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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3757 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of C. thermophilum fatty acid synthase from native cell extract | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
![]() | Kastritis PL / O'Reilly F / Bock T / Li Y / Rogon ZM / Buczak K / Romanov N / Betts M / Bui KH / Hagen WJ ...Kastritis PL / O'Reilly F / Bock T / Li Y / Rogon ZM / Buczak K / Romanov N / Betts M / Bui KH / Hagen WJ / Hennrich ML / Mackmull MT / Rappsilber J / Russell R / Bork P / Beck M / Gavin AC | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Capturing protein communities by structural proteomics in a thermophilic eukaryote. 著者: Panagiotis L Kastritis / Francis J O'Reilly / Thomas Bock / Yuanyue Li / Matt Z Rogon / Katarzyna Buczak / Natalie Romanov / Matthew J Betts / Khanh Huy Bui / Wim J Hagen / Marco L Hennrich / ...著者: Panagiotis L Kastritis / Francis J O'Reilly / Thomas Bock / Yuanyue Li / Matt Z Rogon / Katarzyna Buczak / Natalie Romanov / Matthew J Betts / Khanh Huy Bui / Wim J Hagen / Marco L Hennrich / Marie-Therese Mackmull / Juri Rappsilber / Robert B Russell / Peer Bork / Martin Beck / Anne-Claude Gavin / ![]() ![]() ![]() 要旨: The arrangement of proteins into complexes is a key organizational principle for many cellular functions. Although the topology of many complexes has been systematically analyzed in isolation, their ...The arrangement of proteins into complexes is a key organizational principle for many cellular functions. Although the topology of many complexes has been systematically analyzed in isolation, their molecular sociology remains elusive. Here, we show that crude cellular extracts of a eukaryotic thermophile, , retain basic principles of cellular organization. Using a structural proteomics approach, we simultaneously characterized the abundance, interactions, and structure of a third of the proteome within these extracts. We identified 27 distinct protein communities that include 108 interconnected complexes, which dynamically associate with each other and functionally benefit from being in close proximity in the cell. Furthermore, we investigated the structure of fatty acid synthase within these extracts by cryoEM and this revealed multiple, flexible states of the enzyme in adaptation to its association with other complexes, thus exemplifying the need for studies. As the components of the captured protein communities are known-at both the protein and complex levels-this study constitutes another step forward toward a molecular understanding of subcellular organization. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27.5 KB 27.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 205.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 60 MB 49.8 MB 49.7 MB 49.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_3757_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: CryoEM map of Fatty Acid synthase from C....
ファイル | emd_3757_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of Fatty Acid synthase from C. thermophilum solved from cell extract. Map is unsharpened, unmasked, filtered to FSC=0.143 (RELION). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM half-map 1 of Fatty Acid synthase from...
ファイル | emd_3757_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM half-map 1 of Fatty Acid synthase from C. thermophilum solved from cell extract. Map is unsharpened, unmasked, unfiltered. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM half-map 2 of Fatty Acid synthase from...
ファイル | emd_3757_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM half-map 2 of Fatty Acid synthase from C. thermophilum solved from cell extract. Map is unsharpened, unmasked, unfiltered. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : The fatty acid synthase complex (FAS1+FAS2, A6B6)
全体 | 名称: The fatty acid synthase complex (FAS1+FAS2, A6B6) |
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要素 |
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-超分子 #1: The fatty acid synthase complex (FAS1+FAS2, A6B6)
超分子 | 名称: The fatty acid synthase complex (FAS1+FAS2, A6B6) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 2.6 MDa |
-分子 #1: Fatty acid synthase alpha subunit
分子 | 名称: Fatty acid synthase alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acid synthase system |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MRPEVEQELA HTLLVELLAY QFASPVRWIE TQDVFLAEQM AERIVEIGPA DTLSVMAKRT LASKYEAYD AAKSAQRQIL CYSKDAKEIY YDVDPIEEEP EPAPAQAATP TAPAAPAATP A AAPAPVAA PPPPGVGPAA QVPDAPVTAL EIVRALIAQK LKKPYQEVPL ...文字列: MRPEVEQELA HTLLVELLAY QFASPVRWIE TQDVFLAEQM AERIVEIGPA DTLSVMAKRT LASKYEAYD AAKSAQRQIL CYSKDAKEIY YDVDPIEEEP EPAPAQAATP TAPAAPAATP A AAPAPVAA PPPPGVGPAA QVPDAPVTAL EIVRALIAQK LKKPYQEVPL SKAIKDLVGG KS TLQNEIL GDLGKEFGST PEKPEDTPLD ELGAAMQATF DGNLGKTSQG LIARLISSKM PGG FNITTA RKYLETRWGL GPGRQDGVLL LAITMEPPSR LGSEADAKAF LDDVSQKYAA NAGI SLSTA AAAGPAAGAG GGMLMDPAAL EALTSDQKAL FKQQLELIAR YLKLDIRAGD KAYQA SQES AKVLQSQLDL WLAEHGDFYA SGIEPVFSPL KARVYDSSWN WARQDALSMY YDIIFG RLK TVDREIVSQC IRIMNRANPT LLEFMQYHID NCPTDRGETY QLAKELGAQL IENCKEV LN ANPVYKDVAI PTGPKTTIDA RGNLKYEEVP RPSCRKLEHY VQQMAAGGKI SEYGNRIK V QNDLAKIYKL IKQQHKLPKT SQLEIKALYS DIIRALQMNE NQILGQTNGK SLGLPKKGK PKAKTETIPF LHLRKKSVMG WEYNKKLTSL YLDCLEKAAR DGLTFAGKYA LMTGAGAGSI GAEVLQGLI SGGAHVIVTT SRYSREVTEY YQSMYSRYGA RGSQLVVVPF NQGSVQDVNA L VEYIYDTK NGLGWDLDYI VPFAAISEQG RQIDGIDSKS ELAHRIMLTN LIRLLGAVKT QK ASRGYET RPAQVILPLS PNHGTFGSDG LYSESKLGLE TLFNRWESEN WSNYLTICGA IIG WTRGTG LMSGNNIVAE AVEKFGVRTF SQQEMAFNLL GLMAPTIVDL CQNEPVCADL NGGL QFIPN LNELMTRERK NLTETSEIRQ AVTKETAAEN KVVNGEASEA LYKKKIIERR ANIKF DFPP LPDWKKDIQP LNDKLKGMVD LEKVIVVTGF AEVGPWGNSR TRWEMEAYGE FSLEGC IEM AWIMGLIKNY NGLIKGKPYS GWVDAKTGEP VDDKDVKPKY EKYILEHSGI RLIEPEL FG GYDPNKKQLL HEVVIQEDLD PFQCSAETAE QFKREHGDKV EIFEIPESGE YTVRFKKG A TLWIPKALRF DRLVAGQIPT GWDAKRYGIP DDIIQQVDPV CLFVLVSTVE ALLSSGITD PYEFYKYVHV SELGNCIGSG MGGATALRGM HRDRFLDKPL QNDILQESFI NTMSAWVNML LLSSSGPIK TPVAACATAV ESVDVGVETI LEGKARICLV GGFDDFGEEG SYEFANMKAT S NAVDEFAH GRTPQEMSRP TTTTRNGFME SQGSGVQVIM TAKLALEMGV PIYGILALTT TA SDKIGRS VPAPGQGVLT TAREHRGKFP SPLLDINYRR RQIERRTKQV MEEKEAEFEY LAA EIEALK AEGRPQSEIE EYAAHRAAHI EKTAEKQAKE ILRSFGNFFW KNDPTIAPLR GALA VWGLT IDDLDVASFH GTSTKANDKN ESSVICQQLA HLGRKKGNAV LGIFQKYLTG HPKGA AGAW MLNGCLQVLN TGLVPGNRNA DNVDKVMEQF DYIVYPNRSI QTDGIKAFSV TSFGFG QKG AQCIGVHPKY LYATLDEQTY NEYCTKVQAR QKKAYRYFHN GLINNTLFQA KEKAPYT DE QLSAVLLNPD ARVVEDKKTG QLIFPPNFMK LSEKTQAAAQ PKVSLESVLS REARRLES V NTRVGVDVED ISAINTDNDT FLDRNFTEAE QKYCLASKSG RSPQKAFAGR WTAKEAVFK ALGVSSKGAG AALKDIEILV DENGAPTVSL HGAAAEAAKK AGIKSVSVSI SYTDSQAAAI ATAQL |
-分子 #2: Fatty acid synthase beta subunit
分子 | 名称: Fatty acid synthase beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acid synthase system |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MYGTGTGPQT GAVTPRSSAS LRPLTLSHGS LETSFLIPTG LHFHASRLKD EFIASLPPPT DELAQDDEP SSVPELVARY MGYIANQVAE GEDDAQGSYE EVLKLILNEF ERAFLQGNDV H ALVATLPG IDAKKLEVIR SYFAARAATN RAMRAHQSAL LRAAEEGEAR ...文字列: MYGTGTGPQT GAVTPRSSAS LRPLTLSHGS LETSFLIPTG LHFHASRLKD EFIASLPPPT DELAQDDEP SSVPELVARY MGYIANQVAE GEDDAQGSYE EVLKLILNEF ERAFLQGNDV H ALVATLPG IDAKKLEVIR SYFAARAATN RAMRAHQSAL LRAAEEGEAR IYSIFGGQGN IE EYFEELR ELYKTYPSFV GHLIVSSAEL LQILASHPSA EKLYSKGLDI MHWLHNPDAT PDT DYLISA PVSFPLIGLV QLAHYQVTCK VQGLHPGILR DRISGTTGHS QGIVLAAVTA AADS WESFE DLAKSALTIL FWIGARSQQT FPRTSMSPSL LQEAIDNGEG TPTPMLSIRD LPQAE VQKH IDQTNQYLPE DQHISISLIN SPRNLVVSGP PRSLCGLNAQ LRKVKAPTGL DQARIP YSE RKIRFVNRFL PITAPFHSKY LAGAAELIAE DLKDISIEVE RLGIPVYDTN TGEDIRQ TV TGNVVPALIR MITNDPVHWE KATVFPEATH ILDFGPGGIS GLGVLTSRNK DGTGVRVI L AGTVNGTVAE VGYKSELFDR DEEHAVKYAV DWVKEYGPRL IKTSSGRIYV DTKMSRLLG LPPLMVAGMT PTTVPWDFVA ATMNAGYQIE LAGGGYFNAK MMTEAISKIE RAIPPGRGIT VNLIYVNPH AMAWQIPLLG RLRAEGVPIE GLTIGAGVPS IEVANEYIQT LGLKHISFKP G SVDAIQAV INIAKANPTF PVILQWTGGR GGGHHSYEDF HAPILAMYSR IRRQENIILV AG SGFGGAE DTYPYLTGAW STKYGYPPMP FDGCLFGSRM MVAKEAHTSP EAKQAIVDAP GLD DSEWEK TYKGPAGGVI TVRSEMGEPI HKLATRGVLF WAEMDQKIFS LPKEKRVAEL KKNR DYIIR KLNADFQKVW FGKNKKGEVV DLEDMTYGEV VRRMVELLYV KDEKRWIDHS FAKLT ADFI HRVEERFTTA ASQPSLIQSY SDLDEPYSAV ERVLAHYPEA ETQLISAQDV QHFLLL CKR RGQKPVTFVP ALDEDFEFYF KKDSLWQSED LAAVIDRDVG RTCILQGPMA AKHSTKV DE PIKEILDGIH NGHIAALKRD LYDNDESKIP TIEYFGGKLK DPEVQLDFEG VTISYDVH K NTYRVSNNPS VPLPPLDAWL SALAGPNRTW RYALLQSEVI VQGHKYQTNP MKKIFAPAR GLFVEIQYPN DPAKTVITVK EQPRPNRYID VIEAKLVGDK EIVVNLIKDT NALGEPVALP LRFTYRPEA GYAPIHEIME GRNDRIKEFY WRCWFGQDPL DLDAPVTSKF DGGEAVITSE A INEFVHAV GNTGEAFVDR PGKTMYAPMD FAIVVGWKAI TKPIFPRTID GDLLKLVHLS NQ FRMFPGA EPLKKGDKVY TTAQVNAVIN QESGKMVEVC GTITRDGKPV MEVISQFLYR GVY TDYENT FQRKVETPMQ VHLATTKDIA ILRSKQWFVL DDVATPEEFL LGKTLTFRLH TLVH FKNRN VYSHVETRGQ VLVELPTKEI IQVATVEYVA GESHGNPVID YLQRNGQSIE QPVNF ENPI PLGGKAPLQL RAPASNETYA RVSGDYNPIH VSRVFAAYAN LPGTITHGMY SSAAVR SLV ETWAAENKIG RVRSFHASLT GMVLPNDDIN VKLQHVGMVG GRKIIKVEAT NKETEEK VL LGEAEIEQPV TAYVFTGQGS QEQGMGMDLY ANSPVAREVW DRADKYLRDT YGFAITDI V RNNPKELTIH FGGPLGKKIR ANYMAMTFET VAADGSIKSE RIFKDIDENT TSYTFRSPN GLLSATQFTQ PALTLMEKAS FEDMKAKGLV PRDSTFAGHS LGEYSALAAL ADVMPIESLV SVVFYRGLT MQVAVERDAT GRSNYGMCAV NPSRISKTFN EEALRFVVGA VAETTGWLLE I VNYNIANM QYVCAGDLRA LDTLTSVTNF IKAMKIDIEQ MRREYSPDKV KEELVEIIKK CA AETEAKP KPLELQRGFA TIPLRGIDVP FHSTFLRSGV KPFRNFLLKK INKTSIDPAK LIG KYIPNV TAKPFALTKE YFEDVYRLTN SPRIAHVLAN WEKYQDDNST LSASVANTSS ETNG VNGVN GAVDVNGQNG VNGVNGH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.04 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 100 mM HEPES pH 7.4, 95 mM NaCl, 5 mM KCl, 1 mM MgCl2 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II 詳細: Blotting and drain time to 3 and 0.5 sec, respectively. Sample volume applied was 3 uL and blot offset was set to -3 mm.. |
詳細 | Protein extract that contains FAS particles as one of the most abundant species |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1917 / 平均電子線量: 4.0 e/Å2 詳細: 4k camera hardware-binned to 2kx2k. Images were collected in movie-mode with 2.8 sec overall exposure. Dose per frame group was 4 e-/A2 for each of the first 6 frames and the last one had a ...詳細: 4k camera hardware-binned to 2kx2k. Images were collected in movie-mode with 2.8 sec overall exposure. Dose per frame group was 4 e-/A2 for each of the first 6 frames and the last one had a dose of 24 e-/A2. Overall dose was 48 e-/A2. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.5183 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.9373 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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