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- PDB-5wtp: Crystal structure of the C-terminal domain of outer membrane prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wtp
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of outer membrane protein A (OmpA) from Capnocytophaga gingivalis
要素OmpA family protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / prokaryote / TT3R / TSP / calcium-binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / cell adhesion / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein beta-barrel domain / Outer membrane protein beta-barrel domain / Thrombospondin, type 3-like repeat / Thrombospondin type 3 repeat / TSP type-3 repeat / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family ...Outer membrane protein beta-barrel domain / Outer membrane protein beta-barrel domain / Thrombospondin, type 3-like repeat / Thrombospondin type 3 repeat / TSP type-3 repeat / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OmpA family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Capnocytophaga gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Dai, S. / Tan, K. / Ye, S. / Zhang, R.
引用ジャーナル: Cell Calcium / 年: 2017
タイトル: Structure of thrombospondin type 3 repeats in bacterial outer membrane protein A reveals its intra-repeat disulfide bond-dependent calcium-binding capability.
著者: Dai, S. / Sun, C. / Tan, K. / Ye, S. / Zhang, R.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OmpA family protein
B: OmpA family protein
C: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,12832
ポリマ－42,3423
非ポリマー2,78629
水3,729207
1
A: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,17112
ポリマ－14,1141
非ポリマー1,05711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,97910
ポリマ－14,1141
非ポリマー8659
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,97910
ポリマ－14,1141
非ポリマー8659
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.366, 130.366, 56.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-509-

SO4

21C-654-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 OmpA family protein


分子量: 14114.091 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 335-455 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Capnocytophaga gingivalis (バクテリア)
遺伝子: CAPGI0001_0903 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2M2E7
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 3 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.191 Å / Num. obs: 26492 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FBY

3fby


解像度: 2.15→48.191 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 1271 4.81 %
Rwork0.1819 --
obs0.1844 26425 97.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2905 0 145 207 3257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033061
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7084104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0341161
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1496-2.23570.28951450.21882679X-RAY DIFFRACTION96
2.2357-2.33740.29791240.21612723X-RAY DIFFRACTION96
2.3374-2.46070.27231410.20772735X-RAY DIFFRACTION96
2.4607-2.61480.2611510.21412726X-RAY DIFFRACTION97
2.6148-2.81670.28781280.20952726X-RAY DIFFRACTION96
2.8167-3.10010.24561460.18632812X-RAY DIFFRACTION99
3.1001-3.54860.23291410.17122815X-RAY DIFFRACTION98
3.5486-4.47030.18491490.14162871X-RAY DIFFRACTION99
4.4703-48.20310.2151460.18393067X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.380.5349-0.22154.0679-2.18021.63040.11810.452-0.126-0.4491-0.13291.25360.23850.0242-0.27780.2190.02560.02990.22730.02520.500253.9549-31.685210.1924
22.7884-4.53772.63658.6435-1.98577.29980.22890.34940.1706-0.4539-0.2217-0.2997-0.07070.2298-0.00650.2619-0.01910.01720.24610.01710.183647.3432-20.14946.5627
31.15720.7285-1.63865.00962.41945.00540.36861.53171.1494-0.4919-0.75430.5542-0.0377-0.45920.01810.2030.1268-0.01520.46240.20830.312927.7772-16.88336.6432
48.7045-3.35693.47736.9589-3.54345.298-0.21761.20110.0159-1.0197-0.01160.029-0.13910.26080.08720.33870.0063-0.04840.3705-0.05930.248138.888-26.69141.2629
53.427-0.7141-0.53956.31030.73820.656-0.2279-0.1450.12260.47090.3109-0.16870.0535-0.0462-0.04050.20580.039-0.00890.17690.01490.153838.9871-21.579715.6096
62.6647-2.2024-2.32239.62645.91265.7051-0.14480.14240.0288-0.04460.03020.6185-0.07640.13660.09740.18240.0077-0.00570.23910.04270.163230.0241-22.211414.5707
72.5524-0.70750.96864.54471.86285.3817-0.0865-0.187-0.36490.26190.40160.18350.49780.216-0.39430.1783-0.00710.02370.2080.02480.166837.4651-29.110615.409
85.96960.7908-1.58472.9946-4.80177.97210.09530.08460.16210.753-0.4434-0.6738-0.4770.48320.34230.2045-0.0018-0.02640.1867-0.02220.281838.737-6.087718.1694
93.7916-1.7-0.62615.67741.310.85340.14690.17410.26610.1584-0.0947-0.2623-0.16320.1419-0.03020.15630.01410.01520.19540.02980.191339.6028-12.656212.1628
109.80947.16663.0065.23392.2281.13920.6824-0.52120.45110.5839-0.7441.3624-0.4175-1.1187-0.00730.40910.030.14080.44570.09650.63274.72-21.98623.946
112.41471.63030.94314.09770.7495.92660.7531-1.39350.48321.264-0.43220.5138-0.0519-0.5468-0.10750.654-0.07770.15950.3683-0.03470.34449.097-34.59820.482
122.69050.1635-2.06135.3506-0.4715.68670.3541-1.44610.15850.5794-0.5626-1.29260.06121.26830.03780.2966-0.0803-0.110.52830.13050.488724.581-41.05511.741
131.9752.81311.37594.61791.46882.19870.5647-0.8065-0.47121.4186-0.2251-0.51440.6778-0.0819-0.35020.51840.0018-0.05810.31550.08110.348312.22-31.9319.96
141.41581.16180.57723.7821-0.01941.1667-0.0569-0.03970.1405-0.0340.0920.19620.16270.00820.03490.17470.0190.0430.2226-0.00020.26520.25-31.72423.114
151.9573-0.03930.18712.09310.27891.36430.0029-0.1737-0.0193-0.0116-0.01650.04980.07660.0150.01610.1568-0.00560.01790.17550.01430.253324.186-33.63420.874
162.29522.9905-0.04574.64350.86730.8875-0.1294-0.0231-0.0940.06010.23160.1021-0.03130.2373-0.13230.1788-0.02470.03190.22630.0270.240517.927-40.81224.053
177.7668-5.8713-2.46144.78812.74114.4304-0.1552-0.7697-0.8730.28030.37191.03710.1693-1.0701-0.29190.3601-0.01190.00430.7930.22390.374946.548-56.66418.062
184.467-3.08895.24287.1193-2.12776.72570.61921.053-1.5419-0.8092-0.09880.16490.70440.7782-0.63650.51760.0332-0.03150.3839-0.08630.373467.832-53.36814.031
196.0788-3.6911-1.94318.24682.89664.15630.14740.3918-0.3872-0.7085-0.01370.81690.3917-1.26270.05890.3966-0.0497-0.14640.44190.05360.244456.508-63.54318.543
205.0006-0.90376.57262.3465-0.69588.8078-0.3719-0.45341.10250.29990.0020.06270.1629-0.73320.17610.24540.0970.00540.40110.05040.334744.524-64.8768.811
214.506-3.90722.77824.9008-3.13382.9606-0.2307-0.17760.23140.090.2314-0.83870.1428-0.4361-0.01880.22580.00440.02040.2729-0.00960.218358.209-46.8078.51
224.5015-2.11623.03284.0833-3.20473.40440.12240.28520.0429-0.2258-0.2628-0.24850.39440.1180.12150.25830.0020.03380.2026-0.03010.144362.474-53.9145.801
231.5686-0.318-1.01147.45041.51750.9605-0.3863-0.01080.05230.33330.31240.2455-0.6297-0.39290.13130.24920.05190.00380.32150.00370.176553.391-61.6344.781
246.32261.3704-1.66939.7861-1.51134.53430.4334-0.1919-0.44090.5309-0.1260.45370.5758-0.1843-0.17170.3934-0.0486-0.04930.31590.05420.229856.567-39.05611.559
253.5651-3.29061.22563.2262-0.40086.49840.01670.8612-0.9796-0.8141-0.30171.10430.8572-0.1560.13270.5402-0.1081-0.09450.3994-0.05520.416460.438-40.15119.348
265.7994-2.266-0.25537.247-1.60273.96410.18410.6676-0.0235-0.2238-0.08030.39880.3474-0.727-0.08040.2008-0.0014-0.01790.31280.04980.169752.888-51.41911.845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 331 through 337 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 338 through 350 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 351 through 361 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 362 through 377 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 378 through 394 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 395 through 415 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 416 through 429 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 430 through 439 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 440 through 454 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 334 through 337 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 338 through 350 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 351 through 361 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 362 through 377 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 378 through 394 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 395 through 439 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 440 through 454 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 334 through 350 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 351 through 361 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 362 through 377 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 378 through 382 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 383 through 394 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 395 through 415 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 416 through 427 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 428 through 439 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 440 through 446 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 447 through 454 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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