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- EMDB-6429: Architecture of the complex formed by large and small Terminase s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6429
タイトルArchitecture of the complex formed by large and small Terminase subunits from Bacteriophage P22
マップデータAsymmetric reconstruction of terminase holoenzyme from Bacteriophage P22
試料
  • 試料: Bacteriophage P22 terminase holoenzyme
  • タンパク質・ペプチド: small terminase subunit
  • タンパク質・ペプチド: large terminase subunit
キーワードviral genome-packaging motor / Terminase complex / Salmonella virus / P22 Bacteriophage
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者McNulty R / Johnson JE
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Architecture of the Complex Formed by Large and Small Terminase Subunits from Bacteriophage P22.
著者: Reginald McNulty / Ravi Kumar Lokareddy / Ankoor Roy / Yang Yang / Gabriel C Lander / Albert J R Heck / John E Johnson / Gino Cingolani /
要旨: Packaging of viral genomes inside empty procapsids is driven by a powerful ATP-hydrolyzing motor, formed in many double-stranded DNA viruses by a complex of a small terminase (S-terminase) subunit ...Packaging of viral genomes inside empty procapsids is driven by a powerful ATP-hydrolyzing motor, formed in many double-stranded DNA viruses by a complex of a small terminase (S-terminase) subunit and a large terminase (L-terminase) subunit, transiently docked at the portal vertex during genome packaging. Despite recent progress in elucidating the structure of individual terminase subunits and their domains, little is known about the architecture of an assembled terminase complex. Here, we describe a bacterial co-expression system that yields milligram quantities of the S-terminase:L-terminase complex of the Salmonella phage P22. In vivo assembled terminase complex was affinity-purified and stabilized by addition of non-hydrolyzable ATP, which binds specifically to the ATPase domain of L-terminase. Mapping studies revealed that the N-terminus of L-terminase ATPase domain (residues 1-58) contains a minimal S-terminase binding domain sufficient for stoichiometric association with residues 140-162 of S-terminase, the L-terminase binding domain. Hydrodynamic analysis by analytical ultracentrifugation sedimentation velocity and native mass spectrometry revealed that the purified terminase complex consists predominantly of one copy of the nonameric S-terminase bound to two equivalents of L-terminase (1S-terminase:2L-terminase). Direct visualization of this molecular assembly in negative-stained micrographs yielded a three-dimensional asymmetric reconstruction that resembles a "nutcracker" with two L-terminase protomers projecting from the C-termini of an S-terminase ring. This is the first direct visualization of a purified viral terminase complex analyzed in the absence of DNA and procapsid.
履歴
登録2015年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月9日-
マップ公開2015年9月9日-
更新2015年10月14日-
現状2015年10月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6429.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6429.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Asymmetric reconstruction of terminase holoenzyme from Bacteriophage P22
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 72 pix.
= 295.2 Å		4.1 Å/pix.
x 72 pix.
= 295.2 Å		4.1 Å/pix.
x 72 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.02977208 - 0.0939173
平均 (標準偏差)0.00002503 (±0.00756671)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 295.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.200295.200295.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-180-180-180
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-0.0300.0940.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: Mask of complex generated automatically with RELION

注釈Mask of complex generated automatically with RELION
ファイルemd_6429_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage P22 terminase holoenzyme

全体名称: Bacteriophage P22 terminase holoenzyme
要素
  • 試料: Bacteriophage P22 terminase holoenzyme
  • タンパク質・ペプチド: small terminase subunit
  • タンパク質・ペプチド: large terminase subunit

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超分子 #1000: Bacteriophage P22 terminase holoenzyme

超分子名称: Bacteriophage P22 terminase holoenzyme / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One nonamer of S-terminase binds to two L-terminase subunits
Number unique components: 2
分子量実験値: 287 KDa / 理論値: 287 KDa / 手法: Native MS

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分子 #1: small terminase subunit

分子名称: small terminase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 集合状態: 9 small subunits : 2 large subunits / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage P22 (ファージ) / 別称: P22
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL-21-AI / 組換プラスミド: pET30

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分子 #2: large terminase subunit

分子名称: large terminase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 集合状態: 9 small subunits : 2 large subunits / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage P22 (ファージ) / 別称: P22
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL-21-AI / 組換プラスミド: pET30

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.014 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 3 mm DTT, 5% glycerol, 1 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Protein was adsorbed to the grid for 1 minute, blotted, and passed through four consecutive 40 microliter drops of 2% uranyl formate.
グリッド詳細: 400 mesh copper grids charged with Gatan plasma cleaner
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
日付2015年3月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 44 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Images were acquired using Leginon.
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細Particles were selected and filtered using the Appion Suite. Refinement was done with RELION.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 2062
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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