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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Vgamma5Vdelta1 EH TCR-CD3 complex | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xin W / Huang B / Chi X / Xu M / Zhang Y / Li X / Su Q / Zhou Q | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of human γδ T cell receptor-CD3 complex. 著者: Weizhi Xin / Bangdong Huang / Ximin Chi / Yuehua Liu / Mengjiao Xu / Yuanyuan Zhang / Xu Li / Qiang Su / Qiang Zhou / ![]() 要旨: Gamma delta (γδ) T cells, a unique T cell subgroup, are crucial in various immune responses and immunopathology. The γδ T cell receptor (TCR), which is generated by γδ T cells, recognizes a ...Gamma delta (γδ) T cells, a unique T cell subgroup, are crucial in various immune responses and immunopathology. The γδ T cell receptor (TCR), which is generated by γδ T cells, recognizes a diverse range of antigens independently of the major histocompatibility complex. The γδ TCR associates with CD3 subunits, initiating T cell activation and holding great potential in immunotherapy. Here we report the structures of two prototypical human Vγ9Vδ2 and Vγ5Vδ1 TCR-CD3 complexes, revealing two distinct assembly mechanisms that depend on Vγ usage. The Vγ9Vδ2 TCR-CD3 complex is monomeric, with considerable conformational flexibility in the TCRγ-TCRδ extracellular domain and connecting peptides. The length of the connecting peptides regulates the ligand association and T cell activation. A cholesterol-like molecule wedges into the transmembrane region, exerting an inhibitory role in TCR signalling. The Vγ5Vδ1 TCR-CD3 complex displays a dimeric architecture, whereby two protomers nestle back to back through the Vγ5 domains of the TCR extracellular domains. Our biochemical and biophysical assays further corroborate the dimeric structure. Importantly, the dimeric form of the Vγ5Vδ1 TCR is essential for T cell activation. These findings reveal organizing principles of the γδ TCR-CD3 complex, providing insights into the unique properties of γδ TCR and facilitating immunotherapeutic interventions. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 27.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 49.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 23.2 MB 23.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8wxeMC ![]() 8jbvC ![]() 8jc0C ![]() 8jcbC ![]() 8wy0C ![]() 8wyiC ![]() 8yc0C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37904_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37904_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : T cell receptor delta 1 gamma 5 EH mutant
全体 | 名称: T cell receptor delta 1 gamma 5 EH mutant |
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要素 |
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-超分子 #1: T cell receptor delta 1 gamma 5 EH mutant
超分子 | 名称: T cell receptor delta 1 gamma 5 EH mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 / 詳細: Y106E and R120H in TCR gamma 5 chain |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
分子 | 名称: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 165-167: linker 168-195: twin-Strep tag / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 21.809695 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKWKALFTAA ILQAQLPITE AQSFGLLDPK LCYLLDGILF IYGVILTALF LRVKFSRSAD APAYQQGQNQ LYNELNLGRR EEYDVLDKR RGRDPEMGGK PQRRKNPQEG LYNELQKDKM AEAYSEIGMK GERRRGKGHD GLYQGLSTAT KDTYDALHMQ A LPPRAAAW ...文字列: MKWKALFTAA ILQAQLPITE AQSFGLLDPK LCYLLDGILF IYGVILTALF LRVKFSRSAD APAYQQGQNQ LYNELNLGRR EEYDVLDKR RGRDPEMGGK PQRRKNPQEG LYNELQKDKM AEAYSEIGMK GERRRGKGHD GLYQGLSTAT KDTYDALHMQ A LPPRAAAW SHPQFEKGGG SGGGSGGSAW SHPQFEK UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
分子 | 名称: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 18.949537 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEHSTFLSGL VLATLLSQVS PFKIPIEELE DRVFVNCNTS ITWVEGTVGT LLSDITRLDL GKRILDPRGI YRCNGTDIYK DKESTVQVH YRMCQSCVEL DPATVAGIIV TDVIATLLLA LGVFCFAGHE TGRLSGAADT QALLRNDQVY QPLRDRDDAQ Y SHLGGNWA RNK UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain |
-分子 #3: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
分子 | 名称: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.174227 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MQSGTHWRVL GLCLLSVGVW GQDGNEEMGG ITQTPYKVSI SGTTVILTCP QYPGSEILWQ HNDKNIGGDE DDKNIGSDED HLSLKEFSE LEQSGYYVCY PRGSKPEDAN FYLYLRARVC ENCMEMDVMS VATIVIVDIC ITGGLLLLVY YWSKNRKAKA K PVTRGAGA ...文字列: MQSGTHWRVL GLCLLSVGVW GQDGNEEMGG ITQTPYKVSI SGTTVILTCP QYPGSEILWQ HNDKNIGGDE DDKNIGSDED HLSLKEFSE LEQSGYYVCY PRGSKPEDAN FYLYLRARVC ENCMEMDVMS VATIVIVDIC ITGGLLLLVY YWSKNRKAKA K PVTRGAGA GGRQRGQNKE RPPPVPNPDY EPIRKGQRDL YSGLNQRRI UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain |
-分子 #4: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
分子 | 名称: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 20.493457 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEQGKGLAVL ILAIILLQGT LAQSIKGNHL VKVYDYQEDG SVLLTCDAEA KNITWFKDGK MIGFLTEDKK KWNLGSNAKD PRGMYQCKG SQNKSKPLQV YYRMCQNCIE LNAATISGFL FAEIVSIFVL AVGVYFIAGQ DGVRQSRASD KQTLLPNDQL Y QPLKDRED DQYSHLQGNQ LRRN UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain |
-分子 #5: Signal peptide,flag tag,T cell receptor delta variable 1,T cell r...
分子 | 名称: Signal peptide,flag tag,T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 詳細: 1-22: signal peptide, 23-31: Flag tag, 38-131: A0A1B0GX56, 155-307: B7Z8K6 コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 34.320574 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCMDYKDDDD KGGSETGAQK VTQAQSSVSM PVRKAVTLNC LYETSWWSYY IFWYKQLPSK EMIFLIRQG SDEQNAKSGR YSVNFKKAAK SVALTISALQ LEDSAKYFCA LGDPGGLNTD KLIFGKGTRV TVEPRSQPHT K PSVFVMKN ...文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCMDYKDDDD KGGSETGAQK VTQAQSSVSM PVRKAVTLNC LYETSWWSYY IFWYKQLPSK EMIFLIRQG SDEQNAKSGR YSVNFKKAAK SVALTISALQ LEDSAKYFCA LGDPGGLNTD KLIFGKGTRV TVEPRSQPHT K PSVFVMKN GTNVACLVKE FYPKDIRINL VSSKKITEFD PAIVISPSGK YNAVKLGKYE DSNSVTCSVQ HDNKTVHSTD FE VKTDSTD HVKPKETENT KQPSKSCHKP KAIVHTEKVN MMSLTVLGLR MLFAKTVAVN FLLTAKLFFL UniProtKB: T cell receptor delta variable 1, T cell receptor delta constant |
-分子 #6: Signal peptide,flag tag,T cell receptor gamma variable 5,T cell r...
分子 | 名称: Signal peptide,flag tag,T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 詳細: 1-22: signal peptide, 23-31: Flag tag, 38-137: UniprotKB ID A0A0B4J1U4, 159-331: UniprotKB ID P0CF51 with Y106E and R120H コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 37.702062 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCMDYKDDDD KGGSETGSSN LEGGTKSVTR PTRSSAEITC DLTVINAFYI HWYLHQEGKA PQRLLYYDV SNSKDVLESG LSPGKYETHT PRRWSWILIL HNLIENDSGV YYCATWDRGN PKTHYYKKLF GSGTTLVVTD K QLDADVSP ...文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCMDYKDDDD KGGSETGSSN LEGGTKSVTR PTRSSAEITC DLTVINAFYI HWYLHQEGKA PQRLLYYDV SNSKDVLESG LSPGKYETHT PRRWSWILIL HNLIENDSGV YYCATWDRGN PKTHYYKKLF GSGTTLVVTD K QLDADVSP KPTIFLPSIA ETKLQKAGTY LCLLEKFFPD VIKIHWQEKK SNTILGSQEG NTMKTNDTYM KFSWLTVPEK SL DKEHRCI VRHENNKNGV DQEIIFPPIK TDVITMDPKD NCSKDANDTL LLQLTNTSAY YMYLLLLLKS VVYFAIITCC LLR RTAFCC NGEKS UniProtKB: T cell receptor gamma variable 5, T cell receptor gamma constant 1 |
-分子 #7: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 342095 |