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- EMDB-5404: Molecular Architecture of Chemoreceptor Array in E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5404
タイトルMolecular Architecture of Chemoreceptor Array in E. coli
マップデータThis in situ structure of chemoreceptor array was determined by using cryo-electron tomography of E. coli minicell
試料
  • 試料: Molecular Architecture of Chemoreceptor Arrays
  • 細胞器官・細胞要素: Bacterial chemoreceptor arrays
キーワードBacterial Chemotaxis Chemoreceptor array Signaling Transduction Minicell cryo-electron tomography
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Liu J / Hu B / Morado DR / Jani S / Manson MD / Margolin W
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Molecular architecture of chemoreceptor arrays revealed by cryoelectron tomography of Escherichia coli minicells.
著者: Jun Liu / Bo Hu / Dustin R Morado / Sneha Jani / Michael D Manson / William Margolin /
要旨: The chemoreceptors of Escherichia coli localize to the cell poles and form a highly ordered array in concert with the CheA kinase and the CheW coupling factor. However, a high-resolution structure of ...The chemoreceptors of Escherichia coli localize to the cell poles and form a highly ordered array in concert with the CheA kinase and the CheW coupling factor. However, a high-resolution structure of the array has been lacking, and the molecular basis of array assembly has thus remained elusive. Here, we use cryoelectron tomography of flagellated E. coli minicells to derive a 3D map of the intact array. Docking of high-resolution structures into the 3D map provides a model of the core signaling complex, in which a CheA/CheW dimer bridges two adjacent receptor trimers via multiple hydrophobic interactions. A further, hitherto unknown, hydrophobic interaction between CheW and the homologous P5 domain of CheA in an adjacent core complex connects the complexes into an extended array. This architecture provides a structural basis for array formation and could explain the high sensitivity and cooperativity of chemotaxis signaling in E. coli.
履歴
登録2012年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年4月23日-
マップ公開2012年4月26日-
更新2014年2月12日-
現状2014年2月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5404_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5404.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This in situ structure of chemoreceptor array was determined by using cryo-electron tomography of E. coli minicell
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.6 / ムービー #1: 1.6
最小 - 最大-10.09930325 - 11.679125790000001
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 729.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.75.75.7
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z729.600729.600729.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-10.09911.6790.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Molecular Architecture of Chemoreceptor Arrays

全体名称: Molecular Architecture of Chemoreceptor Arrays
要素
  • 試料: Molecular Architecture of Chemoreceptor Arrays
  • 細胞器官・細胞要素: Bacterial chemoreceptor arrays

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超分子 #1000: Molecular Architecture of Chemoreceptor Arrays

超分子名称: Molecular Architecture of Chemoreceptor Arrays / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample is E. coli minicell. / Number unique components: 3

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超分子 #1: Bacterial chemoreceptor arrays

超分子名称: Bacterial chemoreceptor arrays / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: Escherichia coli

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: tryptone broth
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Bacterial cultures were mixed with 15-nm colloidal gold (used as fiducial makers in image alignment) and then deposited onto freshly glow-discharged, holey carbon grids for 1 minute. The ...詳細: Bacterial cultures were mixed with 15-nm colloidal gold (used as fiducial makers in image alignment) and then deposited onto freshly glow-discharged, holey carbon grids for 1 minute. The grids were blotted with filter paper and rapidly frozen in liquid ethane, using a gravity-driven plunger apparatus.
グリッド詳細: 200 mesh holey carbon grids, glow discharged.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Grids were blotted for a few seconds before plunging into liquid ethane.
手法: Blot for few seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
日付2010年12月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
実像数: 1024 / 平均電子線量: 100 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 31000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダー: LN cooled / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected manually by visual inspection. The approximate local orientation of each small patch was estimated based on its location relative to the center of the minicell, therefore providing two of the three Euler angles. The sub-volume analysis of 2-D arrays was carried out by using Dr. Hanspeter Winkler's package.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD,RAPTOR,PROTOMO / 使用したサブトモグラム数: 12483
最終 3次元分類クラス数: 8

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1qu7

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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