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- EMDB-6388: Electron cryo-microscopy of AP-1:Arf1:Nef complex at 7 Angstrom r... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6388
タイトルElectron cryo-microscopy of AP-1:Arf1:Nef complex at 7 Angstrom resolution
マップデータOne subunit of AP-1:Arf1:Nef complex
試料
  • 試料: AP-1:Arf1:Nef
  • タンパク質・ペプチド: adaptor protein-1
  • タンパク質・ペプチド: Arf1
  • タンパク質・ペプチド: Nef
キーワードadaptor protein-1
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Shen QT / Ren X / Zhang R / Lee H / Hurley J
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: HIV-1 Nef hijacks clathrin coats by stabilizing AP-1:Arf1 polygons.
著者: Qing-Tao Shen / Xuefeng Ren / Rui Zhang / Il-Hyung Lee / James H Hurley /
要旨: The lentiviruses HIV and simian immunodeficiency virus (SIV) subvert intracellular membrane traffic as part of their replication cycle. The lentiviral Nef protein helps viruses evade innate and ...The lentiviruses HIV and simian immunodeficiency virus (SIV) subvert intracellular membrane traffic as part of their replication cycle. The lentiviral Nef protein helps viruses evade innate and adaptive immune defenses by hijacking the adaptor protein 1 (AP-1) and AP-2 clathrin adaptors. We found that HIV-1 Nef and the guanosine triphosphatase Arf1 induced trimerization and activation of AP-1. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the Nef- and Arf1-bound AP-1 trimer in the active and inactive states. A central nucleus of three Arf1 molecules organizes the trimers. We combined the open trimer with a known dimer structure and thus predicted a hexagonal assembly with inner and outer faces that bind the membranes and clathrin, respectively. Hexagons were directly visualized and the model validated by reconstituting clathrin cage assembly. Arf1 and Nef thus play interconnected roles in allosteric activation, cargo recruitment, and coat assembly, revealing an unexpectedly intricate organization of the inner AP-1 layer of the clathrin coat.
履歴
登録2015年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月23日-
マップ公開2015年11月4日-
更新2015年11月4日-
現状2015年11月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.236
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.236
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6388.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6388.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈One subunit of AP-1:Arf1:Nef complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.64 Å/pix.
x 128 pix.
= 337.92 Å		2.64 Å/pix.
x 128 pix.
= 337.92 Å		2.64 Å/pix.
x 128 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.236 / ムービー #1: 0.236
最小 - 最大-0.67300588 - 1.06478286
平均 (標準偏差)-0.00035372 (±0.04631491)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.642.642.64
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.920337.920337.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.6731.065-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AP-1:Arf1:Nef

全体名称: AP-1:Arf1:Nef
要素
  • 試料: AP-1:Arf1:Nef
  • タンパク質・ペプチド: adaptor protein-1
  • タンパク質・ペプチド: Arf1
  • タンパク質・ペプチド: Nef

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超分子 #1000: AP-1:Arf1:Nef

超分子名称: AP-1:Arf1:Nef / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3

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分子 #1: adaptor protein-1

分子名称: adaptor protein-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: AP-1 / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量実験値: 250 KDa / 理論値: 250 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) pLys / 組換プラスミド: pST44

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分子 #2: Arf1

分子名称: Arf1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: ADP-ribosylation factor-1 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量実験値: 200 KDa / 理論値: 200 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) pLys / 組換プラスミド: pST44

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分子 #3: Nef

分子名称: Nef / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: negative factor / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量実験値: 290 KDa / 理論値: 290 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) pLys / 組換プラスミド: pST44

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris, 200 mM NaCl, 0.3 mM TCEP
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
日付2015年3月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
実像数: 1000 / 平均電子線量: 45.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: whole image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 12000
最終 2次元分類クラス数: 10

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4p6z

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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