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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4398
タイトルCryo-EM structure of BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibody ScFv41F17
マップデータ
試料
  • 複合体: BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibody ScFv41F17
    • 複合体: BK polyomavirus like particle
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • 複合体: antibody ScFv41F17
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: light chain
キーワードBK polyoma virus / Single chain antibody / cross neutralizing antibody / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP1 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種BK polyomavirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.24 Å
データ登録者Srinivas H
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2019
タイトル: Human Memory B Cells Harbor Diverse Cross-Neutralizing Antibodies against BK and JC Polyomaviruses.
著者: John M Lindner / Vanessa Cornacchione / Atul Sathe / Celine Be / Honnappa Srinivas / Elodie Riquet / Xavier-Charles Leber / Andreas Hein / Matthias B Wrobel / Meike Scharenberg / Thomas ...著者: John M Lindner / Vanessa Cornacchione / Atul Sathe / Celine Be / Honnappa Srinivas / Elodie Riquet / Xavier-Charles Leber / Andreas Hein / Matthias B Wrobel / Meike Scharenberg / Thomas Pietzonka / Christian Wiesmann / Johanna Abend / Elisabetta Traggiai /
要旨: Human polyomaviruses cause a common childhood infection worldwide and typically elicit a neutralizing antibody and cellular immune response, while establishing a dormant infection in the kidney with ...Human polyomaviruses cause a common childhood infection worldwide and typically elicit a neutralizing antibody and cellular immune response, while establishing a dormant infection in the kidney with minimal clinical manifestations. However, viral reactivation can cause severe pathology in immunocompromised individuals. We developed a high-throughput, functional antibody screen to examine the humoral response to BK polyomavirus. This approach enabled the isolation of antibodies from all peripheral B cell subsets and revealed the anti-BK virus antibody repertoire as clonally complex with respect to immunoglobulin sequences and isotypes (both IgM and IgG), including a high frequency of monoclonal antibodies that broadly neutralize BK virus subtypes and the related JC polyomavirus. Cryo-electron microscopy of a broadly neutralizing IgG single-chain variable fragment complexed with BK virus-like particles revealed the quaternary nature of a conserved viral epitope at the junction between capsid pentamers. These features unravel a potent modality for inhibiting polyomavirus infection in kidney transplant recipients and other immunocompromised patients.
履歴
登録2018年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2019年3月6日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6gg0
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6gg0
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4398.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 744.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 580 pix.
= 649.6 Å		1.12 Å/pix.
x 580 pix.
= 649.6 Å		1.12 Å/pix.
x 580 pix.
= 649.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.057476763 - 0.09363829
平均 (標準偏差)0.0010663574 (±0.005737116)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ580580580
Spacing580580580
セルA=B=C: 649.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.121.121.12
M x/y/z580580580
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z649.600649.600649.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-383-383-383
NX/NY/NZ768768768
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS580580580
D min/max/mean-0.0570.0940.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibo...

全体名称: BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibody ScFv41F17
要素
  • 複合体: BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibody ScFv41F17
    • 複合体: BK polyomavirus like particle
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • 複合体: antibody ScFv41F17
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: light chain

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超分子 #1: BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibo...

超分子名称: BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibody ScFv41F17
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 13.8 MDa

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超分子 #2: BK polyomavirus like particle

超分子名称: BK polyomavirus like particle / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: BK polyomavirus (ウイルス)

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超分子 #3: antibody ScFv41F17

超分子名称: antibody ScFv41F17 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: BK polyomavirus (ウイルス)
分子量理論値: 40.184641 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAPTKRKGEC PGAAPKKPKE PVQVPKLLIK GGVEVLEVKT GVDAITEVEC FLNPEMGDPD ENLRGFSLKL SAENDFSSDS PERKMLPCY STARIPLPNL NEDLTCGNLL MWEAVTVQTE VIGITSMLNL HAGSQKVHEH GGGKPIQGSN FHFFAVGGDP L EMQGVLMN ...文字列:
MAPTKRKGEC PGAAPKKPKE PVQVPKLLIK GGVEVLEVKT GVDAITEVEC FLNPEMGDPD ENLRGFSLKL SAENDFSSDS PERKMLPCY STARIPLPNL NEDLTCGNLL MWEAVTVQTE VIGITSMLNL HAGSQKVHEH GGGKPIQGSN FHFFAVGGDP L EMQGVLMN YRTKYPDGTI TPKNPTAQSQ VMNTDHKAYL DKNNAYPVEC WVPDPSRNEN TRYFGTFTGG ENVPPVLHVT NT ATTVLLD EQGVGPLCKA DSLYVSAADI CGLFTNSSGT QQWRGLARYF KIRLRKRSVK NPYPISFLLS DLINRRTQRV DGQ PMYGME SQVEEVRVFD GTERLPGDPD MIRYIDKQGQ LQTKML

UniProtKB: Capsid protein VP1

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分子 #2: Heavy chain

分子名称: Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.339808 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSQTLSL TCTVSGGSIS GGGYYWSWIR QHPGKGLEFI GYIYYNRGTY YNPALKSRLT ISVDTSKNDF SLKLSSVSA ADTAVYYCAR CVLGGYGSDA FDRWGQGTTV TVSSG

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分子 #3: light chain

分子名称: light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.719086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EIVLTQSPVT LSLSPGERAI LSCRASQSVS SHLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASSRANGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLAP EDFAVYYCQ QRSSWPPSLT FGGGTKVEIR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25mM Tris-HCl pH8.0 100mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10000
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: A sphere was used as an initial model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 6000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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