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- EMDB-3401: Electron cryo-microscopy of CSN-SCF-N8 complex -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3401
タイトルElectron cryo-microscopy of CSN-SCF-N8 complex
マップデータreconstruction of CSN5H138A-N8_SCF/Skp2
試料
  • 試料: CSN5H138A-N8_SCF/Skp2
  • タンパク質・ペプチド: x 14種
キーワードCOP9 signalosome / Cullin-RING ligase / SCF / deneddylation
機能・相同性
機能・相同性情報


COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / mitotic cell cycle phase transition / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of protein polyubiquitination / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity ...COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / mitotic cell cycle phase transition / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of protein polyubiquitination / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / F-box domain binding / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / PcG protein complex / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / COP9 signalosome / cullin-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / positive regulation of protein autoubiquitination / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / protein neddylation / regulation of JNK cascade / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metal-dependent deubiquitinase activity / NEDD8 ligase activity / negative regulation of response to oxidative stress / RHOBTB1 GTPase cycle / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SCF ubiquitin ligase complex / inner cell mass cell proliferation / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of type I interferon production / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / skeletal muscle cell differentiation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cullin family protein binding / regulation of postsynapse assembly / regulation of proteolysis / response to light stimulus / protein K63-linked ubiquitination / anatomical structure morphogenesis / protein monoubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / JNK cascade / translation initiation factor activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitotic cell cycle / T cell activation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / molecular function activator activity / ubiquitin binding / animal organ morphogenesis / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Iron uptake and transport / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / DNA Damage Recognition in GG-NER
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : ...COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Nedd8-like ubiquitin / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / Cullin protein neddylation domain / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / PCI/PINT associated module / Cullin / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / COP9 signalosome complex subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / S-phase kinase-associated protein 1 / COP9 signalosome complex subunit 1 / S-phase kinase-associated protein 2 / Cullin-1 / Ubiquitin-like protein NEDD8 / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 5 ...Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / COP9 signalosome complex subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / S-phase kinase-associated protein 1 / COP9 signalosome complex subunit 1 / S-phase kinase-associated protein 2 / Cullin-1 / Ubiquitin-like protein NEDD8 / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 7b / COP9 signalosome complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Mosadeghi R / Reichermeier KM / Winkler M / Schreiber A / Reitsma JM / Zhang Y / Stengel F / Cao J / Kim M / Sweredoski MJ ...Mosadeghi R / Reichermeier KM / Winkler M / Schreiber A / Reitsma JM / Zhang Y / Stengel F / Cao J / Kim M / Sweredoski MJ / Hess S / Leitner A / Aebersold R / Peter M / Deshaies RJ / Enchev RI
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural and kinetic analysis of the COP9-Signalosome activation and the cullin-RING ubiquitin ligase deneddylation cycle.
著者: Ruzbeh Mosadeghi / Kurt M Reichermeier / Martin Winkler / Anne Schreiber / Justin M Reitsma / Yaru Zhang / Florian Stengel / Junyue Cao / Minsoo Kim / Michael J Sweredoski / Sonja Hess / ...著者: Ruzbeh Mosadeghi / Kurt M Reichermeier / Martin Winkler / Anne Schreiber / Justin M Reitsma / Yaru Zhang / Florian Stengel / Junyue Cao / Minsoo Kim / Michael J Sweredoski / Sonja Hess / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Matthias Peter / Raymond J Deshaies / Radoslav I Enchev /
要旨: The COP9-Signalosome (CSN) regulates cullin-RING ubiquitin ligase (CRL) activity and assembly by cleaving Nedd8 from cullins. Free CSN is autoinhibited, and it remains unclear how it becomes ...The COP9-Signalosome (CSN) regulates cullin-RING ubiquitin ligase (CRL) activity and assembly by cleaving Nedd8 from cullins. Free CSN is autoinhibited, and it remains unclear how it becomes activated. We combine structural and kinetic analyses to identify mechanisms that contribute to CSN activation and Nedd8 deconjugation. Both CSN and neddylated substrate undergo large conformational changes upon binding, with important roles played by the N-terminal domains of Csn2 and Csn4 and the RING domain of Rbx1 in enabling formation of a high affinity, fully active complex. The RING domain is crucial for deneddylation, and works in part through conformational changes involving insert-2 of Csn6. Nedd8 deconjugation and re-engagement of the active site zinc by the autoinhibitory Csn5 glutamate-104 diminish affinity for Cul1/Rbx1 by ~100-fold, resulting in its rapid ejection from the active site. Together, these mechanisms enable a dynamic deneddylation-disassembly cycle that promotes rapid remodeling of the cellular CRL network.
履歴
登録2016年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月6日-
マップ公開2016年4月6日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3401_ima...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction of CSN5H138A-N8_SCF/Skp2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.74 Å/pix.
x 220 pix.
= 382.8 Å		1.74 Å/pix.
x 220 pix.
= 382.8 Å		1.74 Å/pix.
x 220 pix.
= 382.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.065 / ムービー #1: 0.065
最小 - 最大-0.08129014 - 0.22193521
平均 (標準偏差)0.00045421 (±0.01186982)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 382.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.741.741.74
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z382.800382.800382.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-64
NX/NY/NZ6161129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0810.2220.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CSN5H138A-N8_SCF/Skp2

全体名称: CSN5H138A-N8_SCF/Skp2
要素
  • 試料: CSN5H138A-N8_SCF/Skp2
  • タンパク質・ペプチド: Csn1
  • タンパク質・ペプチド: Csn2
  • タンパク質・ペプチド: Csn3
  • タンパク質・ペプチド: Csn4
  • タンパク質・ペプチド: Csn5
  • タンパク質・ペプチド: Csn6
  • タンパク質・ペプチド: Csn7b
  • タンパク質・ペプチド: Csn8
  • タンパク質・ペプチド: Cul1
  • タンパク質・ペプチド: Rbx1
  • タンパク質・ペプチド: Nedd8
  • タンパク質・ペプチド: Skp1
  • タンパク質・ペプチド: Skp2
  • タンパク質・ペプチド: Cks1

+
超分子 #1000: CSN5H138A-N8_SCF/Skp2

超分子名称: CSN5H138A-N8_SCF/Skp2 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: one CSN monomer and one SCF monomer / Number unique components: 14
分子量理論値: 500 KDa

+
分子 #1: Csn1

分子名称: Csn1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Cops1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of the CSN) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 55 KDa
組換発現生物種: High Five insect cells / 組換株: Trichoplusia ni / 組換細胞: BTI-TN-5B1-4 / 組換プラスミド: multibac system
配列UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 1

+
分子 #2: Csn2

分子名称: Csn2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Cops2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of the CSN) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 51 KDa
組換発現生物種: High Five insect cells / 組換株: Trichoplusia ni / 組換細胞: BTI-TN-5B1-4 / 組換プラスミド: multibac system
配列UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 2

+
分子 #3: Csn3

分子名称: Csn3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Cops3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of the CSN) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 47 KDa
組換発現生物種: High Five insect cells / 組換株: Trichoplusia ni / 組換細胞: BTI-TN-5B1-4 / 組換プラスミド: multibac system
配列UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 3

+
分子 #4: Csn4

分子名称: Csn4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Cops4 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of the CSN) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 46 KDa
組換発現生物種: High Five insect cells / 組換株: Trichoplusia ni / 組換細胞: BTI-TN-5B1-4 / 組換プラスミド: multibac system
配列UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 4

+
分子 #5: Csn5

分子名称: Csn5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Cops5 / 詳細: His6 tag on the N-terminus / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of the CSN) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 37 KDa
組換発現生物種: High Five insect cells / 組換株: Trichoplusia ni / 組換細胞: BTI-TN-5B1-4 / 組換プラスミド: multibac system
配列UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 5

+
分子 #6: Csn6

分子名称: Csn6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: Cops6 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of the CSN) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 36 KDa
組換発現生物種: High Five insect cells / 組換株: Trichoplusia ni / 組換細胞: BTI-TN-5B1-4 / 組換プラスミド: multibac system
配列UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 6

+
分子 #7: Csn7b

分子名称: Csn7b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: Cops7b / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of the CSN) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 29.6 KDa
組換発現生物種: High Five insect cells / 組換株: Trichoplusia ni / 組換細胞: BTI-TN-5B1-4 / 組換プラスミド: multibac system
配列UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 7b

+
分子 #8: Csn8

分子名称: Csn8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / Name.synonym: Cops8 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of the CSN) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 23 KDa
組換発現生物種: High Five insect cells / 組換株: Trichoplusia ni / 組換細胞: BTI-TN-5B1-4 / 組換プラスミド: multibac system
配列UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 8

+
分子 #9: Cul1

分子名称: Cul1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: StrepII2x tag on the N-terminus / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of SCF) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 89 KDa
組換発現生物種: High Five insect cells / 組換株: Trichoplusia ni / 組換細胞: BTI-TN-5B1-4 / 組換プラスミド: multibac system
配列UniProtKB: Cullin-1

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分子 #10: Rbx1

分子名称: Rbx1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / Name.synonym: Roc1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of SCF) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 12 KDa
組換発現生物種: High Five insect cells / 組換株: Trichoplusia ni / 組換細胞: BTI-TN-5B1-4 / 組換プラスミド: multibac system
配列UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

+
分子 #11: Nedd8

分子名称: Nedd8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of SCF) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 9 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: see publication
配列UniProtKB: Ubiquitin-like protein NEDD8

+
分子 #12: Skp1

分子名称: Skp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12
詳細: see Enchev et al 2012 Cell Reports for details of the used construct
コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of SCF) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: see publication
配列UniProtKB: S-phase kinase-associated protein 1

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分子 #13: Skp2

分子名称: Skp2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13
詳細: see Enchev et al 2012 Cell Reports for details of the used construct
コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of SCF) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: see publication
配列UniProtKB: S-phase kinase-associated protein 2

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分子 #14: Cks1

分子名称: Cks1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14
詳細: see Enchev et al 2012 Cell Reports for details of the used construct
コピー数: 1 / 集合状態: monomer (part of SCF) / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 9.6 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: see publication
配列UniProtKB: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 15 mM HEPES, pH 7.6, 100 mM NaCl, 0.5 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil grids (R1.2/1.3 Cu 400 mesh), freshly coated with an extra layer of thin carbon and glow-discharged for 2 min at 50 mA and 0.2 mbar vacuum
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: the sample was diluted to 0.1 mg/ml and 2 ul were applied to Quantifoil grids (R1.2/1.3 Cu 400 mesh), freshly coated with an extra layer of thin carbon and glow-discharged for 2 min at 50 mA ...手法: the sample was diluted to 0.1 mg/ml and 2 ul were applied to Quantifoil grids (R1.2/1.3 Cu 400 mesh), freshly coated with an extra layer of thin carbon and glow-discharged for 2 min at 50 mA and 0.2 mbar vacuum. The grids were manually blotted to produce a thin sample film and plunge-frozen into liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 90 K / 最高: 110 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected manually at a nominal magnification of 100,000x
日付2015年5月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Microgrpahs were the average of six frames recorded by the direct electron detector. All micrographs were initially visually inspected and only those with appropriate ice thickness as well as ...詳細: Microgrpahs were the average of six frames recorded by the direct electron detector. All micrographs were initially visually inspected and only those with appropriate ice thickness as well as Thon rings in their power spectra showing regularity and extending to 6 A or beyond were used for subsequent analysis.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80460 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細CTF-estimation and subsequent correction were performed using RELION (Scheres, 2012) and CTFFIND3 (Mindell and Grigorieff, 2003). All micrographs were initially visually inspected and only those with appropriate ice thickness as well as Thon rings in their power spectra showing regularity and extending to 6 A or beyond were used for subsequent analysis. In order to generate 2D references for automated particle selection, ~ 4,000 single particles were manually picked and subjected to 2D classification in RELION. Six well-defined 2D class averages were selected, low-pass filtered to 35 A to prevent reference bias, and used as references. Approximately 150,000 single particles were automatically selected and subjected to reference-free 2D and 3D classification, in order to de-select the particles, which resulted in poorly defined or noisy averages. Approximately half of these single particles resulted in a well-defined 3D class average, which resembled the previously published negative stain EM map of the same complex (Enchev et al., 2012). This dataset was subject to 3D auto-refinement in RELION, using a version low-pass filtered to 50 A as an initial reference. The converged map was further post-processed in RELION, using MTF-correction, FSC-weighting and a soft spherical mask with a 5-pixel fall-off.
CTF補正詳細: micrographs
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: relion, CTFFIND3 / 使用した粒子像数: 75000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ldk


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E
ソフトウェア名称: Chmiera
詳細some domains were fitted separately to account for conformational rearrangements, see publication for details
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: overlap

-
原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4d10


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: H
ソフトウェア名称: Chmiera
詳細Csn7b was modeled using Csn7a as a template on the Phyre2 server; some domains were fitted separately to account for conformational rearrangements, see publication for details
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: overlap

-
原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1fqv


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chmiera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: overlap

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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