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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome (Map 8) | |||||||||
![]() | Sharpened map | |||||||||
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![]() | mRNA / splicing / Intorn Lariat spliceosome / ILS / pre-mRNA | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | |||||||||
![]() | Vorlaender MK / Rothe P / Plaschka C | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism for the initiation of spliceosome disassembly. 著者: Matthias K Vorländer / Patricia Rothe / Justus Kleifeld / Eric Cormack / Lalitha Veleti / Daria Riabov-Bassat / Laura Fin / Alex W Phillips / Luisa Cochella / Clemens Plaschka / ![]() ![]() 要旨: Pre-mRNA splicing requires the assembly, remodeling, and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on spliceosome assembly ...Pre-mRNA splicing requires the assembly, remodeling, and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on spliceosome assembly and remodeling for catalysis, but the mechanism of disassembly remains unclear. Here, we report 2.6 to 3.2 Å resolution cryo-electron microscopy structures of nematode and human terminal intron-lariat spliceosomes along with biochemical and genetic data. Our results uncover how four disassembly factors and the conserved RNA helicase DHX15 initiate spliceosome disassembly. The disassembly factors probe large inner and outer spliceosome surfaces to detect the release of ligated mRNA. Two of these factors, TFIP11 and C19L1, and three general spliceosome subunits, SYF1, SYF2 and SDE2, then dock and activate DHX15 on the catalytic U6 snRNA to initiate disassembly. U6 thus controls both the start and end of pre-mRNA splicing. Taken together, our results explain the molecular basis of canonical spliceosome disassembly and provide a framework to understand general spliceosomal RNA helicase control and the discard of aberrant spliceosomes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | |||
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ヘッダ (付随情報) | ![]() | |||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 737.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 737.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 50447 ![]() 50449 ![]() 50450 ![]() 50451 ![]() 50452 ![]() 50453 ![]() 50454 ![]() 50456 ![]() 50457 ![]() 50458 ![]() 50459 ![]() 50460 ![]() 50461 ![]() 50462 ![]() 50463 ![]() 50464 ![]() 50465 ![]() 50466 ![]() 50467 ![]() 50468 ![]() 50469 ![]() 50471 ![]() 50472 ![]() 50473 ![]() 50474 ![]() 50475 ![]() 9fmdC C: 同じ文献を引用 ( |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3013 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Intron lariat spliceosome
全体 | 名称: Intron lariat spliceosome |
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要素 |
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-超分子 #1: Intron lariat spliceosome
超分子 | 名称: Intron lariat spliceosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Crosslinked with glutaraledhyde |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 879523 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |