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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-60197 | ||||||||||||
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タイトル | Portal-tail of Vibrio cholerae typing phage mature VP1 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | phage / virus / vibrio cholera phage / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) / Vibrio cholerae phage (コレラ菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu HR / Pang H | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Three-dimensional structures of Vibrio cholerae typing podophage VP1 in two states 著者: Liu HR / Pang H | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_60197.map.gz | 225.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-60197-v30.xml emd-60197.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_60197.png | 71.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-60197.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_60197_half_map_1.map.gz emd_60197_half_map_2.map.gz | 226.2 MB 226.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60197 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60197 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_60197_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_60197_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_60197_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_60197_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60197 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60197 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_60197.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60197_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60197_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Vibrio cholerae phage
全体 | 名称: Vibrio cholerae phage (コレラ菌) |
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要素 |
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-超分子 #1: Vibrio cholerae phage
超分子 | 名称: Vibrio cholerae phage / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 666 / 生物種: Vibrio cholerae phage / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: nozzle gp16
分子 | 名称: nozzle gp16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 59.015762 KDa |
配列 | 文字列: MEVTHKQFDL SGFLPDQAPD TLKSGAISRG FNVKPTILGW EKSGGFRETN TAPTNEKDFI FFWSPAIGDN RWFSGGDKTV QQVEGNVVS DVSRTGGYTA GSGRRWNAVN FNGVLLMNNE LDSPQYLAAS GKLEDFPNLP SNVRFRTVAV YKNFILGLGV N FGSGFLDD ...文字列: MEVTHKQFDL SGFLPDQAPD TLKSGAISRG FNVKPTILGW EKSGGFRETN TAPTNEKDFI FFWSPAIGDN RWFSGGDKTV QQVEGNVVS DVSRTGGYTA GSGRRWNAVN FNGVLLMNNE LDSPQYLAAS GKLEDFPNLP SNVRFRTVAV YKNFILGLGV N FGSGFLDD EIYWSHQADP GTMPPNWDYA NAASDSGRTP LPSEGYCVTS EELGSMNIVY KSDSIWTMQL IGGQWIFRFE NK FPGQGIL NKKSVVSFEG KHFVVTQKDI IVHDGYQVRS VADKRVRNFF FTDMNSDYFE RVFVVKDPRV AEVYVFYPSK NSV DGLCDR ALVWNWRDDV WSLLNLRPLK HAAYGYEITG VSITWDNFVG GWESTGLWQA DEDVAKYAPV LHYSFRDVPK LLAP TPQAL FIDEEIEAVW EREDIVIGSI SRDGVPYQDY ERNKSVSSIS FDVDTTEPFD VYIGYKGSLE DSVEWEFAGT VNPME DKRL FCLLTAGLFS MRIISKAQTF ILRSYKITYE FAGEMWS |
-分子 #2: portal gp5
分子 | 名称: portal gp5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 73.263602 KDa |
配列 | 文字列: MEILYTGASE SLHSTILKAL LERIDLGDTF ISDNYTRWQA TERYYMMYKI PNKKDKAAIE KWNKGDTDFK SLVMPYSYAQ LMTAHAYMV NVFLNRDPIF QTDSLNGDGT ERELALESML QYQVKAGEME PSLLVWFMDA LRYGVGVLGD YWEEHVFHQT V FEEEEEII ...文字列: MEILYTGASE SLHSTILKAL LERIDLGDTF ISDNYTRWQA TERYYMMYKI PNKKDKAAIE KWNKGDTDFK SLVMPYSYAQ LMTAHAYMV NVFLNRDPIF QTDSLNGDGT ERELALESML QYQVKAGEME PSLLVWFMDA LRYGVGVLGD YWEEHVFHQT V FEEEEEII DGVPTGNMKK VKKTRVVKGY EGCKTFNVMV YDFIPDPRVA LCKYQEGEFF GRRLDLNVLD LKKGAKFGKY FN VEHAEAL VAASKEEMYR RDPSIGQQRS LKDSTMTPKG KQVGDISCVE IFVRLVPKDW GLGDSEFPEM WVFTVADKKY IVA AEPVNT LDDKFPFHIL ECEIDGYMNK SRGLLEISAP MNDILTWLFD SHMYNKRQIM NNQFIGDPSA LVVKDVESKE PGKF IRLRP TAYGRDVRSI ISQLPVTDVT AQNIQDVQVV ERNMQRIVGV NDDVAGQSSP SSRRSATEFR GTTSFASSRL ANLAY FFSV TGFRSLAKSL IVKTQQLYTV EMKVKVAGDN IKGAQSIIVK PEDISGQFDI MPVDGTLPVD RMAQAQFWMQ IMSMVA GNP VLGAEYRLGD IFSYTARLAG LKGIDKMKIR ILDDDQILAL ILAQQKGGAD VQPTGQPTTQ GVGNPTGVNE PAPSVTQ GT PGLSGLQALM |
-分子 #3: adaptor gp12
分子 | 名称: adaptor gp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 23.59285 KDa |
配列 | 文字列: MDKATLVKTI AYRMGNVKGQ DTAIDFELAL SIERLEGQEF VPWFLLSENN FFEGTAQENR IPVPRGFIRE YEEGSLYLRR VAGTGKCLI KKSQDQLLKY EGMTGEPSHY SLTNQYFRIY PVPQEDFKVE LLFYRKSSTL NVEDNPWYEY AAELLVAETI W AMLSARRD ...文字列: MDKATLVKTI AYRMGNVKGQ DTAIDFELAL SIERLEGQEF VPWFLLSENN FFEGTAQENR IPVPRGFIRE YEEGSLYLRR VAGTGKCLI KKSQDQLLKY EGMTGEPSHY SLTNQYFRIY PVPQEDFKVE LLFYRKSSTL NVEDNPWYEY AAELLVAETI W AMLSARRD KMADYWKSVA ADQMRRLTIL DAERRLANQE IFMG |
-分子 #4: ring protein gp10
分子 | 名称: ring protein gp10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 26.311119 KDa |
配列 | 文字列: MSSWDRFDTP WDSIIDESTW EHYTFKYDAS FEAFSSMEVD EDLTITVSVL FASTSDNTVT VGQVLGLTMD NRAGSYFGAG SSWTSEAAV NNEAGSGFQS SHALQLSYSV EDGVISSFGS EAFCSFYNTV SFESSSDVQA AVNSLYNLDV LFSSGSGDSE Q HYVVFGET ...文字列: MSSWDRFDTP WDSIIDESTW EHYTFKYDAS FEAFSSMEVD EDLTITVSVL FASTSDNTVT VGQVLGLTMD NRAGSYFGAG SSWTSEAAV NNEAGSGFQS SHALQLSYSV EDGVISSFGS EAFCSFYNTV SFESSSDVQA AVNSLYNLDV LFSSGSGDSE Q HYVVFGET ASFESLAEHE TSSQYITHVE CMFNSVVEFE VKTYDWGRPV KPVGSDWSTD TPVVGVWVNE IYNGNKDWGE S |
-分子 #5: gp13
分子 | 名称: gp13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 10.025203 KDa |
配列 | 文字列: MALETWDANS TPATLNTAWP EATDPLNKGD DHIRLLKTVV VNFWNKVFDG SKLKTAVVPA AVNSATAGSG FGGFRYQVVN NSDGTKTLR LFTS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47456 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |