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- EMDB-39836: Photosynthetic LH1-RC-HiPIP complex from the purple bacterium Hal... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39836
タイトルPhotosynthetic LH1-RC-HiPIP complex from the purple bacterium Halorhodospira halophila
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試料
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC-HiPIP triple complex from the purple phototrophic bacterium Halorhodospira halophila
    • 複合体: LH1-RC-HiPIP complex of Halorhodospira halophila
      • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 15種
キーワードLH1-RC / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / aerobic electron transport chain / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...organelle inner membrane / aerobic electron transport chain / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
High potential iron-sulfur protein / High potential iron-sulphur protein / High potential iron-sulphur protein superfamily / High potential iron-sulfur proteins family profile. / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit ...High potential iron-sulfur protein / High potential iron-sulphur protein / High potential iron-sulphur protein superfamily / High potential iron-sulfur proteins family profile. / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / High-potential iron-sulfur protein / Photosynthetic reaction centre, H-chain
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tani K / Kanno R / Nagashima KVP / Hiwatashi N / Kawakami M / Nakata K / Nagashima S / Inoue K / Takaichi S / Purba ER ...Tani K / Kanno R / Nagashima KVP / Hiwatashi N / Kawakami M / Nakata K / Nagashima S / Inoue K / Takaichi S / Purba ER / Hall M / Yu L-J / Madigan MT / Mizoguchi A / Humbel BM / Kimura Y / Wang-Otomo Z-Y
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101116 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H04174 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05153 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05086 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02856 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: A Native LH1-RC-HiPIP Supercomplex from an Extremophilic Phototroph.
著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Kenji V P Nagashima / Mai Kawakami / Naho Hiwatashi / Kazuna Nakata / Sakiko Nagashima / Kazuhito Inoue / Shinichi Takaichi / Endang R Purba / Malgorzata Hall / ...著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Kenji V P Nagashima / Mai Kawakami / Naho Hiwatashi / Kazuna Nakata / Sakiko Nagashima / Kazuhito Inoue / Shinichi Takaichi / Endang R Purba / Malgorzata Hall / Long-Jiang Yu / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Yukihiro Kimura / Zheng-Yu Wang-Otomo /
要旨: Halorhodospira (Hlr.) halophila strain BN9622 is an extremely halophilic and alkaliphilic purple phototrophic bacterium and has been widely used as a model for exploring the osmoadaptive and ...Halorhodospira (Hlr.) halophila strain BN9622 is an extremely halophilic and alkaliphilic purple phototrophic bacterium and has been widely used as a model for exploring the osmoadaptive and photosynthetic strategies employed by phototrophic extreme halophiles that enable them to thrive in hypersaline environments. Here we present the cryo-EM structures of (1) a unique native Hlr. halophila triple-complex formed from light-harvesting (LH1), the reaction center (RC), and high-potential iron-sulfur protein (HiPIP) at 2.44 Å resolution, and (2) a HiPIP-free LH1-RC complex at 2.64 Å resolution. Differing from the LH1 in the Hlr. halophila LH1-LH2 co-complex where LH1 encircles LH2, the RC-associated LH1 complex consists of 16 (rather than 18) αβ-subunits circularly surrounding the RC. These distinct forms of LH1 indicate that the number of subunits in a Hlr. halophila LH1 complex is flexible and its size is a function of the photocomplex it encircles. Like LH1 in the LH1-LH2 co-complex, the RC-associated LH1 complex also contained two forms of αβ-polypeptides and both dimeric and monomeric molecules of bacteriochlorophyll a. The majority of the isolated Hlr. halophila LH1-RC complexes contained the electron donor HiPIP bound to the surface of the RC cytochrome subunit near the heme-1 group. The bound HiPIP consisted of an N-terminal functional domain and a long C-terminal extension firmly attached to the cytochrome subunit. Despite overall highly negative surface-charge distributions for both the cytochrome subunit and HiPIP, the interface between the two proteins was relatively uncharged and neutral, forming a pathway for electron tunneling. The structure of the Hlr. halophila LH1-RC-HiPIP complex provides insights into the mechanism of light energy acquisition coupled with a long-distance electron donating process toward the charge separation site in a multi-extremophilic phototroph.
履歴
登録2024年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39836.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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x 400 pix.
= 328. Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 328. Å

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最小 - 最大-0.09817035 - 0.21328956
平均 (標準偏差)0.000083308594 (±0.008415245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ファイルemd_39836_half_map_1.map
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軸ZYX

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: even-half map

ファイルemd_39836_half_map_2.map
注釈even-half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosynthetic LH1-RC-HiPIP triple complex from the purple photot...

全体名称: Photosynthetic LH1-RC-HiPIP triple complex from the purple phototrophic bacterium Halorhodospira halophila
要素
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC-HiPIP triple complex from the purple phototrophic bacterium Halorhodospira halophila
    • 複合体: LH1-RC-HiPIP complex of Halorhodospira halophila
      • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
      • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
      • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
      • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction centre, H-chain
      • タンパク質・ペプチド: Antenna complex, alpha/beta subunit
      • タンパク質・ペプチド: Antenna complex, alpha/beta subunit
      • タンパク質・ペプチド: Antenna complex, alpha/beta subunit
      • タンパク質・ペプチド: Antenna complex, alpha/beta subunit
      • タンパク質・ペプチド: High-potential iron-sulfur protein
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: Ubiquinone-8
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: MENAQUINONE 8
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: water

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超分子 #1: Photosynthetic LH1-RC-HiPIP triple complex from the purple photot...

超分子名称: Photosynthetic LH1-RC-HiPIP triple complex from the purple phototrophic bacterium Halorhodospira halophila
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622

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超分子 #2: LH1-RC-HiPIP complex of Halorhodospira halophila

超分子名称: LH1-RC-HiPIP complex of Halorhodospira halophila / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #7-#8, #6, #9
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622

+
分子 #1: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622
分子量理論値: 40.439383 KDa
配列文字列: MSSKMYLNRS LAVGALSAGL AVVVGCERPP VDTEQKGYRG TGMEEVNNPR LRDDDLHLAP EAADPVSAEG PRAGEIYQNV EVLDDLSVA EFTRLMQSMT DWVSPDEGCT YCHDGNDFAS EELYTYQVSR QMIEMNRYVN ANWDSHMDDT GVTCYTCHRG E NLPEESWF ...文字列:
MSSKMYLNRS LAVGALSAGL AVVVGCERPP VDTEQKGYRG TGMEEVNNPR LRDDDLHLAP EAADPVSAEG PRAGEIYQNV EVLDDLSVA EFTRLMQSMT DWVSPDEGCT YCHDGNDFAS EELYTYQVSR QMIEMNRYVN ANWDSHMDDT GVTCYTCHRG E NLPEESWF AEPTPDVNMA GLGNTMMQNL ASEKTEYTSL PRNAFERYLL GHDDLRVEGD TILPHLDEWD VSLQDTEASY SL MMHMSAA TGSNCTTCHN TGRLGQWDES PEEREISWHG IRMTRDINAN WIEPLEAGQP EVRLGPTGDI AKVQCATCHY GEQ LPLDGA KMVDDYPGLM GEEDADFDFL QFGDLGTDGL RDRNAE

UniProtKB: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

+
分子 #2: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622
分子量理論値: 30.718809 KDa
配列文字列: MAMLDFEKKY RVRGGTLLGG DLFDFWIGPF YVGIFGVLTA IFAVLGTVLI IYGASQDTFN LWQISIAPPD LSYGLALAPM MEGGLWQII TVCALGAFIT WALRQAEISK KLGMGYHVPV AFAVAILAYA TLVVFRPLLM GAWGHGFPYG ILSHLDWVSN V GYQYLHFH ...文字列:
MAMLDFEKKY RVRGGTLLGG DLFDFWIGPF YVGIFGVLTA IFAVLGTVLI IYGASQDTFN LWQISIAPPD LSYGLALAPM MEGGLWQII TVCALGAFIT WALRQAEISK KLGMGYHVPV AFAVAILAYA TLVVFRPLLM GAWGHGFPYG ILSHLDWVSN V GYQYLHFH YNPAHMLAVT FFFTTTLALA LHGGLILSVT NPKKGEPVKT AEHENTFFRD VIGYSIGSLG IHRLGLFLAL NA GFWSAVC IIISGPFWTR GWPEWWNWWL NVPIWSWGG

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #3: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622
分子量理論値: 35.925391 KDa
配列文字列: MAEYQNIFTR VQVRGPTDPG VELPAADWPR TKGATHSWLL GKIGDAQVGP IYLGTTGVMS ILFGIVSIVI IGMNMLASVD WSPLEFIRQ FFWVALEPPP PEYGLSLPPL NDGGWWLIAG FTLTLSVLLW FARTYNRARA LGLGTHVAWA FAAAIFLFLA I GFIWPVLM ...文字列:
MAEYQNIFTR VQVRGPTDPG VELPAADWPR TKGATHSWLL GKIGDAQVGP IYLGTTGVMS ILFGIVSIVI IGMNMLASVD WSPLEFIRQ FFWVALEPPP PEYGLSLPPL NDGGWWLIAG FTLTLSVLLW FARTYNRARA LGLGTHVAWA FAAAIFLFLA I GFIWPVLM GSWAKSVPFG IFPHLDWTTA FSLRYGNLYY NPFHMLSIVF LFGSALLFAM HGATILAAGR YNAEREIEQI TD RGTAAER SALFWRWTMG FNATMESIHR WGYWFAILCV ITGGIGILLT GTVVENWYLW GVHHGIAPEY PEFFTPAVDP AAG GTE

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #4: Photosynthetic reaction centre, H-chain

分子名称: Photosynthetic reaction centre, H-chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622
分子量理論値: 30.904004 KDa
配列文字列: MEGTGALTDY MNVAQMTLYA FWLFLAGLIV YLRMEDKREG YPLQAEANEN CNRTPEKKLG FPAPPSPKVF KLADGRSIQV PRAEKTDYE LNTQLRAEPT APWDGAPLEP TGNPMVDGLG PAAWAKREDE PEVTHGGKQK ICPLRVATEF EVGMSRDVAR F WPEIDPDP ...文字列:
MEGTGALTDY MNVAQMTLYA FWLFLAGLIV YLRMEDKREG YPLQAEANEN CNRTPEKKLG FPAPPSPKVF KLADGRSIQV PRAEKTDYE LNTQLRAEPT APWDGAPLEP TGNPMVDGLG PAAWAKREDE PEVTHGGKQK ICPLRVATEF EVGMSRDVAR F WPEIDPDP RGYQVLGCDG KVAGKIVDIW VDRGELRPMY LEMDLSGVGS SGDRVLLPIN FARVGYDSKV RVNAITGQQF TD VPRLREA DRISPQEEDF ITGYFGGGVL YAVPGRTEPF L

UniProtKB: Photosynthetic reaction centre, H-chain

+
分子 #5: Antenna complex, alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex, alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622
分子量理論値: 7.2755 KDa
配列文字列:
MWRLWKLYDP RRVLIGIFSW LAVLALVIHF ILLSTDRFNW VGGAAVSSVS ESAEEVSALP PRQV

UniProtKB: Antenna complex, alpha/beta subunit

+
分子 #6: Antenna complex, alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex, alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622
分子量理論値: 8.068154 KDa
配列文字列:
MADNMSLTGL SDEEAKEFHS IFMQSFLIFT AVAVVAHFLA WAWRPWIPGA EGYGSVIEGV HNVTAAVSQI APLAG

UniProtKB: Antenna complex, alpha/beta subunit

+
分子 #7: Antenna complex, alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex, alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622
分子量理論値: 7.664882 KDa
配列文字列:
MWRMWKILDY RRTVVLAHVG MAVLALLIHF ILLSTENFNW LQGNPYGDAE SAAEVADAAV MPQQREV

UniProtKB: Antenna complex, alpha/beta subunit

+
分子 #8: Antenna complex, alpha/beta subunit

分子名称: Antenna complex, alpha/beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622
分子量理論値: 7.893913 KDa
配列文字列:
MADEMRNVSD EEAKEFHAMF SQAFTVYIGV AVVAHILAWA WRPWIPGDEG FGAALIEGAN AVTAAVQSIA PIAA

UniProtKB: Antenna complex, alpha/beta subunit

+
分子 #9: High-potential iron-sulfur protein

分子名称: High-potential iron-sulfur protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) / 株: BN9622
分子量理論値: 15.763442 KDa
配列文字列:
MSKKPCDRSR RKFLRLGLMS TAAIPAASLF GSKAMADDNN NGNDRTWEII SEDAPEAKGI GYVHNQADAD MDHPRFESHQ FCANCLLYV PHEEDGDHGY CAAFGMDEKR LVNANGWCWA WEDAGDAAEV GPRDVPADQL RRG

UniProtKB: High-potential iron-sulfur protein

+
分子 #10: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate

分子名称: (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: Z41
分子量理論値: 568.911 Da
Chemical component information

ChemComp-Z41:
(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / 1-O,2-O-ジパルミトイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #13: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #14: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 42 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #15: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 13 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #16: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 45 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #17: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #18: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 3 / 式: UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8 / ユビキノン8

+
分子 #19: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 9 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #20: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #21: MENAQUINONE 8

分子名称: MENAQUINONE 8 / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: MQ8
分子量理論値: 717.116 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

+
分子 #22: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 9 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

+
分子 #23: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #24: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細This sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 331335
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 90126
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5y5s

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5d8v

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 20 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8z82:
Photosynthetic LH1-RC-HiPIP complex from the purple bacterium Halorhodospira halophila

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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