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万見
- EMDB-6400: Electron microscopy of BRCA1(5832insC) mutant-RNAP II transcripti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6400
タイトルElectron microscopy of BRCA1(5832insC) mutant-RNAP II transcriptional complex
マップデータReconstruction of BRCA1-RNAP II mutant complex
試料
  • 試料: Mutant BRCA1(5382insC)-RNAP II transcriptional assemblies isolated from hereditary breast cancer cells
  • タンパク質・ペプチド: RNA Polyermase II core
  • タンパク質・ペプチド: BRCA1
  • タンパク質・ペプチド: BARD1
  • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
キーワードtranscription / DNA damage repair / breast cancer / protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mRNA 3'-end processing / histone H2AK127 ubiquitin ligase activity / histone H2AK129 ubiquitin ligase activity / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / microfibril binding ...negative regulation of mRNA 3'-end processing / histone H2AK127 ubiquitin ligase activity / histone H2AK129 ubiquitin ligase activity / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / microfibril binding / negative regulation of centriole replication / sex-chromosome dosage compensation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / random inactivation of X chromosome / nuclear ubiquitin ligase complex / ubiquitin-modified histone reader activity / chordate embryonic development / cellular response to indole-3-methanol / gamma-tubulin ring complex / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / homologous recombination / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / lateral element / tissue homeostasis / protein K6-linked ubiquitination / regulation of phosphorylation / regulation of DNA damage checkpoint / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / XY body / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of protein export from nucleus / centrosome cycle / RNA polymerase binding / postreplication repair / DNA repair complex / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / FGFR2 alternative splicing / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / MicroRNA (miRNA) biogenesis / intracellular membraneless organelle / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / response to ionizing radiation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / negative regulation of cell cycle / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / ubiquitin ligase complex / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / regulation of DNA repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RNA polymerase II, core complex / : / protein autoubiquitination / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Maturation of protein E / Maturation of protein E / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis
類似検索 - 分子機能
BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat ...BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / Ankyrin repeat / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Breast cancer type 1 susceptibility protein / BRCA1-associated RING domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Winton CE / Gilmore BL / Demmert AC / Tanner JR / Bowman S / Karageorge V / Patel K / Sheng Z / Kelly DF
引用
ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the BRCT repeat region from the breast cancer-associated protein BRCA1.
著者: R S Williams / R Green / J N Glover /
要旨: The C-terminal BRCT region of BRCA1 is essential for its DNA repair, transcriptional regulation and tumor suppressor functions. Here we determine the crystal structure of the BRCT domain of human ...The C-terminal BRCT region of BRCA1 is essential for its DNA repair, transcriptional regulation and tumor suppressor functions. Here we determine the crystal structure of the BRCT domain of human BRCA1 at 2.5 A resolution. The domain contains two BRCT repeats that adopt similar structures and are packed together in a head-to-tail arrangement. Cancer-causing missense mutations occur at the interface between the two repeats and destabilize the structure. The manner by which the two BRCT repeats interact in BRCA1 may represent a general mode of interaction between homologous domains within proteins that interact to regulate the cellular response to DNA damage. The structure provides a basis to predict the structural consequences of uncharacterized BRCA1 mutations.
#3: ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2001
タイトル: Structure of a BRCA1-BARD1 heterodimeric RING-RING complex
著者: Brzovic PS / Rajagopal P / Hoyt DW / King MC / Klevit RE
#4: ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 1987
タイトル: Structure of ubiquitin refined at 1.8 A resolution
著者: Vijay-Kumar S / Bugg CE / Cook WJ
履歴
登録2015年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年8月19日-
マップ公開2016年8月3日-
更新2016年9月14日-
現状2016年9月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6400.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6400.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of BRCA1-RNAP II mutant complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 150 pix.
= 600. Å		4 Å/pix.
x 150 pix.
= 600. Å		4 Å/pix.
x 150 pix.
= 600. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.71576554 - 1.72933328
平均 (標準偏差)0.00979374 (±0.04155805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 600.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z600.000600.000600.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.7161.7290.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mutant BRCA1(5382insC)-RNAP II transcriptional assemblies isolate...

全体名称: Mutant BRCA1(5382insC)-RNAP II transcriptional assemblies isolated from hereditary breast cancer cells
要素
  • 試料: Mutant BRCA1(5382insC)-RNAP II transcriptional assemblies isolated from hereditary breast cancer cells
  • タンパク質・ペプチド: RNA Polyermase II core
  • タンパク質・ペプチド: BRCA1
  • タンパク質・ペプチド: BARD1
  • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin

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超分子 #1000: Mutant BRCA1(5382insC)-RNAP II transcriptional assemblies isolate...

超分子名称: Mutant BRCA1(5382insC)-RNAP II transcriptional assemblies isolated from hereditary breast cancer cells
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one mutant BRCA1(5382insC) molecule binds to one polymerase complex
Number unique components: 4
分子量理論値: 800 KDa

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分子 #1: RNA Polyermase II core

分子名称: RNA Polyermase II core / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Pol2 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: breast / 細胞: tumor / Organelle: nucleus
分子量理論値: 500 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

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分子 #2: BRCA1

分子名称: BRCA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Mutated BRCA1 was attached to tunable microchips using antibodies against the BRCA1 C-terminal domain.
コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: breast / 細胞: tumor / Organelle: nucleus
分子量理論値: 200 KDa
配列UniProtKB: Breast cancer type 1 susceptibility protein

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分子 #3: BARD1

分子名称: BARD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: breast / 細胞: tumor / Organelle: nucleus
分子量理論値: 87 KDa
配列UniProtKB: BRCA1-associated RING domain protein 1

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分子 #4: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: breast / 細胞: tumor / Organelle: nucleus
分子量理論値: 8 KDa
配列UniProtKB: Polyubiquitin-C

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10 mM CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Protein complexes were adsorbed to antibody-decorated microchips for 2 minutes and stained with 1% uranyl formate for 1 minute.
グリッド詳細: SiN microchips with TEM windows coated with 25% Ni-NTA functionalized lipid monolayers
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
温度最低: 83 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at high magnification.
詳細low-dose illumination
日付2015年3月23日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 30 µm / 実像数: 129 / 平均電子線量: 5 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 68000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 3000
最終 2次元分類クラス数: 1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4a93


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: K / Chain - #11 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using the Chimera software package.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1ubq


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using the Chimera software package.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1jm7


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using the Chimera software package.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

1jnx


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細This domain was used to generate a homology based model using the program SWISS-MODEL.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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