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- PDB-5y5s: Structure of photosynthetic LH1-RC super-complex at 1.9 angstrom ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y5s
タイトルStructure of photosynthetic LH1-RC super-complex at 1.9 angstrom resolution
要素
  • (Photosynthetic reaction center ...) x 4
  • LH1 alpha polypeptide
  • LH1 beta polypeptide
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LH1-RC / purple bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Multiheme cytochrome c family profile. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, M subunit / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / SPIRILLOXANTHIN / : / HEME C / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / MENAQUINONE 8 / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-PGV ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / SPIRILLOXANTHIN / : / HEME C / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / MENAQUINONE 8 / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-PGV / Unknown ligand / Ubiquinone-8 / Reaction center protein M chain / LH1 beta polypeptide / LH1 alpha polypeptide / Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Photosynthetic reaction center H subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yu, L.-J. / Suga, M. / Wang-Otomo, Z.-Y. / Shen, J.-R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of photosynthetic LH1-RC supercomplex at 1.9 angstrom resolution.
著者: Yu, L.-J. / Suga, M. / Wang-Otomo, Z.-Y. / Shen, J.R.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02025年9月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
L: Photosynthetic reaction center L subunit
M: Photosynthetic reaction center M subunit
H: Photosynthetic reaction center H subunit
A: LH1 alpha polypeptide
B: LH1 beta polypeptide
D: LH1 alpha polypeptide
E: LH1 beta polypeptide
F: LH1 alpha polypeptide
G: LH1 beta polypeptide
I: LH1 alpha polypeptide
J: LH1 beta polypeptide
K: LH1 alpha polypeptide
N: LH1 beta polypeptide
O: LH1 alpha polypeptide
P: LH1 beta polypeptide
Q: LH1 alpha polypeptide
R: LH1 beta polypeptide
S: LH1 alpha polypeptide
T: LH1 beta polypeptide
U: LH1 alpha polypeptide
V: LH1 beta polypeptide
W: LH1 alpha polypeptide
X: LH1 beta polypeptide
Y: LH1 alpha polypeptide
Z: LH1 beta polypeptide
1: LH1 alpha polypeptide
2: LH1 beta polypeptide
3: LH1 alpha polypeptide
4: LH1 beta polypeptide
5: LH1 alpha polypeptide
6: LH1 beta polypeptide
7: LH1 alpha polypeptide
8: LH1 beta polypeptide
9: LH1 alpha polypeptide
0: LH1 beta polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,934180
ポリマ－340,62036
非ポリマー85,314144
水17,186954
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area97250 Å2
ΔGint-682 kcal/mol
Surface area131570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.280, 143.810, 210.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-806-

HOH

-
要素

-
Photosynthetic reaction center ... , 4種, 4分子 CLMH

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit


分子量: 43177.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P5
#2: タンパク質 Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31520.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P3
#3: タンパク質 Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 36605.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: A8ASG6
#4: タンパク質 Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28213.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P9

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 34分子 ADFIKOQSUWY13579BEGJNPRTVXZ246...

#23: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: タンパク質
LH1 alpha polypeptide


分子量: 7034.442 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P2
#6: タンパク質・ペプチド
LH1 beta polypeptide


分子量: 5534.452 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D2Z0P1

-
非ポリマー , 18種, 1096分子

#7: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#14: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#15: 化合物
ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 727.109 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H74O4
#16: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
#17: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#18: 化合物 ChemComp-MQ8 / MENAQUINONE 8 / 2-METHYL-3-(3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYL-DOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL)-[1,4]NAPTHOQUINONE


分子量: 717.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H72O2
#19: 化合物
ChemComp-CRT / SPIRILLOXANTHIN / RHODOVIOLASCIN


分子量: 596.925 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60O2
#20: 化合物
ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL


分子量: 691.959 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE


分子量: 229.402 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#22: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#25: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 954 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細UNL IN THIS STRUCTURE WAS TUBE-LIKE ELECTRON DENSITY, MIGHT BE A TAIL OF LIPID OR DETERGENT, WHICH ...UNL IN THIS STRUCTURE WAS TUBE-LIKE ELECTRON DENSITY, MIGHT BE A TAIL OF LIPID OR DETERGENT, WHICH COULD NOT BE ASSIGNED UNAMBIGUOUSLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG 1450, calcium chloride, octyl-phosphocholine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.919 Å / Num. obs: 338604 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 39.96 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1035 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 9.47
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 33819 / CC1/2: 0.557 / Rpim(I) all: 0.6936 / % possible all: 99.98

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12rc0_2787精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WMM

3wmm


解像度: 1.9→46.919 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2152 16919 5 %
Rwork0.1814 321617 -
obs0.1831 338536 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.53 Å2 / Biso mean: 65.4864 Å2 / Biso min: 26.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→46.919 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21946 0 5022 956 27924
Biso mean--73.62 63.32 -
残基数----2726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00827998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2738395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0713924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.73715970
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9-1.92160.40375490.38491072911278
1.9216-1.94420.37565700.35811066511235
1.9442-1.96790.34615660.32831073311299
1.9679-1.99280.36325580.31421065911217
1.9928-2.0190.30865620.29271066211224
2.019-2.04670.30055650.27231076211327
2.0467-2.07590.30475520.26931065711209
2.0759-2.10690.30015620.24661067711239
2.1069-2.13990.26925720.23661069711269
2.1399-2.17490.25035630.21581073411297
2.1749-2.21240.23845590.20781069311252
2.2124-2.25270.26485600.20941067411234
2.2527-2.2960.22385650.19181066411229
2.296-2.34290.2245640.18641073511299
2.3429-2.39380.24145660.18321070511271
2.3938-2.44950.22785590.1781068811247
2.4495-2.51070.2325670.17871071011277
2.5107-2.57860.22925610.18051072511286
2.5786-2.65450.20845720.17071069311265
2.6545-2.74020.20995570.16631074711304
2.7402-2.83810.19495680.16021075411322
2.8381-2.95170.20995630.1691068811251
2.9517-3.0860.21845630.17781072011283
3.086-3.24870.21255700.17561069011260
3.2487-3.45210.20985640.17041073911303
3.4521-3.71860.20535610.16751075511316
3.7186-4.09260.19215700.16091079911369
4.0926-4.68440.17885690.15891075511324
4.6844-5.90.2015640.16321076611330
5.9-46.93320.20335780.18081094211520
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -40.6459 Å / Origin y: 30.5496 Å / Origin z: 52.8476 Å
111213212223313233
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精密化 TLSグループ
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1X-RAY DIFFRACTION1allC23 - 505
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7X-RAY DIFFRACTION1allD5 - 203
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20X-RAY DIFFRACTION1allT4 - 101
21X-RAY DIFFRACTION1allU3 - 203
22X-RAY DIFFRACTION1allV5 - 101
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24X-RAY DIFFRACTION1allX6 - 101
25X-RAY DIFFRACTION1allY3 - 203
26X-RAY DIFFRACTION1allZ7 - 101
27X-RAY DIFFRACTION1all14 - 203
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29X-RAY DIFFRACTION1all34 - 203
30X-RAY DIFFRACTION1all45 - 101
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37X-RAY DIFFRACTION1alla1 - 304
38X-RAY DIFFRACTION1allb1 - 906

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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