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- EMDB-4943: In situ structure of a pentameric IgM complex bound to complement... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4943
タイトルIn situ structure of a pentameric IgM complex bound to complement components C1 and one molecule of C4b
マップデータPentameric IgM with C1 and one copy of C4b
試料
  • 複合体: pentameric IgM-C1-C4b1
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.6 Å
データ登録者Sharp TH
資金援助 オランダ, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council759517 オランダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Insights into IgM-mediated complement activation based on in situ structures of IgM-C1-C4b.
著者: Thomas H Sharp / Aimee L Boyle / Christoph A Diebolder / Alexander Kros / Abraham J Koster / Piet Gros /
要旨: Antigen binding by serum Ig-M (IgM) protects against microbial infections and helps to prevent autoimmunity, but causes life-threatening diseases when mistargeted. How antigen-bound IgM activates ...Antigen binding by serum Ig-M (IgM) protects against microbial infections and helps to prevent autoimmunity, but causes life-threatening diseases when mistargeted. How antigen-bound IgM activates complement-immune responses remains unclear. We present cryoelectron tomography structures of IgM, C1, and C4b complexes formed on antigen-bearing lipid membranes by normal human serum at 4 °C. The IgM-C1-C4b complexes revealed C4b product release as the temperature-limiting step in complement activation. Both IgM hexamers and pentamers adopted hexagonal, dome-shaped structures with Fab pairs, dimerized by hinge domains, bound to surface antigens that support a platform of Fc regions. C1 binds IgM through widely spread C1q-collagen helices, with C1r proteases pointing outward and C1s bending downward and interacting with surface-attached C4b, which further interacts with the adjacent IgM-Fab and globular C1q-recognition unit. Based on these data, we present mechanistic models for antibody-mediated, C1q-transmitted activation of C1 and for C4b deposition, while further conformational rearrangements are required to form C3 convertases.
履歴
登録2019年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2019年6月12日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4943.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4943.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pentameric IgM with C1 and one copy of C4b
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.3 Å/pix.
x 160 pix.
= 688. Å		4.3 Å/pix.
x 160 pix.
= 688. Å		4.3 Å/pix.
x 160 pix.
= 688. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.2587223 - 2.720759
平均 (標準偏差)0.016073983 (±0.13479042)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 688.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.34.34.3
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z688.000688.000688.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-1.2592.7210.016

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4943_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : pentameric IgM-C1-C4b1

全体名称: pentameric IgM-C1-C4b1
要素
  • 複合体: pentameric IgM-C1-C4b1

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超分子 #1: pentameric IgM-C1-C4b1

超分子名称: pentameric IgM-C1-C4b1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Map contains a complex of pentameric IgM, complement component C1 and one molecule of complement component C4b
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Human serum
分子量理論値: 1.931 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS / 構成要素 - 名称: PBS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細Antigenic liposomes + IgM + Normal human serum

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 1.48 e/Å2
詳細: Exposures of 2.4 sec were dose-fractionated into 6 movie frames per tilt angle. The total dose for each tilt series was 80 e-/A^2. Focusing to -300 nm was performed before each image ...詳細: Exposures of 2.4 sec were dose-fractionated into 6 movie frames per tilt angle. The total dose for each tilt series was 80 e-/A^2. Focusing to -300 nm was performed before each image acquisition using a low-dose routine
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Raw frames were aligned using alignframes and tomograms were reconstructed using weighted back-projection from the software program IMOD.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 305
抽出トモグラム数: 54 / 使用した粒子像数: 1522 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: Dynamo
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1dee

,

4jvu

,

4ba8

,

4jvw

,

1pk6

,

6f1c

,

1gpz

,

4j1y

,

5jtw

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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