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万見
- EMDB-6402: Infectious bursal disease virus polyprotein and large precursors ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6402
タイトルInfectious bursal disease virus polyprotein and large precursors assemble into a procapsid that is matured by its embedded protease
マップデータReconstruction of IBDV procapsid
試料
  • 試料: IBDV procapsid
  • ウイルス: Infectious bursal disease virus (ウイルス)
キーワードcryo-electron microscopy / IBDV / procapsid / viral protease / protein processing / protein self-assembly / virus assembly / virus structure
生物種Infectious bursal disease virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Castrillo-Briceno M / Gomez-Blanco J / Monton M / Rueda P / Caston JR
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Infectious bursal disease virus polyprotein and large precursors assemble into a procapsid that is matured by its embedded protease
著者: Castrillo-Briceno M / Gomez-Blanco J / Monton M / Rueda P / Caston JR
履歴
登録2015年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2016年8月3日-
更新2017年2月8日-
現状2017年2月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6402.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6402.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 86.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of IBDV procapsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.51 Å/pix.
x 285 pix.
= 1570.35 Å		5.51 Å/pix.
x 285 pix.
= 1570.35 Å		5.51 Å/pix.
x 285 pix.
= 1570.35 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報5.515.515.51
CCP4マップ ヘッダ情報5.515.515.51
EM Navigator ムービー #12.7552.7552.755
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.02398811 - 0.03207992
平均 (標準偏差)0.00165585 (±0.00638837)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ285285285
Spacing285285285
セルA=B=C: 1570.3501 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.515.515.51
M x/y/z285285285
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1570.3501570.3501570.350
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS285285285
D min/max/mean-0.0240.0320.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : IBDV procapsid

全体名称: IBDV procapsid
要素
  • 試料: IBDV procapsid
  • ウイルス: Infectious bursal disease virus (ウイルス)

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超分子 #1000: IBDV procapsid

超分子名称: IBDV procapsid / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 60 copies arranged into 20 trimers / Number unique components: 1
分子量理論値: 2.8 MDa

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超分子 #1: Infectious bursal disease virus

超分子名称: Infectious bursal disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10995 / 生物種: Infectious bursal disease virus / Sci species strain: Soroa / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Coturnix japonica (ウズラ) / 組換細胞: QM7
分子量理論値: 2.8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.2 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM CaCl2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2011年5月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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