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万見
- EMDB-6340: Electron cryo-microscopy of a BRCA1-RNAPII transcriptional complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6340
タイトルElectron cryo-microscopy of a BRCA1-RNAPII transcriptional complex
マップデータReconstruction of BRCA1-RNAPII transcriptional complexes derived from human breast cancer cells
試料
  • 試料: BRCA1-RNAP II transcriptional assemblies isolated from hereditary breast cancer cells
  • タンパク質・ペプチド: RNA Polyermase II core
  • タンパク質・ペプチド: BRCA1
  • タンパク質・ペプチド: BARD1
  • タンパク質・ペプチド: Ubiqutin
  • DNA: DNA
キーワードtranscription / DNA repair / cancer / mRNA / tumor suppressor / ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mRNA 3'-end processing / histone H2AK127 ubiquitin ligase activity / histone H2AK129 ubiquitin ligase activity / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / microfibril binding ...negative regulation of mRNA 3'-end processing / histone H2AK127 ubiquitin ligase activity / histone H2AK129 ubiquitin ligase activity / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / microfibril binding / negative regulation of centriole replication / sex-chromosome dosage compensation / random inactivation of X chromosome / nuclear ubiquitin ligase complex / ubiquitin-modified histone reader activity / chordate embryonic development / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to indole-3-methanol / gamma-tubulin ring complex / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / homologous recombination / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / tissue homeostasis / regulation of phosphorylation / protein K6-linked ubiquitination / lateral element / regulation of DNA damage checkpoint / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / XY body / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of protein export from nucleus / centrosome cycle / RNA polymerase binding / postreplication repair / DNA repair complex / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / FGFR2 alternative splicing / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / MicroRNA (miRNA) biogenesis / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / intracellular membraneless organelle / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / response to ionizing radiation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / negative regulation of cell cycle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / ubiquitin ligase complex / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus
類似検索 - 分子機能
BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat ...BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / : / Ankyrin repeat / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Breast cancer type 1 susceptibility protein / BRCA1-associated RING domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Gilmore BL / Winton CE / Demmert AC / Tanner JR / Bowman S / Karageorge V / Patel K / Sheng Z / Kelly DF
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Architecture of the RNA polymerase II preinitiation complex and mechanism of ATP-dependent promoter opening.
著者: Sebastian Grünberg / Linda Warfield / Steven Hahn /
要旨: Yeast RNA polymerase II (Pol II) general transcription factor TFIIE and the TFIIH subunit Ssl2 (yeast ortholog of mammalian XPB) function in the transition of the preinitiation complex (PIC) to the ...Yeast RNA polymerase II (Pol II) general transcription factor TFIIE and the TFIIH subunit Ssl2 (yeast ortholog of mammalian XPB) function in the transition of the preinitiation complex (PIC) to the open complex. We show that the three TFIIE winged-helix (WH) domains form a heterodimer, with the Tfa1 (TFIIEα) WH binding the Pol II clamp and the Tfa2 (TFIIEβ) tandem WH domain encircling promoter DNA that becomes single-stranded in the open complex. Ssl2 lies adjacent to TFIIE, enclosing downstream promoter DNA. Unlike previous proposals, comparison of the PIC and open-complex models strongly suggests that Ssl2 promotes DNA opening by functioning as a double-stranded-DNA translocase, feeding 15 base pairs into the Pol II cleft. Right-handed threading of DNA through the Ssl2 binding groove, combined with the fixed position of upstream promoter DNA, leads to DNA unwinding and the open state.
#5: ジャーナル: Journal of Scientific Reports
タイトル: A Molecular Toolkit to Visualize Native Protein Assemblies in the Context of the Human Disease
著者: Gilmore BL / Winton CE / Demmert AC / Tanner JR / Bowman S / Karageorge V / Patel K / Sheng Z / Kelly DF
履歴
登録2015年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年6月3日-
マップ公開2016年5月4日-
更新2016年5月4日-
現状2016年5月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6340.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6340.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 825.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of BRCA1-RNAPII transcriptional complexes derived from human breast cancer cells
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.5 Å/pix.
x 60 pix.
= 330. Å		5.5 Å/pix.
x 60 pix.
= 330. Å		5.5 Å/pix.
x 60 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.04934045 - 0.27780649
平均 (標準偏差)0.00200953 (±0.01158097)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.55.55.5
M x/y/z606060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.000330.000330.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-31-64
NX/NY/NZ6963129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS606060
D min/max/mean-0.0490.2780.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BRCA1-RNAP II transcriptional assemblies isolated from hereditary...

全体名称: BRCA1-RNAP II transcriptional assemblies isolated from hereditary breast cancer cells
要素
  • 試料: BRCA1-RNAP II transcriptional assemblies isolated from hereditary breast cancer cells
  • タンパク質・ペプチド: RNA Polyermase II core
  • タンパク質・ペプチド: BRCA1
  • タンパク質・ペプチド: BARD1
  • タンパク質・ペプチド: Ubiqutin
  • DNA: DNA

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超分子 #1000: BRCA1-RNAP II transcriptional assemblies isolated from hereditary...

超分子名称: BRCA1-RNAP II transcriptional assemblies isolated from hereditary breast cancer cells
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one BRCA1 molecule binds to one polymerase complex
Number unique components: 5
分子量理論値: 800 KDa

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分子 #1: RNA Polyermase II core

分子名称: RNA Polyermase II core / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Pol2 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: breast / 細胞: tumor / Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nucleus
分子量理論値: 500 KDa
配列UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

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分子 #2: BRCA1

分子名称: BRCA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: BRCA1 was attached to tunable microchips using antibodies against the BRCA1 C-terminal domain
コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: breast / 細胞: tumor / Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nucleus
分子量理論値: 200 KDa
配列UniProtKB: Breast cancer type 1 susceptibility protein

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分子 #3: BARD1

分子名称: BARD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: breast / 細胞: tumor / Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nucleus
分子量理論値: 87 KDa
配列UniProtKB: BRCA1-associated RING domain protein 1

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分子 #4: Ubiqutin

分子名称: Ubiqutin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: breast / 細胞: tumor / Organelle: nucleus / 細胞中の位置: nucleus
分子量理論値: 8 KDa
配列UniProtKB: Polyubiquitin-C

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分子 #5: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10 mM CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Protein complexes were adsorbed to antibody-decorated microchips for 2 minutes and stained with 1% uranyl formate for 1 minute.
グリッド詳細: SiN microchips with TEM windows coated with 25% Ni-NTA functionalized lipid monolayers
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
手法: Microchips were blotted for ~8 seconds using one-sided blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
温度最低: 83 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at high magnification.
詳細low-dose illumination
日付2013年3月8日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 30 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 5 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 54500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 22000
最終 2次元分類クラス数: 5

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4a93


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: K / Chain - #11 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using the Chimera software package.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1ubq


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using the Chimera software package.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1jnx


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using the Chimera software package.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

1jm7


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using the Chimera software package.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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