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万見
- EMDB-43538: Human GluN1-2A with IgG 007-168 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43538
タイトルHuman GluN1-2A with IgG 007-168
マップデータ
試料
  • 複合体: Human GluN1-2A with IgG 007-168
    • タンパク質・ペプチド: 007-168 Heavy
    • タンパク質・ペプチド: 007-168 Light
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
キーワードChannel / heterotetramer / receptor / antibody / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory chemical synaptic transmission / Synaptic adhesion-like molecules / propylene metabolic process / response to glycine / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / NMDA selective glutamate receptor complex / calcium ion transmembrane import into cytosol ...excitatory chemical synaptic transmission / Synaptic adhesion-like molecules / propylene metabolic process / response to glycine / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / NMDA selective glutamate receptor complex / calcium ion transmembrane import into cytosol / glutamate binding / protein heterotetramerization / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / glycine binding / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / monoatomic cation transmembrane transport / regulation of neuronal synaptic plasticity / monoatomic cation transport / Long-term potentiation / excitatory synapse / ligand-gated monoatomic ion channel activity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / calcium ion homeostasis / synaptic cleft / glutamate-gated calcium ion channel activity / EPHB-mediated forward signaling / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / synaptic membrane / long-term synaptic potentiation / brain development / visual learning / regulation of synaptic plasticity / terminal bouton / synaptic vesicle / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / RAF/MAP kinase cascade / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / dendritic spine / postsynaptic density / calmodulin binding / neuron projection / dendrite / calcium ion binding / synapse / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Michalski K / Furukawa H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)NS11745, MH085926, F32MH121061, NS113632 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural and functional mechanisms of anti-NMDAR autoimmune encephalitis.
著者: Kevin Michalski / Taha Abdulla / Sam Kleeman / Lars Schmidl / Ricardo Gómez / Noriko Simorowski / Francesca Vallese / Harald Prüss / Manfred Heckmann / Christian Geis / Hiro Furukawa /
要旨: Autoantibodies against neuronal membrane proteins can manifest in autoimmune encephalitis, inducing seizures, cognitive dysfunction and psychosis. Anti-N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) ...Autoantibodies against neuronal membrane proteins can manifest in autoimmune encephalitis, inducing seizures, cognitive dysfunction and psychosis. Anti-N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) encephalitis is the most dominant autoimmune encephalitis; however, insights into how autoantibodies recognize and alter receptor functions remain limited. Here we determined structures of human and rat NMDARs bound to three distinct patient-derived antibodies using single-particle electron cryo-microscopy. These antibodies bind different regions within the amino-terminal domain of the GluN1 subunit. Through electrophysiology, we show that all three autoantibodies acutely and directly reduced NMDAR channel functions in primary neurons. Antibodies show different stoichiometry of binding and antibody-receptor complex formation, which in one antibody, 003-102, also results in reduced synaptic localization of NMDARs. These studies demonstrate mechanisms of diverse epitope recognition and direct channel regulation of anti-NMDAR autoantibodies underlying autoimmune encephalitis.
履歴
登録2024年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43538.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43538.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 440 pix.
= 376.64 Å		0.86 Å/pix.
x 440 pix.
= 376.64 Å		0.86 Å/pix.
x 440 pix.
= 376.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0508
最小 - 最大-0.32103518 - 0.6339187
平均 (標準偏差)0.0004708373 (±0.013406346)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 376.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43538_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43538_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human GluN1-2A with IgG 007-168

全体名称: Human GluN1-2A with IgG 007-168
要素
  • 複合体: Human GluN1-2A with IgG 007-168
    • タンパク質・ペプチド: 007-168 Heavy
    • タンパク質・ペプチド: 007-168 Light
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

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超分子 #1: Human GluN1-2A with IgG 007-168

超分子名称: Human GluN1-2A with IgG 007-168 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 007-168 Heavy

分子名称: 007-168 Heavy / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.52225 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE AKKPGESLKI SCKASGYSFT TFWIGWVRQM PGSGLEWIGI IYPGDSDTRY SPSFQGHVTI SADRSTSTAY LQWSSLKAS DTAMYYCARS AVFDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG V HTFPAVLQ ...文字列:
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分子 #2: 007-168 Light

分子名称: 007-168 Light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.455982 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGGRAT LSCRASQSVS SNLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPV RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWPTSWT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
EIVMTQSPAT LSVSPGGRAT LSCRASQSVS SNLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPV RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWPTSWT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGE

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分子 #3: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.477797 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DPKIVNIGAV LSTRKHEQMF REAVNQANKR HGSWKIQLNA TSVTHKPNAI QMALSVCEDL ISSQVYAILV SHPPTPNDHF TPTPVSYTA GFYRIPVLGL TTRMSIYSDK SIHLSFLRTV PPYSHQSSVW FEMMRVYSWN HIILLVSDDH EGRAAQKRLE T LLEERESK ...文字列:
DPKIVNIGAV LSTRKHEQMF REAVNQANKR HGSWKIQLNA TSVTHKPNAI QMALSVCEDL ISSQVYAILV SHPPTPNDHF TPTPVSYTA GFYRIPVLGL TTRMSIYSDK SIHLSFLRTV PPYSHQSSVW FEMMRVYSWN HIILLVSDDH EGRAAQKRLE T LLEERESK AEKVLQFDPG TKNVTALLME AKELEARVII LSASEDDAAT VYRAAAMLNM TGSGYVWLVG EREISGNALR YA PDGILGL QLINGKNESA HISDAVGVVA QAVHELLEKE NITDPPRGCV GNTNIWKTGP LFKRVLMSSK YADGVTGRVE FNE DGDRKF ANYSIMNLQN RKLVQVGIYN GTHVIPNDRK IIWPGGETEK PRGYQMSTRL KIVTIHQEPF VYVKPTLSDG TCKE EFTVN GDPVKKVICT GPNDTSPGSP RHTVPQCCYG FCIDLLIKLA RTMNFTYEVH LVADGKFGTQ ERVNNSNKKE WNGMM GELL SGQADMIVAP LTINNERAQY IEFSKPFKYQ GLTILVKKEI PRSTLDSFMQ PFQSTLWLLV GLSVHVVAVM LYLLDR FSP FGRFKVNSEE EEEDALTLSS AMWFSWGVLL NSGIGEGAPR SFSARILGMV WAGFAMIIVA SYTANLAAFL VLDRPEE RI TGINDPRLRN PSDKFIYATV KQSSVDIYFR RQVELSTMYR HMEKHNYESA AEAIQAVRDN KLHAFIWDSA VLEFEASQ K CDLVTTGELF FRSGFGIGMR KDSPWKQNVS LSILKSHENG FMEDLDKTWV RYQEC

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

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分子 #4: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.50793 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: LNIAVMLGHS HDVTERELRT LWGPEQAAGL PLDVNVVALL MNRTDPKSLI THVCDLMSGA RIHGLVFGDD TDQEAVAQML DFISSHTFV PILGIHGGAS MIMADKDPTS TFFQFGASIQ QQATVMLKIM QDYDWHVFSL VTTIFPGYRE FISFVKTTVD N SFVGWDMQ ...文字列:
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UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

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分子 #5: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.534922 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DPKIVNIGAV LSTRKHEQMF REAVNQANKR HASWKIQLNA TSVTHKPNAI QMALSVCEDL ISSQVYAILV SHPPTPNDHF TPTPVSYTA GFYRIPVLGL TTRMSIYSDK SIHLSFLRTV PPYSHQSSVW FEMMRVYSWN HIILLVSDDH EGRAAQKRLE T LLEERESK ...文字列:
DPKIVNIGAV LSTRKHEQMF REAVNQANKR HASWKIQLNA TSVTHKPNAI QMALSVCEDL ISSQVYAILV SHPPTPNDHF TPTPVSYTA GFYRIPVLGL TTRMSIYSDK SIHLSFLRTV PPYSHQSSVW FEMMRVYSWN HIILLVSDDH EGRAAQKRLE T LLEERESK AEKVLQFDPG TKNVTALLME AKELEARVII LSASEDDAAT VYRAAAMLNM TGSGYVWLVG EREISGNALR YA PDGILGL QLINGKNESA HISDAVGVVA QAVHELLEKE NITDPPRGCV GNTNIWKTGP LFKRVLMSSK YADGVTGRVE FNE DGDRKF ANYSIMNLQR RKLVQVGIYN GTHVIPNDRK IIWPGGETEK PRGYQMSTRL KIVTIHQEPF VYVKPTLSDG TCKE EFTVN GDPVKKVICT GPNDTSPGSP RHTVPQCCYG FCIDLLIKLA RTMNFTYEVH LVADGKFGTQ ERVNNSNKKE WNGMM GELL SGQADMIVAP LTINNERAQY IEFSKPFKYQ GLTILVKKEI PRSTLDSFMQ PFQSTLWLLV GLSVHVVAVM LYLLDR FSP FGRFKVNSEE EEEDALTLSS AMWFSWGVLL NSGIGEGAPR SFSARILGMV WAGFAMIIVA SYTANLAAFL VLDRPEE RI TGINDPRLRN PSDKFIYATV KQSSVDIYFR RQVELSTMYR HMEKHNYESA AEAIQAVRDN KLHAFIWDSA VLEFEASQ K CDLVTTGELF FRSGFGIGMR KDSPWKQNVS LSILKSHENG FMEDLDKTWV RYQEC

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 119725
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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