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- EMDB-3751: Cryo-EM reconstruction of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3751
タイトルCryo-EM reconstruction of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome
マップデータ
試料
  • 複合体: 70S ribosome
    • タンパク質・ペプチド: x 52種
    • RNA: x 5種
  • リガンド: x 3種
キーワードribosome / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding ...small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 ...Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35
類似検索 - ドメイン・相同性
30S ribosomal protein S6 / Conserved domain protein / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 ...30S ribosomal protein S6 / Conserved domain protein / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein bS18B / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL15
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Hentschel J / Burnside C
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
NCCR RNA and disease program, SNSF51NF40_141735 スイス
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: The Complete Structure of the Mycobacterium smegmatis 70S Ribosome.
著者: Jendrik Hentschel / Chloe Burnside / Ingrid Mignot / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death ...The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death worldwide, due in large part to the combination of difficult-to-treat latency and antibiotic resistance. Here, we present the 3.3-Å cryo-EM structure of the 70S ribosome of Mycobacterium smegmatis, a close relative to the human pathogen Mycobacterium tuberculosis. The structure reveals two additional ribosomal proteins and localizes them to the vicinity of drug-target sites in both the catalytic center and the decoding site of the ribosome. Furthermore, we visualized actinobacterium-specific rRNA and protein expansions that extensively remodel the ribosomal surface with implications for polysome organization. Our results provide a foundation for understanding the idiosyncrasies of mycobacterial translation and reveal atomic details of the structure that will facilitate the design of anti-tubercular therapeutics.
履歴
登録2017年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月12日-
マップ公開2017年7月12日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5o61
  • 表面レベル: 0.08
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  • 原子モデルPDB-5o61
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3751.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3751.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å		1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å		1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.18659295 - 0.43669373
平均 (標準偏差)0.0020679191 (±0.0344998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 300.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.240300.240300.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.1870.4370.002

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : 70S ribosome

全体名称: 70S ribosome
要素
  • 複合体: 70S ribosome
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL37
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: LSU ribosomal protein L28P
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Conserved domain protein
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18 2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • RNA: P/P-site Phe-tRNA(Phe)
    • RNA: mRNA fragment
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHENYLALANINE

+
超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#57
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein bL37

分子名称: 50S ribosomal protein bL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 2.841375 KDa
配列文字列:
MAKRGRKKRD RKHSKANHGK RPNA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.425945 KDa
配列文字列: MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK ...文字列:
MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK EGTYAALRMP SGEIRRVDVR CRATVGEVGN AEQSNINWGK AGRMRWKGKR PTVRGVVMNP VDHPHGGGEG KT SGGRHPV SPWGKPEGRT RKPNKPSDKL IVRRRRTGKK R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.011393 KDa
配列文字列: MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG ...文字列:
MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG RMGNDRVTTQ NLKVHKVDAE NGVLLIKGAI PGRNGGLVVV RSAIKRGEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 22.920949 KDa
配列文字列: MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS ...文字列:
MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS VRNLPGVHVI SPDQLNTYDV LNADDVVFSV EALNAYISAN SKEGASV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 21.152328 KDa
配列文字列:
MTTTEKALPR LKQRYREEIR EALQQEFNYA NVMQIPGVVK VVVNMGVGDA ARDAKLINGA INDLALITGQ KPEVRRARKS IAQFKLREG MPIGARVTLR GDRMWEFLDR LISIALPRIR DFRGLSPKQF DGTGNYTFGL NEQSMFHEID VDSIDRPRGM D ITVVTTAT NDAEGRALLR ALGFPFKEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 19.483361 KDa
配列文字列:
MSRIGKQPVP VPSGVDVTIN GQNLSVKGPK GTLTLDVAEP ISVSRAEDGA IVVTRPDDER RSRSLHGLSR TLIANLVTGV TEGYTQKME IFGVGYRVQL KGQNLEFALG YSHPVLIEAP EGITFAVESP TKFSVSGIDK QKVGQISAVI RRLRRPDPYK G KGVRYEGE QIRRKVGKTG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: residues 44-73 modeled as poly-alanine / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.949253 KDa
配列文字列:
MKLILTAEVE HLGAAGDTVE VKDGYGRNYL LPRGLAIVAS RGAERQAEEI RRARESKVIR DIEHANELKT ALEGLGDVTL SVNAAGDTG KLFGSVTAAD VVNAIKKAGG PNLDKRTVQL AKAHIKSVGT HPVTVKLHTG VEAKVSLNVV AQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 18.035736 KDa
配列文字列:
MAKADKATAV ADIAEQFKAS TATVVTEYRG LTVANLAELR RALGDSATYT VAKNTLVKRA ASEAGIEGLD ELFAGPTAIA FVKGEAVDA AKAIKKFAKD NKALVIKGGY MDGKALSVAD VEKIADLESR EVLLAKLAGA MKGNLSKAAG LFNAPASQVA R LAAALQEK KAGEEAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.023374 KDa
配列文字列:
MAPKKKVAGL IKLQIQAGQA NPAPPVGPAL GQHGVNIMEF CKAYNAATES QRGNVIPVEI TVYEDRSFTF ALKTPPAAKL LLKAAGVQK GSGEPHKTKV AKVTWDQVRE IAETKKADLN ANDIDAAAKI IAGTARSMGI TVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL11

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.146689 KDa
配列文字列:
MPTYTPKAGD TTRSWYVIDA SDVVLGRLAS AAATLLRGKH KPTFTPNVDG GDFVIVINAD KIAVSGDKLT KKFAYRHSGY PGGLRKRTI GELLEKHPTR VVENAIIGML PHNKLGRQIQ KKLKVYAGPD HPHAAQQPIP FEIKQVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.400625 KDa
配列文字列:
MIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RADGSYIKFD ENAAVIIKN DNDPRGTRIF GPVGRELREK KFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.602244 KDa
配列文字列:
MSVIKLHDLK PAPGEKKAKT RVGRGEGSKG KTAGRGTKGT KARKNVPVMF EGGQMPIHMR LPKLKGFKNR FRTEYQVVNV GDINKAFPQ GGTVGVDELV AKGLVRKNSL VKVLGDGKLT VKVDVTANKF SGSAREAITA AGGSATEL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.77424 KDa
配列文字列:
MLIPRKVKHR KQHHPEQRGI ASGGTSVSFG DYGIQALEHA YITNRQIESA RIAINRHIKR GGKVWINIFP DRPLTKKPAE TRMGSGKGS PEWWVANVKP GRVLFELSYP DEKTARDALT RAIHKLPIKA RIVTREEQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 21.892246 KDa
配列文字列: MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA ...文字列:
MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA AAEETVEETT EAPAEESTEA AEESEAKDDT K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.711728 KDa
配列文字列:
MAHKPVGQNI SEVRRNARLR RHARLRKKVA GTAEVPRLVV NRSARHIHVQ LVNDLNGTTL AAASSIEADV RAIDGDKKAH SVRVGQLIA ERAKAAGVET VVFDRGGYTY GGRIAALADA AREAGLKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.892806 KDa
配列文字列:
MNTLDFVDQA SLRDDIPTFS PGDTVNVHVK VIEGSKERIQ VFKGVVIRRQ GGGISETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIDVLTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.494693 KDa
配列文字列:
MARVKRALNA QKKRRTVLKA SKGYRGQRSR LYRKAKEQQL HSLTYAYRDR RARKGEFRKL WISRINAAAR ANDITYNRLI QGLKAAGVE VDRKNLAELA VSDPAAFTAL VDVARAALPE DVNAPSGEAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.055894 KDa
配列文字列:
MATYAIVKTG GKQYKVAAGD VVKVEKLDSE PGASVSLPVA LVVDGANVTS KADDLAKVAV TAEVLEHTKG PKIRIHKFKN KTGYHKRQG HRQQLTVLKV TGIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.3536 KDa
配列文字列:
MSTVTEFPSA TAKARYVRVS ATKARRVIDL VRGKSVEEAL DILRWAPQAA SEPVAKVIAS AAANAQNNEG LDPSTLVVAT VYADEGPTA KRIRPRAQGR AFRIRKRTSH ITVIVESRPP KQKGASAASA RSRRAQGSKA AATKKSAETK EGSE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.047836 KDa
配列文字列:
MATITDPRDI ILAPVISEKS YGLIEDNVYT FVVHPDSNKT QIKIAIEKIF DVKVDSVNTA NRQGKRKRTR TGFGKRKSTK RAIVKLAAG SKPIDLFGAP A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / 詳細: residues 48-55 not modeled / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.228946 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLVAYPDR NKVLVEGVNR IKKHTAVSAN ERGASSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRVGYRIDD ETGKKVRIAK TNGKDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 22.571078 KDa
配列文字列: MAKTANIPNK LTANVRTRTG KGASRQARRD GKVPAVLYGH GTDPQHLELN ARDFAAVLRS HGTNAILTLD IEGTEQLALT KALDVHPIR RNIQHADLLV VQRGEKVTVE VTVLVEGDAT PGTLVTQDAN TIEIEAEALS IPEQLTVSVE GVEAGTQITA G QISLPEGV ...文字列:
MAKTANIPNK LTANVRTRTG KGASRQARRD GKVPAVLYGH GTDPQHLELN ARDFAAVLRS HGTNAILTLD IEGTEQLALT KALDVHPIR RNIQHADLLV VQRGEKVTVE VTVLVEGDAT PGTLVTQDAN TIEIEAEALS IPEQLTVSVE GVEAGTQITA G QISLPEGV NLISDPELLV VNVVEAPSAE ALEEEGAGET GAAEAPAEEA PAEEPAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.249582 KDa
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSAAQR LGVKRFGGQV VKAGEILVRQ RGTHFHPGVN VGRGGDDTLF ALAPGAVEFG AKRGRKTVNI VPVARPEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #26: LSU ribosomal protein L28P

分子名称: LSU ribosomal protein L28P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.891016 KDa
配列文字列:
MAAVCDICGK GPGFGKSVSH SHRRTSRRWN PNIQPVRAVT RPGGNKQRIN ACTSCIKAGK VSRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.790895 KDa
配列文字列:
MAVGTTPGEL RELTDDELKD KLRESKEELF NLRFQMATGQ LSNNRRLRTV RQEIARVYTV LRERELGLAS GPAGEES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.022147 KDa
配列文字列:
MAELKITQVR STIGARWKQR ESLRTLGLKK IRQSVVREDN AQTRGLINTV HHLVEVEEVG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.467719 KDa
配列文字列:
MAVPKRRMSR ANTRSRRAQW KAEAPGLVTV SVAGQQRKVP RRLLKAARLG LVDLDKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.468501 KDa
配列文字列:
MASSTDVRPK ITLACEVCKH RNYITKKNRR NDPDRLEIKK FCPNCGTHQP HKESR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 5.52258 KDa
配列文字列:
MAKGKRTFQP NNRRRARVHG FRLRMRTRAG RAIVANRRSK GRRALTA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.298505 KDa
配列文字列:
MPKAKTHSGA SKRFRRTGTG KIVRQKANRR HLLEHKPTKR TRRLDGRTTV SAADNSRINK LLNG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 4.341277 KDa
配列文字列:
MKVNPSVKPI CDKCRVIRRH GRVMVICSDP RHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34
詳細: residues 49-55 not modeled, intersubunit bridge forming protein
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.312485 KDa
配列文字列:
MKTGIHPEYV DTTVQCGCGH SFTTRSTKQS GTIVVEVCSQ CHPFYTGKQK ILDSGGRVAR FEKRYGKRNK AAADK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #36: Conserved domain protein

分子名称: Conserved domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 4.1643 KDa
配列文字列:
MGSVIKKRRK RMSKKKHRKL LRRTRVQRRK LGK

UniProtKB: Conserved domain protein

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.191227 KDa
配列文字列: MGQKINPHGF RLGITTEWKS RWYADKQYKD YVKEDVAIRK LLATGLERAG IADVEIERTR DRVRVDIHTA RPGIVIGRRG TEADRIRAD LEKLTGKQVQ LNILEVKNPE SQAQLVAQGV AEQLSNRVAF RRAMRKAIQS AMRQPNVKGI RVQCSGRLGG A EMSRSEFY ...文字列:
MGQKINPHGF RLGITTEWKS RWYADKQYKD YVKEDVAIRK LLATGLERAG IADVEIERTR DRVRVDIHTA RPGIVIGRRG TEADRIRAD LEKLTGKQVQ LNILEVKNPE SQAQLVAQGV AEQLSNRVAF RRAMRKAIQS AMRQPNVKGI RVQCSGRLGG A EMSRSEFY REGRVPLHTL RADIDYGLYE AKTTFGRIGV KVWIYKGDIV GGKRELAAAA PASDRPRRER PSGTRPRRSG SA GTTATST EAGRAATSDA PAAGTAAAAE APAESTES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.415787 KDa
配列文字列: MARYTGPATR KSRRLGVDLV GGDQSFEKRP YPPGQHGRAR IKESEYRQQL QEKQKARFSY GVMEKQFRRY YEEANRQPGK TGDNLLRIL ESRLDNVVYR AGLARTRRMA RQLVSHGHFL VNGVKVDIPS YRVSQYDIID VKEKSLNTLP FQIARETAGE R PIPSWLQV ...文字列:
MARYTGPATR KSRRLGVDLV GGDQSFEKRP YPPGQHGRAR IKESEYRQQL QEKQKARFSY GVMEKQFRRY YEEANRQPGK TGDNLLRIL ESRLDNVVYR AGLARTRRMA RQLVSHGHFL VNGVKVDIPS YRVSQYDIID VKEKSLNTLP FQIARETAGE R PIPSWLQV VGERQRILVH QLPERAQIDV PLTEQLIVEL YSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 21.94609 KDa
配列文字列: MAEQAGAGSA QDNRGGRGRR DDRGGRGRDG GDKSNYIERV VSINRVSKVV KGGRRFSFTA LVIVGDGKGM VGVGYGKAKE VPAAIAKGV EEARKNFFRV PLIGSTITHP VQGEAAAGVV MLRPASPGTG VIAGGAARAV LECAGVHDIL AKSLGSDNAI N VVHATVAA ...文字列:
MAEQAGAGSA QDNRGGRGRR DDRGGRGRDG GDKSNYIERV VSINRVSKVV KGGRRFSFTA LVIVGDGKGM VGVGYGKAKE VPAAIAKGV EEARKNFFRV PLIGSTITHP VQGEAAAGVV MLRPASPGTG VIAGGAARAV LECAGVHDIL AKSLGSDNAI N VVHATVAA LKLLQRPEEV AARRGLPIED VAPAGMLKAR RESEALAAAA AREGSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.991637 KDa
配列文字列:
MRPYEIMVIL DPTLDERTVA PSLETFLNVI RKDGGTVDKV DIWGRRRLAY EIAKHAEGIY AVIDVKAEPA TVSELDRQLN LNESVLRTK VLRTDKH

UniProtKB: 30S ribosomal protein S6

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 17.660375 KDa
配列文字列:
MPRKGPAPKR PLVNDPVYGS QLVTQLVNKV LLEGKKSLAE RIVYGALEQA REKTGTDPVV TLKRALDNVK PALEVRSRRV GGATYQVPV EVRPDRSTTL ALRWLVNFSR QRREKTMVER LANEILDASN GLGASVKRRE DTHKMAEANR AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.492638 KDa
配列文字列:
MTMTDPIADF LTRLRNANSA YHDEVTLPHS KLKANIAEIL KREGYISDYR TEDARVGKSL VVQLKYGPSR ERSIAGLRRV SKPGLRVYA KSTNLPRVLG GLGVAIISTS SGLLTDRQAA RQGVGGEVLA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.794365 KDa
配列文字列:
MTDVTETEVV TESAEPREPV IIDRPIQTVG RRKEAVVRVR LVPGTGQFNL DGRTLENYFP NKVHQQLIKA PLVTVDRVDQ FDIYAHLDG GGPSGQAGAL RLAIARALIL VQPEDRPALK KAGFLTRDPR AIERKKYGLK KARKAPQYSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.454313 KDa
配列文字列:
MAGQKIRIRL KAYDHEAIDA SARKIVETVT RTGASVVGPV PLPTEKNVYC VIRSPHKYKD SREHFEMRTH KRLIDILDPT PKTVDALMR IDLPASVDVN IQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.671762 KDa
配列文字列:
MAQAKKGGTA AKKGQKTRRR EKKNVPHGAA HIKSTFNNTI VSITDPQGNV IAWASSGHVG FKGSRKSTPF AAQLAAENAA RKAQEHGVK KVDVFVKGPG SGRETAIRSL QAAGLEVGTI SDVTPQPHNG CRPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.896366 KDa
配列文字列:
MPTIQQLVRK GRRDKIAKVK TAALKGSPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVARVKLTSQ VEVTAYIPGE GHNLQEHSMV LVRGGRVKD LPGVRYKIIR GSLDTQGVKN RKQARSRYGA KKEKS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.249619 KDa
配列文字列:
MARLVGVDLP RDKRMEIALT YIYGIGRTRS NEILAATGID KNMRTKDLTD DQVTVLRDYI EGNLKVEGDL RREVQADIRR KIEIGCYQG LRHRRGLPVR GQRTKTNART RKGPKRTIAG KKKAR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.976409 KDa
配列文字列:
MAKKALVHKA NKKPKFAVRA YTRCNKCGRP HSVYRKFGLC RICLREMAHA GELPGVQKSS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14B

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.368097 KDa
配列文字列:
MALTAEQKKE ILGQYGLHDT DTGSPEAQVA LLTKRIQDLT EHLKVHKHDH HSRRGLLLLV GRRRRLLKYV AQVDVARYRS LIERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.795207 KDa
配列文字列:
MAVKIKLTRL GKIRNPQYRI IVADARTRRD GRAIEVIGRY HPKEEPSLIQ IDSERAQYWL GVGAQPTEPV LALLKITGDW QKFKGLPGA EGTLKVKEPK PSKLDLFNAA LAEAESGTTA AATTPKKKKA PKKDEAAEAP AEAAEAPAEA ADAASES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.127002 KDa
配列文字列:
MADQKGPKYT PAAEKPRGRR KTAIGYVVSD KMQKTIVVEL EDRKSHPLYG KIIRTTKKVK AHDENGEAGI GDRVSLMETR PLSATKRWR LVEILEKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #52: 30S ribosomal protein S18 2

分子名称: 30S ribosomal protein S18 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.524188 KDa
配列文字列:
MAKSNKRRPA PEKPVKTRKC VFCSKKGQTI DYKDTALLRT YISERGKIRA RRVTGNCVQH QRDIAVAVKN AREVALLPFG SSTR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18B

+
分子 #53: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.800602 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF VDDHLLKKVD VQNEKNTKQV IKTWSRRSTI IPDFIGHTFA VHDGRKHVPV FVTEAMVGHK LGEFAPTRTF KGHIKDDRK SKRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #54: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.556104 KDa
配列文字列:
MANIKSQIKR IRTNERRRLR NQSVKSSLRT AIRGFREAVD AGDKDKASEL LHATSRKLDK AASKGVIHPN QAANKKSALA LALNKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #55: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.14523 KDa
配列文字列: MAVVTMKQLL DSGAHFGHQT RRWNPKMKRF IFTDRNGIYI IDLQQTLTYI DKAYEFVKET VAHGGTVLFV GTKKQAQESI AEEATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFSTVHK RLQRLKELEA MEQTGGFEGR TKKEILMLTR EKNKLERSLG GIRDMQKVPS A VWVVDTNK ...文字列:
MAVVTMKQLL DSGAHFGHQT RRWNPKMKRF IFTDRNGIYI IDLQQTLTYI DKAYEFVKET VAHGGTVLFV GTKKQAQESI AEEATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFSTVHK RLQRLKELEA MEQTGGFEGR TKKEILMLTR EKNKLERSLG GIRDMQKVPS A VWVVDTNK EHIAVGEARK LGIPVIAILD TNCDPDVVDY PIPGNDDAIR SAALLTKVIA SAVAEGLQAR AGQGSGEKPA EG AEPLAEW EQELLAGATA GAADASAEGA AAPESSTDAS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #2: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 1.012140938 MDa
配列文字列: UAAGUGUUUA AGGGCGCAUG GUGGAUGCCU UGGCACUGGG AGCCGAUGAA GGACGUAGGA GGCUGCGAUA AGCCUCGGGG AGCUGUCAA CCGAGCGUUG AUCCGAGGAU GUCCGAAUGG GGAAACCCGG CACGAGUGAU GUCGUGUCAC CAGGCGCUGA A UAUAUAGG ...文字列:
UAAGUGUUUA AGGGCGCAUG GUGGAUGCCU UGGCACUGGG AGCCGAUGAA GGACGUAGGA GGCUGCGAUA AGCCUCGGGG AGCUGUCAA CCGAGCGUUG AUCCGAGGAU GUCCGAAUGG GGAAACCCGG CACGAGUGAU GUCGUGUCAC CAGGCGCUGA A UAUAUAGG CGUCUGGGGG GAACGCGGGG AAGUGAAACA UCUCAGUACC CGUAGGAAGA GAAAACAAAA UGUGAUUCCG UG AGUAGUG GCGAGCGAAA GCGGAGGAUG GCUAAACCGU AUGCAUGUGA UACCGGGUAG GGGUUGUGUG UGCGGGGUUG UGG GACCUA UCUUUCCGGC UCUACCUGGC UGGAGGGCAG UGAGAAAAUG UUGUGGUUAG CGGAAAUGGC UUGGGAUGGC CUGC CGUAG ACGGUGAGAG CCCGGUACGU GAAAACCCGA CGUCUGUCUU GAUGGUGUUC CCGAGUAGCA GCGGGCCCGU GGAAU CUGC UGUGAAUCUG CCGGGACCAC CCGGUAAGCC UGAAUACUUC CCAGUGACCG AUAGCGGAUU AGUACCGUGA GGGAAU GGU GAAAAGUACC CCGGGAGGGG AGUGAAAGAG UACCUGAAAC CGUGCGCUUA CAAUCCGUCA GAGCCCUCGA CGUGUCG UG GGGUGAUGGC GUGCCUUUUG AAGAAUGAGC CUGCGAGUCA GGGACAUGUC GCGAGGUUAA CCCGGGUGGG GUAGCCGC A GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGUAUCCA CACAAGAGUG UGUGGUGUAG UGGUGUGUUC UGGACCCGAA GCGGAGUGA UCUACCCAUG GCCAGGGUGA AGCGCGGGUA AGACCGCGUG GAGGCCCGAA CCCACUUAGG UUGAAGACUG AGGGGAUGAG CUGUGGGUA GGGGUGAAAG GCCAAUCAAA CUCCGUGAUA GCUGGUUCUC CCCGAAAUGC AUUUAGGUGC AGCGUCGCAU G UUUCUUGC CGGAGGUAGA GCUACUGGAU GGCCGAUGGG CCCCACAGGG UUACUGACGU CAGCCAAACU CCGAAUGCCG GU AAGUCCA AGAGUGCGGC AGUGAGACGG CGGGGGAUAA GCUCCGUGCG UCGAGAGGGA AACAGCCCAG AUCGCCGGCU AAG GCCCCU AAGCGUGUGC UAAGUGGAAA AGGAUGUGCA GUCGCGAAGA CAACCAGGAG GUUGGCUUAG AAGCAGCCAC CCUU GAAAG AGUGCGUAAU AGCUCACUGG UCAAGUGAUU GUGCGCCGAU AAUGUAGCGG GGCUCAAGCA CACCGCCGAA GCCGC GGCA GCCAACGUGU UGGCUGGGUA GGGGAGCGUC CUGCAUCCGG UGAAGCCGCC GAGUGAUCGA GUGGUGGAGG GUGUGG GAG UGAGAAUGCA GGCAUGAGUA GCGAUUAGGC AAGUGAGAAC CUUGCCCGCC GAAAGACCAA GGGUUCCUGG GCCAGGC CA GUCCGCCCAG GGUGAGUCGG GACCUAAGGC GAGGCCGACA GGCGUAGUCG AUGGACAACG GGUUGAUAUU CCCGUACC C GUGUAUGUGC GUCCAUGAUG AAUCAGCGGU ACUAACCAUC CAAAACCACC GUGACCGCAC CUUUCGGGGU GUGGCGUUG GUGGGGCUGC AUGGGACCUU CGUUGGUAGU AGUCAAGCGA UGGGGUGACG CAGGAAGGUA GCCGUACCGG UCAGUGGUAA UACCGGGGU AAGCCUGUAG GGAGUCAGAU AGGUAAAUCC GUCUGGCAUA UAUCCUGAGA GGUGAUGCAU AGCCGAGUGA G GCGAAUUC GGUGAUCCUA UGCUGCCGAG AAAAGCCUCU AGCGAGGACA UACACGGCCC GUACCCCAAA CCAACACAGG UG GUCAGGU AGAGAAUACU AAGGCGUACG AGUGAACUAU GGUUAAGGAA CUCGGCAAAA UGCCCCCGUA ACUUCGGGAG AAG GGGGAC CCACAUGGCG UGUAAGCCUU UACGGCCCAA GCGUGAGUGG GUGGCACAAA CCAGUGAGAA GCGACUGUUU ACUA AAAAC ACAGGUCCGU GCGAAGUCGC AAGACGAUGU AUACGGACUG ACGCCUGCCC GGUGCUGGAA GGUUAAGAGG ACCCG UUAA CUCCCUUUGG GGGUGAAGCG GAGAAUUUAA GCCCCAGUAA ACGGCGGUGG UAACUAUAAC CAUCCUAAGG UAGCGA AAU UCCUUGUCGG GUAAGUUCCG ACCUGCACGA AUGGCGUAAC GACUUCUCAA CUGUCUCAAC CAUAGACUCG GCGAAAU UG CACUACGAGU AAAGAUGCUC GUUACGCGCG GCAGGACGAA AAGACCCCGG GACCUUCACU ACAACUUGGU AUUGGUGC U CGAUACGGUU UGUGUAGGAU AGGUGGGAGA CUGUGAAGCU CACACGCCAG UGUGGGUGGA GUCGUUGUUG AAAUACCAC UCUGAUCGUA UUGGGCCUCU AACCUCGGAC CGUAUAUCCG GUUCAGGGAC AGUGCCUGGU GGGUAGUUUA ACUGGGGCGG UUGCCUCCU AAAAUGUAAC GGAGGCGCCC AAAGGUUCCC UCAACCUGGA CGGCAAUCAG GUGUUGAGUG UAAGUGCACA A GGGAGCUU GACUGCGAGA CGGACAUGUC GAGCAGGGAC GAAAGUCGGG ACUAGUGAUC CGGCACCUCU GAGUGGAAGG GG UGUCGCU CAACGGAUAA AAGGUACCCC GGGGAUAACA GGCUGAUCUU CCCCAAGAGU CCAUAUCGAC GGGAUGGUUU GGC ACCUCG AUGUCGGCUC GUCGCAUCCU GGGGCUGGAG CAGGUCCCAA GGGUUGGGCU GUUCGCCCAU UAAAGCGGCA CGCG AGCUG GGUUUAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCU CUAUCCGCCG CGCGCGUCAG AAGCUUGAGG AAACCUGUCC CUAGU ACGA GAGGACCGGG ACGGACGAAC CUCUGGUAUA CCAGUUGUCC CACCAGGGGC ACGGCUGGAU AGCCACGUUC GGACAG GAU AACCGCUGAA AGCAUCUAAG CGGGAAACCU CUUCCAAGAC CAGGCUUCUC ACCCUCUAGG AGGGAUAAGG CCCCCCG CA GACCACGGGA UUGAUAGACC AGACCUGGAA GCCUAGUAAU AGGUGCAGGG AACUGGCACU AACCGGCCGA AAACUUAC

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

+
分子 #3: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 38.061816 KDa
配列文字列:
GUUACGGCGG UCCAUAGCGG CAGGGAAACG CCCGGUCCCA UCCCGAACCC GGAAGCUAAG CCUGCCAGCG CCGAUGAUAC UACCCAUCC GGGUGGAAAA GUAGGACACC GCCGAACAC

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

+
分子 #35: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 35 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 495.373656 KDa
配列文字列: UUUUUGUUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUUUCGGGG GUACUCGAGU GGCGAACGGG UGAGUAACAC GUGGGUGAUC UGCCCUGCAC UUUGGGAUAA GCCUGGGAAA C UGGGUCUA ...文字列:
UUUUUGUUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUUUCGGGG GUACUCGAGU GGCGAACGGG UGAGUAACAC GUGGGUGAUC UGCCCUGCAC UUUGGGAUAA GCCUGGGAAA C UGGGUCUA AUACCGAAUA CACCCUGCUG GUCGCAUGGC CUGGUAGGGG AAAGCUUUUG CGGUGUGGGA UGGGCCCGCG GC CUAUCAG CUUGUUGGUG GGGUGAUGGC CUACCAAGGC GACGACGGGU AGCCGGCCUG AGAGGGUGAC CGGCCACACU GGG ACUGAG AUACGGCCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCG ACGC CGCGU GAGGGAUGAC GGCCUUCGGG UUGUAAACCU CUUUCAGCAC AGACGAAGCG CAAGUGACGG UAUGUGCAGA AGAAG GACC GGCCAACUAC GUGCCAGCAG CCGCGGUAAU ACGUAGGGUC CGAGCGUUGU CCGGAAUUAC UGGGCGUAAA GAGCUC GUA GGUGGUUUGU CGCGUUGUUC GUGAAAACUC ACAGCUUAAC UGUGGGCGUG CGGGCGAUAC GGGCAGACUA GAGUACU GC AGGGGAGACU GGAAUUCCUG GUGUAGCGGU GGAAUGCGCA GAUAUCAGGA GGAACACCGG UGGCGAAGGC GGGUCUCU G GGCAGUAACU GACGCUGAGG AGCGAAAGCG UGGGGAGCGA ACAGGAUUAG AUACCCUGGU AGUCCACGCC GUAAACGGU GGGUACUAGG UGUGGGUUUC CUUCCUUGGG AUCCGUGCCG UAGCUAACGC AUUAAGUACC CCGCCUGGGG AGUACGGCCG CAAGGCUAA AACUCAAAGG AAUUGACGGG GGCCCGCACA AGCGGCGGAG CAUGUGGAUU AAUUCGAUGC AACGCGAAGA A CCUUACCU GGGUUUGACA UGCACAGGAC GCCGGCAGAG AUGUCGGUUC CCUUGUGGCC UGUGUGCAGG UGGUGCAUGG CU GUCGUCA GCUCGUGUCG UGAGAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACGAGC GCAACCCUUG UCUCAUGUUG CCAGCACGUU AUG GUGGGG ACUCGUGAGA GACUGCCGGG GUCAACUCGG AGGAAGGUGG GGAUGACGUC AAGUCAUCAU GCCCCUUAUG UCCA GGGCU UCACACAUGC UACAAUGGCC GGUACAAAGG GCUGCGAUGC CGUGAGGUGG AGCGAAUCCU UUCAAAGCCG GUCUC AGUU CGGAUCGGGG UCUGCAACUC GACCCCGUGA AGUCGGAGUC GCUAGUAAUC GCAGAUCAGC AACGCUGCGG UGAAUA CGU UCCCGGGCCU UGUACACACC GCCCGUCACG UCAUGAAAGU CGGUAACACC CGAAGCCGGU GGCCUAACCC UUGUGGA GG GAGCCGUCGA AGGUGGGAUC GGCGAUUGGG ACGAAGUCGU AACAAGGUAG CCGUACCGGA AGGUGCGGCU GGAUCACC U CCUUUCU

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

+
分子 #56: P/P-site Phe-tRNA(Phe)

分子名称: P/P-site Phe-tRNA(Phe) / タイプ: rna / ID: 56
詳細: Model and sequence adopted from Escherichia coli tRNA(Phe)
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 24.485539 KDa
配列文字列:
GCCCGGAUAG CUCAGUCGGU AGAGCAGGGG AUUGAAAAUC CCCGUGUCCU UGGUUCGAUU CCGAGUCCGG GCACCA

+
分子 #57: mRNA fragment

分子名称: mRNA fragment / タイプ: rna / ID: 57 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 1.791053 KDa
配列文字列:
UUUUCU

+
分子 #58: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 625 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #59: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 59 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #60: PHENYLALANINE

分子名称: PHENYLALANINE / タイプ: ligand / ID: 60
詳細: Model and sequence adopted from Escherichia coli tRNA(Phe)
コピー数: 1 / 式: PHE
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 165.189 Da
Chemical component information

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 96 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 / 詳細: FEI EPU data collection
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100719 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 224584
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5o61:
The complete structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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