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万見
- PDB-2uv8: Crystal structure of yeast fatty acid synthase with stalled acyl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uv8
タイトルCrystal structure of yeast fatty acid synthase with stalled acyl carrier protein at 3.1 angstrom resolution
要素
  • FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2)
  • FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1)
キーワードTRANSFERASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE / PHOSPHOPANTETHEINE / FATTY ACID SYNTHASE / OXIDOREDUCTASE / LIPID SYNTHESIS / SUBSTRATE SHUTTLING / ACYL CARRIER PROTEIN / KETOACYL REDUCTASE / ACETYL TRANSFERASE / ENOYL REDUCTASE / PHOSPHORYLATION / KETOACYL SYNTHASE / FATTY ACID SYNTHESIS / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NAD / NADP / LYASE / YEAST / HYDROLASE / DEHYDRATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase ...fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / long-chain fatty acid biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid droplet / magnesium ion binding / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2490 / Helix Hairpins - #1410 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1930 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #120 / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A - #70 / Lipocalin - #700 / Arylsulfatase, C-terminal domain - #100 / Alpha-Beta Plaits - #3320 / Alpha-Beta Plaits - #3330 / Helix Hairpins - #1400 ...Alpha-Beta Plaits - #2490 / Helix Hairpins - #1410 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1930 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #120 / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A - #70 / Lipocalin - #700 / Arylsulfatase, C-terminal domain - #100 / Alpha-Beta Plaits - #3320 / Alpha-Beta Plaits - #3330 / Helix Hairpins - #1400 / Hydrophobic Seed Protein / Hydrophobic Seed Protein - #10 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 - #70 / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, insertion domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / Fatty acid synthase type I, helical / : / Fatty acid synthase type I helical domain / : / Fatty acid synthase / N-terminal of MaoC-like dehydratase / FAS1-like, dehydratase domain region / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Arylsulfatase, C-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Helix Hairpins / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Helix non-globular / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Lipocalin / Special / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Leibundgut, M. / Jenni, S. / Frick, C. / Ban, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Substrate Delivery by Acyl Carrier Protein in the Yeast Fatty Acid Synthase
著者: Leibundgut, M. / Jenni, S. / Frick, C. / Ban, N.
履歴
登録2007年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2)
B: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2)
C: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2)
G: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1)
H: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1)
I: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,310,3719
ポリマ－1,309,0026
非ポリマー1,3693
水00
1
A: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2)
B: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2)
C: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2)
G: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1)
H: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1)
I: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1)
ヘテロ分子

A: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2)
B: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2)
C: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2)
G: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1)
H: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1)
I: FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,620,74218
ポリマ－2,618,00412
非ポリマー2,7386
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)230.600, 230.600, 784.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA (FAS2) / FATTY ACID SYNTHASE


分子量: 207393.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: PHOSPHOPANTETHEINE PROSTHETIC GROUP COVALENTLY LINKED TO SERINE 180 OF CHAIN A, B, C
由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P19097, fatty-acyl-CoA synthase system
#2: タンパク質 FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT BETA (FAS1) / FATTY ACID SYNTHASE


分子量: 228940.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P07149, fatty-acyl-CoA synthase system
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.38 %
結晶化pH: 7.1 / 詳細: pH 7.10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→12 Å / Num. obs: 341077 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 73.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2UVB AND 2UVC

2uvb
PDB 未公開エントリ

2uvc
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.1→12 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 13730 4 %
Rwork0.2 --
obs-327347 86.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 72.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数85869 0 93 0 85962

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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