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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3817 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex, DSIF-EC3 | ||||||||||||
マップデータ | Locally filtered map, B-factor 0 | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / transcription elongation / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation by small RNAs / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation ...Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation by small RNAs / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II, holoenzyme / mRNA Splicing - Major Pathway / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA/RNA hybrid binding / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / : / : / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / organelle membrane / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of macroautophagy / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / positive regulation of translational initiation / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / core promoter sequence-specific DNA binding / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / デオキシリボ核酸 / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / P-body / ユークロマチン / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / chromatin organization / single-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / protein heterodimerization activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / nucleotide binding / mRNA binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / 核小体 / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bernecky C / Plitzko JM / Cramer P | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Structure of a transcribing RNA polymerase II-DSIF complex reveals a multidentate DNA-RNA clamp. 著者: Carrie Bernecky / Jürgen M Plitzko / Patrick Cramer / 要旨: During transcription, RNA polymerase II (Pol II) associates with the conserved elongation factor DSIF. DSIF renders the elongation complex stable and functions during Pol II pausing and RNA ...During transcription, RNA polymerase II (Pol II) associates with the conserved elongation factor DSIF. DSIF renders the elongation complex stable and functions during Pol II pausing and RNA processing. We combined cryo-EM and X-ray crystallography to determine the structure of the mammalian Pol II-DSIF elongation complex at a nominal resolution of 3.4 Å. Human DSIF has a modular structure with two domains forming a DNA clamp, two domains forming an RNA clamp, and one domain buttressing the RNA clamp. The clamps maintain the transcription bubble, position upstream DNA, and retain the RNA transcript in the exit tunnel. The mobile C-terminal region of DSIF is located near exiting RNA, where it can recruit factors for RNA processing. The structure provides insight into the roles of DSIF during mRNA synthesis. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3817.map.gz | 58.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3817-v30.xml emd-3817.xml | 47.5 KB 47.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3817.png | 106.2 KB | ||
マスクデータ | emd_3817_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-3817.cif.gz | 11.4 KB | ||
その他 | emd_3817_additional_1.map.gz emd_3817_additional_2.map.gz emd_3817_half_map_1.map.gz emd_3817_half_map_2.map.gz | 60 MB 59.6 MB 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3817 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3817 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3817.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally filtered map, B-factor 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_3817_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: None
ファイル | emd_3817_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: None
ファイル | emd_3817_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap 1
ファイル | emd_3817_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap 2
ファイル | emd_3817_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : RNA polymerase II-DSIF elongation complex
+超分子 #1: RNA polymerase II-DSIF elongation complex
+超分子 #2: RNA polymerase II
+超分子 #3: DSIF
+超分子 #4: DNA-RNA synthetic construct
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
+分子 #4: Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
+分子 #8: Uncharacterized protein
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
+分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
+分子 #16: Transcription elongation factor SPT4
+分子 #17: Transcription elongation factor SPT5
+分子 #13: DNA (43-MER)
+分子 #15: DNA (43-MER)
+分子 #14: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP...
+分子 #18: ZINC ION
+分子 #19: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.25 構成要素:
詳細: pH was adjusted at 25 degrees Celsius | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Sample (four microliters) was applied to glow-discharged Quantifoil R 2/1 holey carbon grids, which were then blotted for 8.5s and plunge-frozen in liquid ethane.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.6 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.6 µm / 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 37000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-33 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2549 / 平均露光時間: 9.9 sec. / 平均電子線量: 33.0 e/Å2 詳細: Movies were aligned and binned to the physical pixel size of 1.35 angstroms. |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 687928 |
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初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 101140 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-5oik: |