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万見
- PDB-5ldy: Structure of Yersinia pseudotuberculosis InvD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ldy
タイトルStructure of Yersinia pseudotuberculosis InvD
要素Ig domain protein group 1 domain protein
キーワードCELL ADHESION / Adhesin / Autotransporter
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Invasin, domain 3 / Invasin, domain 3 / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. ...Invasin, domain 3 / Invasin, domain 3 / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / LysM domain superfamily / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ig domain protein group 1 domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sadana, P. / Scrima, A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Helmholtz AssociationVH-NG-727 ドイツ
Helmholtz AssociationVH-GS-202 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: The invasin D protein from Yersinia pseudotuberculosis selectively binds the Fab region of host antibodies and affects colonization of the intestine
著者: Sadana, P. / Geyer, R. / Pezoldt, J. / Helmsing, S. / Huehn, J. / Hust, M. / Dersch, P. / Scrima, A.
履歴
登録2016年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig domain protein group 1 domain protein
B: Ig domain protein group 1 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0234
ポリマ－73,8332
非ポリマー1902
水1,51384
1
A: Ig domain protein group 1 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0122
ポリマ－36,9171
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ig domain protein group 1 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0122
ポリマ－36,9171
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.900, 58.900, 274.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Ig domain protein group 1 domain protein


分子量: 36916.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
株: YPIII / 遺伝子: YPK_1315 / Variant: serotype O:3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3B1G5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.9 M ammonium dihydrogen phosphate; 0.1 M TRIS-HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.6→44.701 Å / Num. obs: 28540 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 26.62
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.70.4165.860.957199.9
2.7-2.80.3237.650.978199.7
2.8-30.22411.440.99199.6
3-40.08825.890.998199.9
4-60.04347.810.9991100
6-100.03253.10.9991100
100.02465.411199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→44.701 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1427 5 %
Rwork0.2296 --
obs0.2331 28540 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.99 Å2 / Biso mean: 67.4116 Å2 / Biso min: 31.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→44.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4849 0 10 84 4943
Biso mean--87.99 40.03 -
残基数----674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.476746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045870
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.192896
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6004-2.69330.35381440.35727262870
2.6933-2.80110.38111420.327227012843
2.8011-2.92860.32641410.311526752816
2.9286-3.0830.31151430.288627252868
3.083-3.2760.29611430.274827012844
3.276-3.52890.2911400.266226742814
3.5289-3.88380.25171440.231827262870
3.8838-4.44520.23521420.187726972839
4.4452-5.59830.18191430.17627252868
5.5983-41.65390.22931450.204127442889
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7810.13350.25041.1172-0.47540.176-0.27180.1520.4278-0.29610.05160.1487-0.23350.21380.1720.414-0.041-0.00540.7231-0.03750.2552-7.28890.7244-22.2518
21.7229-0.23432.82150.5225-0.01173.5014-0.129-0.15370.05710.1234-0.14420.0730.1264-0.40740.30540.3937-0.0237-0.02120.8280.01010.2932.50522.159525.1549
30.93690.6911.48810.63471.44593.4527-0.0088-1.42080.260.5541-0.17450.07530.0199-0.32430.13790.52470.0286-0.0211.2940.00420.450374.27530.73434.2285
46.2667-4.31866.96113.2478-4.82677.9673-0.1327-0.34880.47390.0488-0.3741-0.18420.35130.09180.41860.3808-0.0394-0.06450.8709-0.120.35773.8935-0.774426.7195
50.50740.06621.86680.21310.10333.1057-0.08130.27240.0753-0.1586-0.0297-0.04340.09990.67570.13180.53690.0056-0.08860.88190.00790.294729.63172.0692-20.5961
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1642 through 1767 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1768 through 1976 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1638 through 1702 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1703 through 1730 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1731 through 1976 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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