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- EMDB-61960: EF-G2 bound 50S ribosome subunit complex of M. smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61960
タイトルEF-G2 bound 50S ribosome subunit complex of M. smegmatis
マップデータEF-G2 bound 50S ribosome subunit complex of M. smegmatis
試料
  • 複合体: EF-G2 bound 50S ribosomal subunit complex of M. smegmatis
    • タンパク質・ペプチド: x 33種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードMycobacterium 50S ribosomal subunit / elongation factor G2 / stationary phase / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding ...ribosome disassembly / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV ...: / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / : / : / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L31 type A / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / : / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 ...Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Elongation factor G-like protein / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Sengupta J / Baid P
資金援助 インド, 3件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPF/2021/000141 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/001788 インド
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)MLP-139 インド
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structural analyses reveal a unique role for elongation factor G2 (EF-G2) in Mycobacteria.
著者: Priya Baid / Jayati Sengupta /
要旨: The gene-encoding translation elongation factor G (EF-G) has undergone gene duplication across various bacterial species including Mycobacteria, and in mammalian mitochondria, leading to the ...The gene-encoding translation elongation factor G (EF-G) has undergone gene duplication across various bacterial species including Mycobacteria, and in mammalian mitochondria, leading to the emergence of the paralogue elongation factor G2 (EF-G2). Our study reveals that mycobacterial EF-G2, unlike EF-G1, neither participates in ribosome-recycling nor significantly contributes to overall translation, suggesting that it plays an alternative role in Mycobacteria. Remarkably, our investigation found a significant overexpression of mycobacterial EF-G2 during the stationary growth phase. Moreover, EF-G2 lacks ribosome-dependent GTPase activity, an observation consistent with previous reports. Cryo-EM analysis of the M. smegmatis 70S ribosome purified from the nutrient-starved (stationary) phase and complexed with EF-G2 unveiled the structural basis for its inability to hydrolyse GTP in a ribosome-dependent manner. Furthermore, we report an unprecedented binding mode of two EF-G2 copies on the 50S ribosomal subunit that impedes subunit association, thereby preventing the formation of active 70S ribosomes. Thus, instead of performing canonical functions, mycobacterial EF-G2 acts as a translation repressor during nutrient starvation. Altogether, our findings shed light on the multifaceted mechanisms by which EF-G2 modulates protein synthesis under nutrient-limited conditions, providing insights into adaptive strategies employed by Mycobacteria to survive in hostile environments.
履歴
登録2024年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61960.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61960.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EF-G2 bound 50S ribosome subunit complex of M. smegmatis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 350 pix.
= 483. Å		1.38 Å/pix.
x 350 pix.
= 483. Å		1.38 Å/pix.
x 350 pix.
= 483. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00715
最小 - 最大-0.025269248 - 0.11831812
平均 (標準偏差)0.00014985882 (±0.0062006204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 483.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1 of EF-G2 bound 50S ribosome...

ファイルemd_61960_half_map_1.map
注釈half map 1 of EF-G2 bound 50S ribosome subunit complex of M. smegmatis
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 of EF-G2 bound 50S ribosome...

ファイルemd_61960_half_map_2.map
注釈half map 2 of EF-G2 bound 50S ribosome subunit complex of M. smegmatis
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EF-G2 bound 50S ribosomal subunit complex of M. smegmatis

全体名称: EF-G2 bound 50S ribosomal subunit complex of M. smegmatis
要素
  • 複合体: EF-G2 bound 50S ribosomal subunit complex of M. smegmatis
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL37
    • タンパク質・ペプチド: Translation elongation factor EF-G
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: EF-G2 bound 50S ribosomal subunit complex of M. smegmatis

超分子名称: EF-G2 bound 50S ribosomal subunit complex of M. smegmatis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #35, #3-#34
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 1.8 MDa

+
分子 #1: 50S ribosomal protein bL37

分子名称: 50S ribosomal protein bL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 2.841375 KDa
配列文字列:
MAKRGRKKRD RKHSKANHGK RPNA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #2: Translation elongation factor EF-G

分子名称: Translation elongation factor EF-G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 75.420797 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSVPTAERPA AIRNVALVGP SGGGKTTLVE ALLVAGGVLT RPGSVADGST VCDFDEAEIA QQRSVSLALA SLSHNGIKVN LIDTPGYAD FVGELRAGLR AADCALFVIA ANETIDEPTK TLWQECNEVQ MPRAVVITKL DHPRANYDAA LTAAQEAFGD K VAPLYFPV ...文字列:
GSVPTAERPA AIRNVALVGP SGGGKTTLVE ALLVAGGVLT RPGSVADGST VCDFDEAEIA QQRSVSLALA SLSHNGIKVN LIDTPGYAD FVGELRAGLR AADCALFVIA ANETIDEPTK TLWQECNEVQ MPRAVVITKL DHPRANYDAA LTAAQEAFGD K VAPLYFPV GDGESCKGVV GLLTRTYYDY SGGTHTARPP DGSHDAAIAE LRGSLIEGVI EESEDETLME RYLGGEEIDE AV LIADLEK AVARASFFPV IPVCSQSGVG TLELLDIISR GFPAPPEHQL PEVFTPQGAP RKPLSCDPDG PLLAEVVKTT SDP YVGRVS LVRVFSGTIR PDATVHVSGH FSAFTDTSGS HGAAAAADGS THSHADHDED ERIGTLSFPL GKQQRPAPTV VAGD ICAIG RLSRAETGDT LSDKTDPLVL RPWTMPDPLL PIAVAPRAKT DEDKLSVGLQ RLAAEDPTLR IEQNPETHQI VLWCM GEAH AAVVLDALSR RYGVSVDTVE LRVPLRETFA GKATGHGRHV KQSGGHGQYA VCDIEVEPLP EGSGFEFVDK VVGGAV PRQ FIPSVEKGVR AQMEKGVTGE SGYPVVDIRV TLFDGKAHSV DSSDFAFQMA GALALRDAAA ATKINLLEPV DDVTIVV PD DLVGTIMGDL SGRRGRVLGT DKHDADRTVI KAEIPEVELV RYAIDLRSMS HGAGQFRRSF ARYEPMP

UniProtKB: Elongation factor G-like protein

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.425945 KDa
配列文字列: MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK ...文字列:
MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK EGTYAALRMP SGEIRRVDVR CRATVGEVGN AEQSNINWGK AGRMRWKGKR PTVRGVVMNP VDHPHGGGEG KT SGGRHPV SPWGKPEGRT RKPNKPSDKL IVRRRRTGKK R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.011393 KDa
配列文字列: MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG ...文字列:
MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG RMGNDRVTTQ NLKVHKVDAE NGVLLIKGAI PGRNGGLVVV RSAIKRGEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 22.920949 KDa
配列文字列: MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS ...文字列:
MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS VRNLPGVHVI SPDQLNTYDV LNADDVVFSV EALNAYISAN SKEGASV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 21.152328 KDa
配列文字列:
MTTTEKALPR LKQRYREEIR EALQQEFNYA NVMQIPGVVK VVVNMGVGDA ARDAKLINGA INDLALITGQ KPEVRRARKS IAQFKLREG MPIGARVTLR GDRMWEFLDR LISIALPRIR DFRGLSPKQF DGTGNYTFGL NEQSMFHEID VDSIDRPRGM D ITVVTTAT NDAEGRALLR ALGFPFKEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 19.483361 KDa
配列文字列:
MSRIGKQPVP VPSGVDVTIN GQNLSVKGPK GTLTLDVAEP ISVSRAEDGA IVVTRPDDER RSRSLHGLSR TLIANLVTGV TEGYTQKME IFGVGYRVQL KGQNLEFALG YSHPVLIEAP EGITFAVESP TKFSVSGIDK QKVGQISAVI RRLRRPDPYK G KGVRYEGE QIRRKVGKTG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.949253 KDa
配列文字列:
MKLILTAEVE HLGAAGDTVE VKDGYGRNYL LPRGLAIVAS RGAERQAEEI RRARESKVIR DIEHANELKT ALEGLGDVTL SVNAAGDTG KLFGSVTAAD VVNAIKKAGG PNLDKRTVQL AKAHIKSVGT HPVTVKLHTG VEAKVSLNVV AQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 18.035736 KDa
配列文字列:
MAKADKATAV ADIAEQFKAS TATVVTEYRG LTVANLAELR RALGDSATYT VAKNTLVKRA ASEAGIEGLD ELFAGPTAIA FVKGEAVDA AKAIKKFAKD NKALVIKGGY MDGKALSVAD VEKIADLESR EVLLAKLAGA MKGNLSKAAG LFNAPASQVA R LAAALQEK KAGEEAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.023374 KDa
配列文字列:
MAPKKKVAGL IKLQIQAGQA NPAPPVGPAL GQHGVNIMEF CKAYNAATES QRGNVIPVEI TVYEDRSFTF ALKTPPAAKL LLKAAGVQK GSGEPHKTKV AKVTWDQVRE IAETKKADLN ANDIDAAAKI IAGTARSMGI TVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL11

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.146689 KDa
配列文字列:
MPTYTPKAGD TTRSWYVIDA SDVVLGRLAS AAATLLRGKH KPTFTPNVDG GDFVIVINAD KIAVSGDKLT KKFAYRHSGY PGGLRKRTI GELLEKHPTR VVENAIIGML PHNKLGRQIQ KKLKVYAGPD HPHAAQQPIP FEIKQVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.400625 KDa
配列文字列:
MIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RADGSYIKFD ENAAVIIKN DNDPRGTRIF GPVGRELREK KFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.602244 KDa
配列文字列:
MSVIKLHDLK PAPGEKKAKT RVGRGEGSKG KTAGRGTKGT KARKNVPVMF EGGQMPIHMR LPKLKGFKNR FRTEYQVVNV GDINKAFPQ GGTVGVDELV AKGLVRKNSL VKVLGDGKLT VKVDVTANKF SGSAREAITA AGGSATEL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.77424 KDa
配列文字列:
MLIPRKVKHR KQHHPEQRGI ASGGTSVSFG DYGIQALEHA YITNRQIESA RIAINRHIKR GGKVWINIFP DRPLTKKPAE TRMGSGKGS PEWWVANVKP GRVLFELSYP DEKTARDALT RAIHKLPIKA RIVTREEQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 21.892246 KDa
配列文字列: MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA ...文字列:
MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA AAEETVEETT EAPAEESTEA AEESEAKDDT K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.711728 KDa
配列文字列:
MAHKPVGQNI SEVRRNARLR RHARLRKKVA GTAEVPRLVV NRSARHIHVQ LVNDLNGTTL AAASSIEADV RAIDGDKKAH SVRVGQLIA ERAKAAGVET VVFDRGGYTY GGRIAALADA AREAGLKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.892806 KDa
配列文字列:
MNTLDFVDQA SLRDDIPTFS PGDTVNVHVK VIEGSKERIQ VFKGVVIRRQ GGGISETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIDVLTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.494693 KDa
配列文字列:
MARVKRALNA QKKRRTVLKA SKGYRGQRSR LYRKAKEQQL HSLTYAYRDR RARKGEFRKL WISRINAAAR ANDITYNRLI QGLKAAGVE VDRKNLAELA VSDPAAFTAL VDVARAALPE DVNAPSGEAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.055894 KDa
配列文字列:
MATYAIVKTG GKQYKVAAGD VVKVEKLDSE PGASVSLPVA LVVDGANVTS KADDLAKVAV TAEVLEHTKG PKIRIHKFKN KTGYHKRQG HRQQLTVLKV TGIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.3536 KDa
配列文字列:
MSTVTEFPSA TAKARYVRVS ATKARRVIDL VRGKSVEEAL DILRWAPQAA SEPVAKVIAS AAANAQNNEG LDPSTLVVAT VYADEGPTA KRIRPRAQGR AFRIRKRTSH ITVIVESRPP KQKGASAASA RSRRAQGSKA AATKKSAETK EGSE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.047836 KDa
配列文字列:
MATITDPRDI ILAPVISEKS YGLIEDNVYT FVVHPDSNKT QIKIAIEKIF DVKVDSVNTA NRQGKRKRTR TGFGKRKSTK RAIVKLAAG SKPIDLFGAP A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #23: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.228946 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLVAYPDR NKVLVEGVNR IKKHTAVSAN ERGASSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRVGYRIDD ETGKKVRIAK TNGKDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 22.571078 KDa
配列文字列: MAKTANIPNK LTANVRTRTG KGASRQARRD GKVPAVLYGH GTDPQHLELN ARDFAAVLRS HGTNAILTLD IEGTEQLALT KALDVHPIR RNIQHADLLV VQRGEKVTVE VTVLVEGDAT PGTLVTQDAN TIEIEAEALS IPEQLTVSVE GVEAGTQITA G QISLPEGV ...文字列:
MAKTANIPNK LTANVRTRTG KGASRQARRD GKVPAVLYGH GTDPQHLELN ARDFAAVLRS HGTNAILTLD IEGTEQLALT KALDVHPIR RNIQHADLLV VQRGEKVTVE VTVLVEGDAT PGTLVTQDAN TIEIEAEALS IPEQLTVSVE GVEAGTQITA G QISLPEGV NLISDPELLV VNVVEAPSAE ALEEEGAGET GAAEAPAEEA PAEEPAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.249582 KDa
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSAAQR LGVKRFGGQV VKAGEILVRQ RGTHFHPGVN VGRGGDDTLF ALAPGAVEFG AKRGRKTVNI VPVARPEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.891016 KDa
配列文字列:
MAAVCDICGK GPGFGKSVSH SHRRTSRRWN PNIQPVRAVT RPGGNKQRIN ACTSCIKAGK VSRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.790895 KDa
配列文字列:
MAVGTTPGEL RELTDDELKD KLRESKEELF NLRFQMATGQ LSNNRRLRTV RQEIARVYTV LRERELGLAS GPAGEES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.022147 KDa
配列文字列:
MAELKITQVR STIGARWKQR ESLRTLGLKK IRQSVVREDN AQTRGLINTV HHLVEVEEVG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.467719 KDa
配列文字列:
MAVPKRRMSR ANTRSRRAQW KAEAPGLVTV SVAGQQRKVP RRLLKAARLG LVDLDKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.468501 KDa
配列文字列:
MASSTDVRPK ITLACEVCKH RNYITKKNRR NDPDRLEIKK FCPNCGTHQP HKESR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 5.52258 KDa
配列文字列:
MAKGKRTFQP NNRRRARVHG FRLRMRTRAG RAIVANRRSK GRRALTA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.298505 KDa
配列文字列:
MPKAKTHSGA SKRFRRTGTG KIVRQKANRR HLLEHKPTKR TRRLDGRTTV SAADNSRINK LLNG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 4.341277 KDa
配列文字列:
MKVNPSVKPI CDKCRVIRRH GRVMVICSDP RHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.312485 KDa
配列文字列:
MKTGIHPEYV DTTVQCGCGH SFTTRSTKQS GTIVVEVCSQ CHPFYTGKQK ILDSGGRVAR FEKRYGKRNK AAADK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #3: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 38.061816 KDa
配列文字列:
GUUACGGCGG UCCAUAGCGG CAGGGAAACG CCCGGUCCCA UCCCGAACCC GGAAGCUAAG CCUGCCAGCG CCGAUGAUAC UACCCAUCC GGGUGGAAAA GUAGGACACC GCCGAACAC

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

+
分子 #35: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 35 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 1.014391625 MDa
配列文字列: UUGUAAGUGU UUAAGGGCGC AUGGUGGAUG CCUUGGCACU GGGAGCCGAU GAAGGACGUA GGAGGCUGCG AUAAGCCUCG GGGAGCUGU CAACCGAGCG UUGAUCCGAG GAUGUCCGAA UGGGGAAACC CGGCACGAGU GAUGUCGUGU CACCAGGCGC U GAAUAUAU ...文字列:
UUGUAAGUGU UUAAGGGCGC AUGGUGGAUG CCUUGGCACU GGGAGCCGAU GAAGGACGUA GGAGGCUGCG AUAAGCCUCG GGGAGCUGU CAACCGAGCG UUGAUCCGAG GAUGUCCGAA UGGGGAAACC CGGCACGAGU GAUGUCGUGU CACCAGGCGC U GAAUAUAU AGGCGUCUGG GGGGAACGCG GGGAAGUGAA ACAUCUCAGU ACCCGUAGGA AGAGAAAACA AAAUGUGAUU CC GUGAGUA GUGGCGAGCG AAAGCGGAGG AUGGCUAAAC CGUAUGCAUG UGAUACCGGG UAGGGGUUGU GUGUGCGGGG UUG UGGGAC CUAUCUUUCC GGCUCUACCU GGCUGGAGGG CAGUGAGAAA AUGUUGUGGU UAGCGGAAAU GGCUUGGGAU GGCC UGCCG UAGACGGUGA GAGCCCGGUA CGUGAAAACC CGACGUCUGU CUUGAUGGUG UUCCCGAGUA GCAGCGGGCC CGUGG AAUC UGCUGUGAAU CUGCCGGGAC CACCCGGUAA GCCUGAAUAC UUCCCAGUGA CCGAUAGCGG AUUAGUACCG UGAGGG AAU GGUGAAAAGU ACCCCGGGAG GGGAGUGAAA GAGUACCUGA AACCGUGCGC UUACAAUCCG UCAGAGCCCU CGACGUG UC GUGGGGUGAU GGCGUGCCUU UUGAAGAAUG AGCCUGCGAG UCAGGGACAU GUCGCGAGGU UAACCCGGGU GGGGUAGC C GCAGCGAAAG CGAGUCUGAA UAGGGCGUAU CCACACAAGA GUGUGUGGUG UAGUGGUGUG UUCUGGACCC GAAGCGGAG UGAUCUACCC AUGGCCAGGG UGAAGCGCGG GUAAGACCGC GUGGAGGCCC GAACCCACUU AGGUUGAAGA CUGAGGGGAU GAGCUGUGG GUAGGGGUGA AAGGCCAAUC AAACUCCGUG AUAGCUGGUU CUCCCCGAAA UGCAUUUAGG UGCAGCGUCG C AUGUUUCU UGCCGGAGGU AGAGCUACUG GAUGGCCGAU GGGCCCCACA GGGUUACUGA CGUCAGCCAA ACUCCGAAUG CC GGUAAGU CCAAGAGUGC GGCAGUGAGA CGGCGGGGGA UAAGCUCCGU GCGUCGAGAG GGAAACAGCC CAGAUCGCCG GCU AAGGCC CCUAAGCGUG UGCUAAGUGG AAAAGGAUGU GCAGUCGCGA AGACAACCAG GAGGUUGGCU UAGAAGCAGC CACC CUUGA AAGAGUGCGU AAUAGCUCAC UGGUCAAGUG AUUGUGCGCC GAUAAUGUAG CGGGGCUCAA GCACACCGCC GAAGC CGCG GCAGCCAACG UGUUGGCUGG GUAGGGGAGC GUCCUGCAUC CGGUGAAGCC GCCGAGUGAU CGAGUGGUGG AGGGUG UGG GAGUGAGAAU GCAGGCAUGA GUAGCGAUUA GGCAAGUGAG AACCUUGCCC GCCGAAAGAC CAAGGGUUCC UGGGCCA GG CCAGUCCGCC CAGGGUGAGU CGGGACCUAA GGCGAGGCCG ACAGGCGUAG UCGAUGGACA ACGGGUUGAU AUUCCCGU A CCCGUGUAUG UGCGUCCAUG AUGAAUCAGC GGUACUAACC AUCCAAAACC ACCGUGACCG CACCUUUCGG GGUGUGGCG UUGGUGGGGC UGCAUGGGAC CUUCGUUGGU AGUAGUCAAG CGAUGGGGUG ACGCAGGAAG GUAGCCGUAC CGGUCAGUGG UAAUACCGG GGUAAGCCUG UAGGGAGUCA GAUAGGUAAA UCCGUCUGGC AUAUAUCCUG AGAGGUGAUG CAUAGCCGAG U GAGGCGAA UUCGGUGAUC CUAUGCUGCC GAGAAAAGCC UCUAGCGAGG ACAUACACGG CCCGUACCCC AAACCAACAC AG GUGGUCA GGUAGAGAAU ACUAAGGCGU ACGAGUGAAC UAUGGUUAAG GAACUCGGCA AAAUGCCCCC GUAACUUCGG GAG AAGGGG GACCCACAUG GCGUGUAAGC CUUUACGGCC CAAGCGUGAG UGGGUGGCAC AAACCAGUGA GAAGCGACUG UUUA CUAAA AACACAGGUC CGUGCGAAGU CGCAAGACGA UGUAUACGGA CUGACGCCUG CCCGGUGCUG GAAGGUUAAG AGGAC CCGU UAACUCCCUU UGGGGGUGAA GCGGAGAAUU UAAGCCCCAG UAAACGGCGG UGGUAACUAU AACCAUCCUA AGGUAG CGA AAUUCCUUGU CGGGUAAGUU CCGACCUGCA CGAAUGGCGU AACGACUUCU CAACUGUCUC AACCAUAGAC UCGGCGA AA UUGCACUACG AGUAAAGAUG CUCGUUACGC GCGGCAGGAC GAAAAGACCC CGGGACCUUC ACUACAACUU GGUAUUGG U GCUCGAUACG GUUUGUGUAG GAUAGGUGGG AGACUGUGAA GCUCACACGC CAGUGUGGGU GGAGUCGUUG UUGAAAUAC CACUCUGAUC GUAUUGGGCC UCUAACCUCG GACCGUAUAU CCGGUUCAGG GACAGUGCCU GGUGGGUAGU UUAACUGGGG CGGUUGCCU CCUAAAAUGU AACGGAGGCG CCCAAAGGUU CCCUCAACCU GGACGGCAAU CAGGUGUUGA GUGUAAGUGC A CAAGGGAG CUUGACUGCG AGACGGACAU GUCGAGCAGG GACGAAAGUC GGGACUAGUG AUCCGGCACC UCUGAGUGGA AG GGGUGUC GCUCAACGGA UAAAAGGUAC CCCGGGGAUA ACAGGCUGAU CUUCCCCAAG AGUCCAUAUC GACGGGAUGG UUU GGCACC UCGAUGUCGG CUCGUCGCAU CCUGGGGCUG GAGCAGGUCC CAAGGGUUGG GCUGUUCGCC CAUUAAAGCG GCAC GCGAG CUGGGUUUAG AACGUCGUGA GACAGUUCGG UCUCUAUCCG CCGCGCGCGU CAGAAGCUUG AGGAAACCUG UCCCU AGUA CGAGAGGACC GGGACGGACG AACCUCUGGU AUACCAGUUG UCCCACCAGG GGCACGGCUG GAUAGCCACG UUCGGA CAG GAUAACCGCU GAAAGCAUCU AAGCGGGAAA CCUCUUCCAA GACCAGGCUU CUCACCCUCU AGGAGGGAUA AGGCCCC CC GCAGACCACG GGAUUGAUAG ACCAGACCUG GAAGCCUAGU AAUAGGUGCA GGGAACUGGC ACUAACCGGC CGAAAACU U ACAACA

+
分子 #36: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #37: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 407 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #38: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7xam

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39621
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7xam


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9k10:
EF-G2 bound 50S ribosome subunit complex of M. smegmatis

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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