	1.5758	-0.4424	-0.0688	1.0704	0.0112	0.5969	10.211	8.5886	206.8387
16	1.6699	0.0233	-0.5446	2.1001	0.7318	2.6811	-0.0015	-0.0588	0.08	-0.0397	0.0195	0.2874	-0.084	-0.6225	-0.0568	0.254	0.0642	-0.0433	0.4001	0.0439	0.4039	7.1774	9.2505	167.3037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 198 through 217 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 218 through 259 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 260 through 337 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 338 through 439 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 440 through 455 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 198 through 213 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 214 through 235 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 236 through 316 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 317 through 337 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 338 through 455 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 196 through 304 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 305 through 455 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 209 through 217 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 218 through 289 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 290 through 321 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 322 through 455 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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