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万見
- EMDB-4629: Helicobacter pylori urease with BME bound in the active site -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4629
タイトルHelicobacter pylori urease with BME bound in the active site
マップデータunmasked map
試料
  • 複合体: 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease
    • タンパク質・ペプチド: Urease subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Urease subunit beta
  • リガンド: NICKEL (II) ION
  • リガンド: BETA-MERCAPTOETHANOL
  • リガンド: water
キーワードdodecamer / bi nickel center / enzyme / cytoplasm / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, gamma-beta subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily ...Urease, gamma-beta subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / : / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Urease subunit beta / Urease subunit alpha / Urease subunit alpha / Urease subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Luecke H / Cunha E
資金援助 ノルウェー, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Research Council of Norway ノルウェー
Research Council of Norway275207 ノルウェー
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI78000 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of Helicobacter pylori urease with an inhibitor in the active site at 2.0 Å resolution.
著者: Eva S Cunha / Xiaorui Chen / Marta Sanz-Gaitero / Deryck J Mills / Hartmut Luecke /
要旨: Infection of the human stomach by Helicobacter pylori remains a worldwide problem and greatly contributes to peptic ulcer disease and gastric cancer. Without active intervention approximately 50% of ...Infection of the human stomach by Helicobacter pylori remains a worldwide problem and greatly contributes to peptic ulcer disease and gastric cancer. Without active intervention approximately 50% of the world population will continue to be infected with this gastric pathogen. Current eradication, called triple therapy, entails a proton-pump inhibitor and two broadband antibiotics, however resistance to either clarithromycin or metronidazole is greater than 25% and rising. Therefore, there is an urgent need for a targeted, high-specificity eradication drug. Gastric infection by H. pylori depends on the expression of a nickel-dependent urease in the cytoplasm of the bacteria. Here, we report the 2.0 Å resolution structure of the 1.1 MDa urease in complex with an inhibitor by cryo-electron microscopy and compare it to a β-mercaptoethanol-inhibited structure at 2.5 Å resolution. The structural information is of sufficient detail to aid in the development of inhibitors with high specificity and affinity.
履歴
登録2019年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qsu
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unmasked map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 323.1 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 323.1 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 323.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.077 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.15039964 - 0.26389554
平均 (標準偏差)0.00031169914 (±0.010078388)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 323.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0771.0771.077
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z323.100323.100323.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1500.2640.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4629_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: density modified map

ファイルemd_4629_additional_1.map
注釈density modified map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_4629_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map

ファイルemd_4629_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease

全体名称: 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease
要素
  • 複合体: 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease
    • タンパク質・ペプチド: Urease subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Urease subunit beta
  • リガンド: NICKEL (II) ION
  • リガンド: BETA-MERCAPTOETHANOL
  • リガンド: water

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超分子 #1: 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease

超分子名称: 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: UMAB41 / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 1.1 MDa

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分子 #1: Urease subunit alpha

分子名称: Urease subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: urease
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
分子量理論値: 26.645703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKLTPKELDK LMLHYAGELA RKRKEKGIKL NYVEAVALIS AHIMEEARAG KKTAAELMQE GRTLLKPDDV MDGVASMIHE VGIEAMFPD GTKLVTVHTP IEANGKLVPG ELFLKNEDIT INEGKKAVSV KVKNVGDRPV QIGSHFHFFE VNRCLDFDRE K TFGKRLDI ...文字列:
MKLTPKELDK LMLHYAGELA RKRKEKGIKL NYVEAVALIS AHIMEEARAG KKTAAELMQE GRTLLKPDDV MDGVASMIHE VGIEAMFPD GTKLVTVHTP IEANGKLVPG ELFLKNEDIT INEGKKAVSV KVKNVGDRPV QIGSHFHFFE VNRCLDFDRE K TFGKRLDI ASGTAVRFEP GEEKSVELID IGGNRRIFGF NALVDRQADN ESKKIALHRA KERGFHGTKS DDNYVKTIKE

UniProtKB: Urease subunit alpha

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分子 #2: Urease subunit beta

分子名称: Urease subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: urease
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
分子量理論値: 61.832531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKISRKEYV SMYGPTTGDK VRLGDTDLIA EVEHDYTIYG EELKFGGGKT LREGMSQSNN PSKEELDLII TNALIVDYTG IYKADIGIK DGKIAGIGKG GNKDMQDGVK NNLSVGPATE ALAGEGLIVT AGGIDTHIHF ISPQQIPTAF ASGVTTMIGG G TGPADGTN ...文字列:
MKKISRKEYV SMYGPTTGDK VRLGDTDLIA EVEHDYTIYG EELKFGGGKT LREGMSQSNN PSKEELDLII TNALIVDYTG IYKADIGIK DGKIAGIGKG GNKDMQDGVK NNLSVGPATE ALAGEGLIVT AGGIDTHIHF ISPQQIPTAF ASGVTTMIGG G TGPADGTN ATTITPGRRN LKWMLRAAEE YSMNLGFLAK GNTSNDASLA DQIEAGAIGF (KCX)IHEDWGTTP SAINHALD V ADKYDVQVAI HTDTLNEAGC VEDTMAAIAG RTMHTFHTEG AGGGHAPDII KVAGEHNILP ASTNPTIPFT VNTEAEHMD MLMVCHHLDK SIKEDVQFAD SRIRPQTIAA EDTLHDMGIF SITSSDSQAM GRVGEVITRT WQTADKNKKE FGRLKEEKGD NDNFRIKRY LSKYTINPAI AHGISEYVGS VEVGKVADLV LWSPAFFGVK PNMIIKGGFI ALSQMGDANA SIPTPQPVYY R EMFAHHGK AKYDANITFV SQAAYDKGIK EELGLERQVL PVKNCRNITK KDMQFNDTTA HIEVNPETYH VFVDGKEVTS KP ANKVSLA QLFSIF

UniProtKB: Urease subunit beta

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分子 #3: NICKEL (II) ION

分子名称: NICKEL (II) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 24 / 式: NI
分子量理論値: 58.693 Da
Chemical component information

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

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分子 #4: BETA-MERCAPTOETHANOL

分子名称: BETA-MERCAPTOETHANOL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: BME
分子量理論値: 78.133 Da
Chemical component information

ChemComp-BME:
BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1178 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度名称
20.0 mMHepes
1.0 mMEDTA
1.0 mMBME
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 956 / #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #0 - 詳細: Used 718 movies / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#2 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 203000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1e9z


詳細: 3.0 A crystal structure of apo form
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta) / 使用した粒子像数: 175895
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 28000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1e9z

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1e9z

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6qsu:
Helicobacter pylori urease with BME bound in the active site

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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