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万見
- EMDB-1623: Cerulenin-inhibited type I yeast Fatty Acid Synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1623
タイトルCerulenin-inhibited type I yeast Fatty Acid Synthase
マップデータThis is a cryo-EM map of cerulenin inhibited yeast FAS filtered to 5.9A resolution.
試料
  • 試料: Cerulenin-inhibited Yeast FAS
  • タンパク質・ペプチド: Type I yeast FAS
キーワードfatty acid synthase / type I fungal FAS mechanism / yeast / fatty acid synthesis.
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Gipson P / Mills DJ / Wouts R / Grininger M / Vonck J / Kuehlbrandt W
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Direct structural insight into the substrate-shuttling mechanism of yeast fatty acid synthase by electron cryomicroscopy.
著者: Preeti Gipson / Deryck J Mills / Remco Wouts / Martin Grininger / Janet Vonck / Werner Kühlbrandt /
要旨: Yeast fatty acid synthase (FAS) is a 2.6-MDa barrel-shaped multienzyme complex, which carries out cyclic synthesis of fatty acids. By electron cryomicroscopy of single particles we obtained a three- ...Yeast fatty acid synthase (FAS) is a 2.6-MDa barrel-shaped multienzyme complex, which carries out cyclic synthesis of fatty acids. By electron cryomicroscopy of single particles we obtained a three-dimensional map of yeast FAS at 5.9-A resolution. Compared to the crystal structures of fungal FAS, the EM map reveals major differences and new features that indicate a considerably different arrangement of the complex in solution compared to the crystal structures, as well as a high degree of variance inside the barrel. Distinct density regions in the reaction chambers next to each of the catalytic domains fitted the substrate-binding acyl carrier protein (ACP) domain. In each case, this resulted in the expected distance of approximately 18 A from the ACP substrate-binding site to the active site of the catalytic domains. The multiple, partially occupied positions of the ACP within the reaction chamber provide direct structural insight into the substrate-shuttling mechanism of fatty acid synthesis in this large cellular machine.
履歴
登録2009年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年6月22日-
マップ公開2010年6月11日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

FAS-1000dpi....

FAS-emdb.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1623.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 96.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a cryo-EM map of cerulenin inhibited yeast FAS filtered to 5.9A resolution.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 296 pix.
= 337.44 Å		1.14 Å/pix.
x 296 pix.
= 337.44 Å		1.14 Å/pix.
x 296 pix.
= 337.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.3 / ムービー #1: 2.3
最小 - 最大-11.6372 - 13.516999999999999
平均 (標準偏差)0.0508731 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-148-148-148
サイズ296296296
Spacing296296296
セルA=B=C: 337.44 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z296296296
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.440337.440337.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-17-17-200
NX/NY/NZ123123401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-148-148-148
NC/NR/NS296296296
D min/max/mean-11.63713.5170.051

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cerulenin-inhibited Yeast FAS

全体名称: Cerulenin-inhibited Yeast FAS
要素
  • 試料: Cerulenin-inhibited Yeast FAS
  • タンパク質・ペプチド: Type I yeast FAS

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超分子 #1000: Cerulenin-inhibited Yeast FAS

超分子名称: Cerulenin-inhibited Yeast FAS / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 2.6 MDa

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分子 #1: Type I yeast FAS

分子名称: Type I yeast FAS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: yeast FAS / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.19 µm / 実像数: 150 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each partilce
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2vkz

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Automatic rigid body fits
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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