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万見
- EMDB-5142: Ab initio reconstruction of the avian polyomavirus via the asymme... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5142
タイトルAb initio reconstruction of the avian polyomavirus via the asymmetric random-model method
マップデータThe avian polyomavirus
試料
  • 試料: Avian polyomavirus
  • ウイルス: Avian polyomavirus (ウイルス)
キーワードrandom-model method / ab initio reconstruction / avian polyomavirus
生物種Avian polyomavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Sanz E / Stewart AB / Belnap DM
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2010
タイトル: The random-model method enables ab initio 3D reconstruction of asymmetric particles and determination of particle symmetry.
著者: Eduardo Sanz-García / Aaron B Stewart / David M Belnap /
要旨: Model-based, 3D reconstruction techniques depend on reliable starting models. We present an extension of the random-model method (RMM) that allows the ab initio generation of suitable starting models ...Model-based, 3D reconstruction techniques depend on reliable starting models. We present an extension of the random-model method (RMM) that allows the ab initio generation of suitable starting models directly from un-averaged, experimental images of asymmetric or symmetric particles. Therefore, the asymmetric RMM can also be used to determine point-group symmetry. The procedure is facilitated by the use of (a) variable angular step-sizes during iterative origin and orientation searches, (b) high numbers of particle images, and (c) highly defocused images. The method is inhibited by mixed-handedness orientation assignments and by particles with inconspicuous features. For symmetric particles, symmetric RMMs can overcome these deficiencies.
履歴
登録2009年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年4月26日-
マップ公開2010年4月26日-
更新2010年6月21日-
現状2010年6月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.722
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.722
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_5142.gif

emd_5142_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The avian polyomavirus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.63 Å/pix.
x 367 pix.
= 598.21 Å		1.63 Å/pix.
x 367 pix.
= 598.21 Å		1.63 Å/pix.
x 367 pix.
= 598.21 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.63 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.722 / ムービー #1: 0.722
最小 - 最大-2.49513 - 3.13667
平均 (標準偏差)0.000389735 (±0.489641)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-183-183-183
サイズ367367367
Spacing367367367
セルA=B=C: 598.21 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.631.631.63
M x/y/z367367367
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z598.210598.210598.210
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-183-183-183
NC/NR/NS367367367
D min/max/mean-2.4953.1370.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Avian polyomavirus

全体名称: Avian polyomavirus (ウイルス)
要素
  • 試料: Avian polyomavirus
  • ウイルス: Avian polyomavirus (ウイルス)

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超分子 #1000: Avian polyomavirus

超分子名称: Avian polyomavirus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Avian polyomavirus

超分子名称: Avian polyomavirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Avian polyomavirus / 生物種: Avian polyomavirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Avian polyomavirus
宿主生物種: Aves (爬虫類) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP1 / 直径: 520 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.3 µm
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: None
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT3DR, Bsoft
詳細: Random-model method. Angular step-size was initially set to 20 deg. in the first iteration and gradually decreased by 0.19 deg. in each successive iteration, until a lower limit of 1 deg. was reached.
使用した粒子像数: 4198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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