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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4398 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibody ScFv41F17 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | BK polyomavirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.24 Å | |||||||||
データ登録者 | Srinivas H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2019 タイトル: Human Memory B Cells Harbor Diverse Cross-Neutralizing Antibodies against BK and JC Polyomaviruses. 著者: John M Lindner / Vanessa Cornacchione / Atul Sathe / Celine Be / Honnappa Srinivas / Elodie Riquet / Xavier-Charles Leber / Andreas Hein / Matthias B Wrobel / Meike Scharenberg / Thomas ...著者: John M Lindner / Vanessa Cornacchione / Atul Sathe / Celine Be / Honnappa Srinivas / Elodie Riquet / Xavier-Charles Leber / Andreas Hein / Matthias B Wrobel / Meike Scharenberg / Thomas Pietzonka / Christian Wiesmann / Johanna Abend / Elisabetta Traggiai / 要旨: Human polyomaviruses cause a common childhood infection worldwide and typically elicit a neutralizing antibody and cellular immune response, while establishing a dormant infection in the kidney with ...Human polyomaviruses cause a common childhood infection worldwide and typically elicit a neutralizing antibody and cellular immune response, while establishing a dormant infection in the kidney with minimal clinical manifestations. However, viral reactivation can cause severe pathology in immunocompromised individuals. We developed a high-throughput, functional antibody screen to examine the humoral response to BK polyomavirus. This approach enabled the isolation of antibodies from all peripheral B cell subsets and revealed the anti-BK virus antibody repertoire as clonally complex with respect to immunoglobulin sequences and isotypes (both IgM and IgG), including a high frequency of monoclonal antibodies that broadly neutralize BK virus subtypes and the related JC polyomavirus. Cryo-electron microscopy of a broadly neutralizing IgG single-chain variable fragment complexed with BK virus-like particles revealed the quaternary nature of a conserved viral epitope at the junction between capsid pentamers. These features unravel a potent modality for inhibiting polyomavirus infection in kidney transplant recipients and other immunocompromised patients. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4398.map.gz | 116.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4398-v30.xml emd-4398.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4398_fsc.xml | 20.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4398.png | 305.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4398 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4398 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4398_validation.pdf.gz | 312 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4398_full_validation.pdf.gz | 311.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4398_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4398 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4398 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 744.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibo...
全体 | 名称: BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibody ScFv41F17 |
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要素 |
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-超分子 #1: BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibo...
超分子 | 名称: BK polyomavirus like particle in complex with single chain antibody ScFv41F17 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 13.8 MDa |
-超分子 #2: BK polyomavirus like particle
超分子 | 名称: BK polyomavirus like particle / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: BK polyomavirus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: sf9 cells |
-超分子 #3: antibody ScFv41F17
超分子 | 名称: antibody ScFv41F17 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: BK polyomavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 40.184641 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAPTKRKGEC PGAAPKKPKE PVQVPKLLIK GGVEVLEVKT GVDAITEVEC FLNPEMGDPD ENLRGFSLKL SAENDFSSDS PERKMLPCY STARIPLPNL NEDLTCGNLL MWEAVTVQTE VIGITSMLNL HAGSQKVHEH GGGKPIQGSN FHFFAVGGDP L EMQGVLMN ...文字列: MAPTKRKGEC PGAAPKKPKE PVQVPKLLIK GGVEVLEVKT GVDAITEVEC FLNPEMGDPD ENLRGFSLKL SAENDFSSDS PERKMLPCY STARIPLPNL NEDLTCGNLL MWEAVTVQTE VIGITSMLNL HAGSQKVHEH GGGKPIQGSN FHFFAVGGDP L EMQGVLMN YRTKYPDGTI TPKNPTAQSQ VMNTDHKAYL DKNNAYPVEC WVPDPSRNEN TRYFGTFTGG ENVPPVLHVT NT ATTVLLD EQGVGPLCKA DSLYVSAADI CGLFTNSSGT QQWRGLARYF KIRLRKRSVK NPYPISFLLS DLINRRTQRV DGQ PMYGME SQVEEVRVFD GTERLPGDPD MIRYIDKQGQ LQTKML |
-分子 #2: Heavy chain
分子 | 名称: Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.339808 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSQTLSL TCTVSGGSIS GGGYYWSWIR QHPGKGLEFI GYIYYNRGTY YNPALKSRLT ISVDTSKNDF SLKLSSVSA ADTAVYYCAR CVLGGYGSDA FDRWGQGTTV TVSSG |
-分子 #3: light chain
分子 | 名称: light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.719086 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPVT LSLSPGERAI LSCRASQSVS SHLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASSRANGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLAP EDFAVYYCQ QRSSWPPSLT FGGGTKVEIR |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25mM Tris-HCl pH8.0 100mM NaCl |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |