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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6402 | |||||||||
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タイトル | Infectious bursal disease virus polyprotein and large precursors assemble into a procapsid that is matured by its embedded protease | |||||||||
![]() | Reconstruction of IBDV procapsid | |||||||||
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![]() | cryo-electron microscopy / IBDV / procapsid / viral protease / protein processing / protein self-assembly / virus assembly / virus structure | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
![]() | Castrillo-Briceno M / Gomez-Blanco J / Monton M / Rueda P / Caston JR | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Infectious bursal disease virus polyprotein and large precursors assemble into a procapsid that is matured by its embedded protease 著者: Castrillo-Briceno M / Gomez-Blanco J / Monton M / Rueda P / Caston JR | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 81.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of IBDV procapsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ |
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密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : IBDV procapsid
全体 | 名称: IBDV procapsid |
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要素 |
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-超分子 #1000: IBDV procapsid
超分子 | 名称: IBDV procapsid / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 60 copies arranged into 20 trimers / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 2.8 MDa |
-超分子 #1: Infectious bursal disease virus
超分子 | 名称: Infectious bursal disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10995 / 生物種: Infectious bursal disease virus / Sci species strain: Soroa / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
Host system | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 2.8 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 13 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.2 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM CaCl2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2011年5月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: each micrograph |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 369 |