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- PDB-4p6z: Crystal structure of the human BST2 cytoplasmic domain and the HI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p6z
タイトルCrystal structure of the human BST2 cytoplasmic domain and the HIV-1 Vpu cytoplasmic domain bound to the clathrin adaptor protein complex 1 (AP1) core
要素
  • (AP-1 complex subunit ...) x 4
  • Bone marrow stromal antigen 2
  • Protein Vpu
キーワードPROTEIN TRANSPORT / BST2 / tetherin / Vpu / HIV / clathrin / AP1 / antiviral / restriction factor / antagonism
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / basolateral protein secretion / AP-1 adaptor complex / endosome to melanosome transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / response to interferon-alpha / platelet dense granule organization / metalloendopeptidase inhibitor activity ...negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / basolateral protein secretion / AP-1 adaptor complex / endosome to melanosome transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / response to interferon-alpha / platelet dense granule organization / metalloendopeptidase inhibitor activity / melanosome assembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / clathrin adaptor activity / receptor catabolic process / positive regulation of leukocyte proliferation / MHC class II antigen presentation / CD4 receptor binding / determination of left/right symmetry / clathrin-coated vesicle / azurophil granule membrane / clathrin binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / negative regulation of viral genome replication / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / B cell activation / viral release from host cell / host cell membrane / response to type II interferon / monoatomic cation channel activity / side of membrane / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / Neutrophil degranulation / multivesicular body / MHC class II antigen presentation / receptor-mediated endocytosis / cytoplasmic vesicle membrane / negative regulation of cell migration / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / trans-Golgi network membrane / kidney development / intracellular protein transport / regulation of actin cytoskeleton organization / trans-Golgi network / negative regulation of cell growth / response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / synaptic vesicle / presynapse / heart development / defense response to virus / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / apical plasma membrane / membrane raft / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / lipid binding / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vpu protein / Vpu protein cytoplasmic domain superfamily / Vpu protein / Bone marrow stromal antigen 2 / Bone marrow stromal antigen 2 / Beta-Lactamase - #60 / AP-1 complex subunit sigma / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. ...Vpu protein / Vpu protein cytoplasmic domain superfamily / Vpu protein / Bone marrow stromal antigen 2 / Bone marrow stromal antigen 2 / Beta-Lactamase - #60 / AP-1 complex subunit sigma / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Adaptor protein complex, sigma subunit / : / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / Adaptor complexes medium subunit family / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Longin-like domain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Beta-Lactamase / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Vpu / AP-1 complex subunit gamma-1 / AP-1 complex subunit mu-1 / AP-1 complex subunit sigma-1A / AP-1 complex subunit beta-1 / Bone marrow stromal antigen 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jia, X. / Xiong, Y.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI102778 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI097064 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081668 米国
The James B. Pendleton Charitable Trust 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structural basis of HIV-1 Vpu-mediated BST2 antagonism via hijacking of the clathrin adaptor protein complex 1.
著者: Jia, X. / Weber, E. / Tokarev, A. / Lewinski, M. / Rizk, M. / Suarez, M. / Guatelli, J. / Xiong, Y.
履歴
登録2014年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: AP-1 complex subunit gamma-1
S: AP-1 complex subunit sigma-1A
M: AP-1 complex subunit mu-1
B: AP-1 complex subunit beta-1
V: Protein Vpu
T: Bone marrow stromal antigen 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,0546
ポリマ－216,0546
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20470 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area70930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.536, 160.536, 118.393
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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AP-1 complex subunit ... , 4種, 4分子 GSMB

#1: タンパク質 AP-1 complex subunit gamma-1 / Adapter-related protein complex 1 subunit gamma-1 / Adaptor protein complex AP-1 subunit gamma-1 / ...Adapter-related protein complex 1 subunit gamma-1 / Adaptor protein complex AP-1 subunit gamma-1 / Clathrin assembly protein complex 1 gamma-1 large chain / Gamma-adaptin / Gamma1-adaptin / Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin subunit gamma-1


分子量: 70944.023 Da / 分子数: 1
断片: BST2/tetheirn cytoplasmic domain, UNP residues 1-613
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap1g1, Adtg, Clapg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22892
#2: タンパク質 AP-1 complex subunit sigma-1A / Adapter-related protein complex 1 subunit sigma-1A / Adaptor protein complex AP-1 subunit sigma-1A ...Adapter-related protein complex 1 subunit sigma-1A / Adaptor protein complex AP-1 subunit sigma-1A / Clathrin assembly protein complex 1 sigma-1A small chain / Clathrin coat assembly protein AP19 / Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin sigma-1A subunit / HA1 19 kDa subunit / Sigma 1a subunit of AP-1 clathrin / Sigma-adaptin 1A / Sigma1A-adaptin


分子量: 18787.059 Da / 分子数: 1 / 断片: HIV-1 Vpu cytoplasmic domain / Mutation: Q11R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP1S1, AP19, CLAPS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61966
#3: タンパク質 AP-1 complex subunit mu-1 / AP-mu chain family member mu1A / Adapter-related protein complex 1 subunit mu-1 / Adaptor protein ...AP-mu chain family member mu1A / Adapter-related protein complex 1 subunit mu-1 / Adaptor protein complex AP-1 subunit mu-1 / Clathrin assembly protein complex 1 mu-1 medium chain 1 / Clathrin coat assembly protein AP47 / Clathrin coat-associated protein AP47 / Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin mu-1 subunit / Mu-adaptin 1 / Mu1A-adaptin


分子量: 48606.730 Da / 分子数: 1
断片: Clathrin adaptor protein complex 1 (AP1) core, UNP residues 1-421
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap1m1, Cltnm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35585
#4: タンパク質 AP-1 complex subunit beta-1 / Adapter-related protein complex 1 subunit beta-1 / Adaptor protein complex AP-1 subunit beta-1 / ...Adapter-related protein complex 1 subunit beta-1 / Adaptor protein complex AP-1 subunit beta-1 / Beta-1-adaptin / Beta-adaptin 1 / Clathrin assembly protein complex 1 beta large chain / Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin beta subunit


分子量: 67770.258 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-584 / Mutation: T431A, E476K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP1B1, ADTB1, BAM22, CLAPB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q10567

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 3種, 16分子 VT

#5: タンパク質 Protein Vpu / U ORF protein / Viral protein U


分子量: 7123.607 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-81 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate SF162 / 遺伝子: vpu / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19554
#6: タンパク質・ペプチド Bone marrow stromal antigen 2 / BST-2 / HM1.24 antigen / Tetherin


分子量: 2822.180 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-21 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q10589
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: Peg 6000, NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 59937 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 67.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 30.036 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.988 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2293 3036 5.1 %RANDOM
Rwork0.1858 56901 --
obs0.188 59937 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 261.61 Å2 / Biso mean: 107.107 Å2 / Biso min: 36.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---1.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13918 0 0 14 13932
Biso mean---74.22 -
残基数----1740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01914161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.9819133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.40151735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.77724.385634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.102152689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0671595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110383
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 243 -
Rwork0.34 4174 -
all-4417 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02210.32310.26762.0537-0.21780.94090.02580.39530.604-0.7715-0.1598-0.5112-0.23110.22910.13410.850.11870.29620.65570.27420.6438-56.38-24.4236.086
23.33780.13250.35025.859-0.1233.92570.40250.43170.3179-0.963-0.3479-0.4847-0.16480.0247-0.05460.72070.19120.12790.35820.08830.076-69.694-41.4453.589
32.25170.7017-0.12330.78450.29821.10890.1242-0.02340.0521-0.1501-0.29510.1018-0.06760.11830.17080.69110.0501-0.01020.5857-0.00670.3647-82.609-35.18844.571
42.1556-0.4536-1.10182.21761.33583.04180.1897-0.4646-0.21640.4328-0.1312-0.22550.01930.2493-0.05850.458-0.1103-0.12760.3690.13610.0801-64.02-56.54658.008
52.60540.1999-0.54111.7233-0.12881.32470.1739-0.01250.68960.0859-0.268-0.1441-0.28360.2050.09410.6323-0.0793-0.05010.34120.02920.2821-64.657-25.42847.896
61.1665.2857-4.337124.2106-19.866416.3021-0.23430.16840.2965-0.92031.13571.12110.746-0.9143-0.90131.12630.1418-0.19190.6601-0.19890.3482-84.626-43.5778.582
79.81731.46813.7190.48-2.612543.9357-0.5281-0.6711-1.6725-0.0729-0.0479-0.28641.2059-0.10440.5761.01920.0320.15220.6330.27750.6053-74.933-65.47169.746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G2 - 588
2X-RAY DIFFRACTION2S1 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3M2 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4M158 - 423
5X-RAY DIFFRACTION5B14 - 583
6X-RAY DIFFRACTION6V61 - 67
7X-RAY DIFFRACTION7T6 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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