[日本語] English
万見
- PDB-4v59: Crystal structure of fatty acid synthase complexed with nadp+ fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v59
タイトルCrystal structure of fatty acid synthase complexed with nadp+ from thermomyces lanuginosus at 3.1 angstrom resolution.
要素
  • FATTY ACID SYNTHASE ALPHA SUBUNITS
  • FATTY ACID SYNTHASE BETA SUBUNITS
キーワードTRANSFERASE / FUNGAL / DEHYDRATASE / ENOYL REDUCTASE / KETOACYL SYNTHASE / KETOACYL REDUCTASE / MALONYL/PALMITOYL TRANSFERASE / SUBSTRATE SHUTTLING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / ACYL CARRIER PROTEIN / FATTY ACID SYNTHESIS / ACETYL TRANSFERASE / FATTY ACID SYNTHASE
機能・相同性FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Jenni, S. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Frick, C. / Mikolasek, B. / Ban, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of fungal fatty acid synthase and implications for iterative substrate shuttling.
著者: Simon Jenni / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Christian Frick / Bohdan Mikolásek / Nenad Ban /
要旨: We report crystal structures of the 2.6-megadalton alpha6beta6 heterododecameric fatty acid synthase from Thermomyces lanuginosus at 3.1 angstrom resolution. The alpha and beta polypeptide chains ...We report crystal structures of the 2.6-megadalton alpha6beta6 heterododecameric fatty acid synthase from Thermomyces lanuginosus at 3.1 angstrom resolution. The alpha and beta polypeptide chains form the six catalytic domains required for fatty acid synthesis and numerous expansion segments responsible for extensive intersubunit connections. Detailed views of all active sites provide insights into substrate specificities and catalytic mechanisms and reveal their unique characteristics, which are due to the integration into the multienzyme. The mode of acyl carrier protein attachment in the reaction chamber, together with the spatial distribution of active sites, suggests that iterative substrate shuttling is achieved by a relatively restricted circular motion of the carrier domain in the multifunctional enzyme.
履歴
登録2007年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2UVB, 2UVC
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev ...audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _audit_author.name / _pdbx_database_status.date_author_approval / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID SYNTHASE ALPHA SUBUNITS
B: FATTY ACID SYNTHASE ALPHA SUBUNITS
C: FATTY ACID SYNTHASE ALPHA SUBUNITS
D: FATTY ACID SYNTHASE ALPHA SUBUNITS
E: FATTY ACID SYNTHASE ALPHA SUBUNITS
F: FATTY ACID SYNTHASE ALPHA SUBUNITS
G: FATTY ACID SYNTHASE BETA SUBUNITS
H: FATTY ACID SYNTHASE BETA SUBUNITS
I: FATTY ACID SYNTHASE BETA SUBUNITS
J: FATTY ACID SYNTHASE BETA SUBUNITS
K: FATTY ACID SYNTHASE BETA SUBUNITS
L: FATTY ACID SYNTHASE BETA SUBUNITS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,632,54530
ポリマ－2,620,88712
非ポリマー11,65918
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)215.780, 412.670, 220.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
FATTY ACID SYNTHASE ALPHA SUBUNITS


分子量: 206904.688 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSMZ10635 / 由来: (天然) THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類)
#2: タンパク質
FATTY ACID SYNTHASE BETA SUBUNITS


分子量: 229909.734 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSMZ10635 / 由来: (天然) THERMOMYCES LANUGINOSUS (菌類)
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
配列の詳細THE COMPLETE CODING SEQUENCE FOR THIS PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED IN THE GENE BANK UNDER ACCESSION ...THE COMPLETE CODING SEQUENCE FOR THIS PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED IN THE GENE BANK UNDER ACCESSION NUMBER BK006119 THERMOMYCES_LANUGINOSUS_FAS2_ALPHA_SUBUNIT

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 9.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→100 Å / Num. obs: 645016 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 65.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.1→3.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.1→12 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 25156 4 %
Rwork0.27 --
obs-608611 99.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 75.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数69285 0 288 0 69573

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る