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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6992 | |||||||||
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タイトル | Structure of the human PKD1/PKD2 complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Su Q / Hu F / Ge X / Lei J / Yu S / Wang T / Zhou Q / Mei C / Shi Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of the human PKD1-PKD2 complex. 著者: Qiang Su / Feizhuo Hu / Xiaofei Ge / Jianlin Lei / Shengqiang Yu / Tingliang Wang / Qiang Zhou / Changlin Mei / Yigong Shi / 要旨: Mutations in two genes, and , account for most cases of autosomal dominant polycystic kidney disease, one of the most common monogenetic disorders. Here we report the 3.6-angstrom cryo-electron ...Mutations in two genes, and , account for most cases of autosomal dominant polycystic kidney disease, one of the most common monogenetic disorders. Here we report the 3.6-angstrom cryo-electron microscopy structure of truncated human PKD1-PKD2 complex assembled in a 1:3 ratio. PKD1 contains a voltage-gated ion channel (VGIC) fold that interacts with PKD2 to form the domain-swapped, yet noncanonical, transient receptor potential (TRP) channel architecture. The S6 helix in PKD1 is broken in the middle, with the extracellular half, S6a, resembling pore helix 1 in a typical TRP channel. Three positively charged, cavity-facing residues on S6b may block cation permeation. In addition to the VGIC, a five-transmembrane helix domain and a cytosolic PLAT domain were resolved in PKD1. The PKD1-PKD2 complex structure establishes a framework for dissecting the function and disease mechanisms of the PKD proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6992.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6992-v30.xml emd-6992.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6992.png | 238.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6992 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6992 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6992_validation.pdf.gz | 79.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6992_full_validation.pdf.gz | 78.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6992_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6992 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6992 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6992.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : the structure of human PKD1/PKD2 complex
全体 | 名称: the structure of human PKD1/PKD2 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: the structure of human PKD1/PKD2 complex
超分子 | 名称: the structure of human PKD1/PKD2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Samples were obtained by co-expression in 293F cells. A complex contains one PKD1 subunit and three PKD2 subunits. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector pCK9 (その他) / 組換細胞: 293F cells |
-分子 #1: human PKD2 (chain F,G)
分子 | 名称: human PKD2 (chain F,G) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector pCK9 (その他) |
配列 | 文字列: PRVAWAERLV RGLRGLWGTR LMEESSTNRE KYLKSVLREL VTYLLFLIVL CILTYGMMSS NVYYYTRMMS QLFLDTPVSK TEKTNFKTL SSMEDFWKFT EGSLLDGLYW KMQPSNQTEA DNRSFIFYEN LLLGVPRIRQ LRVRNGSCSI PQDLRDEIKE C YDVYSVSS ...文字列: PRVAWAERLV RGLRGLWGTR LMEESSTNRE KYLKSVLREL VTYLLFLIVL CILTYGMMSS NVYYYTRMMS QLFLDTPVSK TEKTNFKTL SSMEDFWKFT EGSLLDGLYW KMQPSNQTEA DNRSFIFYEN LLLGVPRIRQ LRVRNGSCSI PQDLRDEIKE C YDVYSVSS EDRAPFGPRN GTAWIYTSEK DLNGSSHWGI IATYSGAGYY LDLSRTREET AAQVASLKKN VWLDRGTRAT FI DFSVYNA NINLFCVVRL LVEFPATGGV IPSWQFQPLK LIRYVTTFDF FLAACEIIFC FFIFYYVVEE ILEIRIHKLH YFR SFWNCL DVVIVVLSVV AIGINIYRTS NVEVLLQFLE DQNTFPNFEH LAYWQIQFNN IAAVTVFFVW IKLFKFINFN RTMS QLSTT MSRCAKDLFG FAIMFFIIFL AYAQLAYLVF GTQVDDFSTF QECIFTQFRI ILGDINFAEI EEANRVLGPI YFTTF VFFM FFILLNMFLA IINDTYSEVK SDLAQQKAEM ELSDLIRKGY HKALVKLKLK KNTVD |
-分子 #2: human PKD1 (chain B)
分子 | 名称: human PKD1 (chain B) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector pCK9 (その他) |
配列 | 文字列: TAFGASLFVP PSHVRFVFPE PTADVNYIVM LTCAVCLVTY MVMAAILHKL DQLDASRGRA IPFCGQRGRF KYEILVKTGW GRGSGTTAH VGIMLYGVDS RSGHRHLDGD RAFHRNSLDI FRIATPHSLG SVWKIRVWHD NKGLSPAWFL QHVIVRDLQT A RSAFFLVN ...文字列: TAFGASLFVP PSHVRFVFPE PTADVNYIVM LTCAVCLVTY MVMAAILHKL DQLDASRGRA IPFCGQRGRF KYEILVKTGW GRGSGTTAH VGIMLYGVDS RSGHRHLDGD RAFHRNSLDI FRIATPHSLG SVWKIRVWHD NKGLSPAWFL QHVIVRDLQT A RSAFFLVN DWLSVETEAN GGLVEKEVLA ASDAALLRFR RLLVAELQRG FFDKHIWLSI WDRPPRSRFT RIQRATCCVL LI CLFLGAN AVWYGAVGDS AYSTGHVSRL SPLSVDTVAV GLVSSVVVYP VYLAILFLFR MSRSKVAGSP SPTPAGQQVL DID SCLDSS VLDSSFLTFS GLHAEQAFVG QMKSDLFLDD SKSLVCWPSG EGTLSWPDLL SDPSIVGSNL RQLARGQAGH GLGP EEDGF SLASPYSPAK SFSASDEDLI QQVLAEGVSS PAPTQDTHME TDLLSSLSST PGEKTETLAL QRLGELGPPS PGLNW EQPQ AARLSRTGLV EGLRKRLLPA WCASLAHGLS LLLVAVAVAV SGWVGASFPP GVSVAWLLSS SASFLASFLG WEPLKV LLE ALYFSLVAKR LHPDEDDTLV ESPAVTPVSA RVPRVRPPHG FALFLAKEEA RKVKRLHGML RSLLVYMLFL LVTLLAS YG DASCHGHAYR LQSAIKQELH SRAFLAITRS EELWPWMAHV LLPYVHGNQS SPELGPPRLR QVRLQEALYP DPPGPRVH T CSAAGGFSTS DYDVGWESPH NGSGTWAYSA PDLLGAWSWG SCAVYDSGGY VQELGLSLEE SRDRLRFLQL HNWLDNRSR AVFLELTRYS PAVGLHAAVT LRLEFPAAGR ALAALSVRPF ALRRLSAGLS LPLLTSVCLL LFAVHFAVAE ARTWHREGRW RVLRLGAWA RWLLVALTAA TALVRLAQLG AADRQWTRFV RGRPRRFTSF DQVAQLSSAA RGLAASLLFL LLVKAAQQLR F VRQWSVFG KTLCRALPEL LGVTLGLVVL GVAYAQLAIL LVSSCVDSLW SVAQALLVLC PGTGLSTLCP AESWHLSPLL CV GLWALRL WGALRLGAVI LRWRYHALRG ELYRPAWEPQ DYEMVELFLR RLRLWMGLSK VKEFRHKVRF EGMEPLPSRS SRG S |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 116485 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |