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- EMDB-1045: Cryo-EM reveals an active role for aminoacyl-tRNA in the accommod... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1045
タイトルCryo-EM reveals an active role for aminoacyl-tRNA in the accommodation process.
マップデータ70S aa-tRNA-EF-Tu.GDP.kirromycin complex
試料
  • 試料: 70S aa-tRNA-EF-Tu.GDP.kirromycin complex from E.coli
  • 複合体: E.coli 70S ribosome
  • RNA: aa-tRNA
  • リガンド: EF-Tu
  • リガンド: GDP
  • リガンド: kirromycin
  • リガンド: MF-mRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor complex / protein-synthesizing GTPase / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor Tu 1 / Elongation factor Tu 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.8 Å
データ登録者Valle M / Sengupta J / Swami NK / Grassucci RA / Burkhardt N / Nierhaus KH / Agrawal RK / Frank J
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2002
タイトル: Cryo-EM reveals an active role for aminoacyl-tRNA in the accommodation process.
著者: Mikel Valle / Jayati Sengupta / Neil K Swami / Robert A Grassucci / Nils Burkhardt / Knud H Nierhaus / Rajendra K Agrawal / Joachim Frank /
要旨: During the elongation cycle of protein biosynthesis, the specific amino acid coded for by the mRNA is delivered by a complex that is comprised of the cognate aminoacyl-tRNA, elongation factor Tu and ...During the elongation cycle of protein biosynthesis, the specific amino acid coded for by the mRNA is delivered by a complex that is comprised of the cognate aminoacyl-tRNA, elongation factor Tu and GTP. As this ternary complex binds to the ribosome, the anticodon end of the tRNA reaches the decoding center in the 30S subunit. Here we present the cryo- electron microscopy (EM) study of an Escherichia coli 70S ribosome-bound ternary complex stalled with an antibiotic, kirromycin. In the cryo-EM map the anticodon arm of the tRNA presents a new conformation that appears to facilitate the initial codon-anticodon interaction. Furthermore, the elbow region of the tRNA is seen to contact the GTPase-associated center on the 50S subunit of the ribosome, suggesting an active role of the tRNA in the transmission of the signal prompting the GTP hydrolysis upon codon recognition.
履歴
登録2003年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年5月12日-
マップ公開2004年1月6日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 20
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-1ls2, PDB-1lu3
  • 表面レベル: 20
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1ls2
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1lu3
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1045.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈70S aa-tRNA-EF-Tu.GDP.kirromycin complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.69 Å/pix.
x 136 pix.
= 365.84 Å		2.69 Å/pix.
x 136 pix.
= 365.84 Å		2.69 Å/pix.
x 136 pix.
= 365.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 48.299999999999997 / ムービー #1: 20
最小 - 最大-82.174800000000005 - 184.76400000000001
平均 (標準偏差)4.36412 (±20.063500000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-68-68-68
サイズ136136136
Spacing136136136
セルA=B=C: 365.84 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.692.692.69
M x/y/z136136136
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z365.840365.840365.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0052
NX/NY/NZ12812855
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-68-68-68
NC/NR/NS136136136
D min/max/mean-82.175184.7644.364

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 70S aa-tRNA-EF-Tu.GDP.kirromycin complex from E.coli

全体名称: 70S aa-tRNA-EF-Tu.GDP.kirromycin complex from E.coli
要素
  • 試料: 70S aa-tRNA-EF-Tu.GDP.kirromycin complex from E.coli
  • 複合体: E.coli 70S ribosome
  • RNA: aa-tRNA
  • リガンド: EF-Tu
  • リガンド: GDP
  • リガンド: kirromycin
  • リガンド: MF-mRNA

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超分子 #1000: 70S aa-tRNA-EF-Tu.GDP.kirromycin complex from E.coli

超分子名称: 70S aa-tRNA-EF-Tu.GDP.kirromycin complex from E.coli
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 6
分子量実験値: 2.5 MDa / 理論値: 2.5 MDa

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超分子 #1: E.coli 70S ribosome

超分子名称: E.coli 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 詳細: 10 pmol / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: aa-tRNA

分子名称: aa-tRNA / タイプ: rna / ID: 1
詳細: 14 pmol; fMet-tRNA(fMet) at the P site and Phe-tRNA(phe) at the A site
分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: EF-Tu

分子名称: EF-Tu / タイプ: ligand / ID: 2 / 詳細: 20 pmol / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: GDP

分子名称: GDP / タイプ: ligand / ID: 3
詳細: 8 ul of 2.5mM; [Alpha-(32)P]GTP The radioactivity contributed by the Alpha-(32)P moiety of the GDP served to calculate a ~50% occupancy for the elongation factor.
組換発現: No
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #4: kirromycin

分子名称: kirromycin / タイプ: ligand / ID: 4 / 詳細: 3 ul of 100 mM; antibiotic / 組換発現: No
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
Chemical component information

ChemComp-KIR:
KIRROMYCIN

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分子 #5: MF-mRNA

分子名称: MF-mRNA / タイプ: ligand / ID: 5 / 詳細: 15 pmol; M(Met).F(Phe)-mRNA / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES-KOH, 6mM MgCl2, 150mM NH4Cl, 4mM 2-metcaptoethanol, 0.05 mM spermine and 2 mM spermidine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: two side blotting plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS EM420
温度平均: 93 K
詳細Microscope: Philips EM420 Imaging date: 1997
日付1998年6月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 45 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.844 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.041 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダー: Cryo transfer / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: defocus groups
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Final map was calculated from 8 CTF corrected defocus groups
使用した粒子像数: 7985
最終 角度割当詳細: SPIDER definition
最終 2次元分類クラス数: 2

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1efc

ソフトウェア名称: manual
詳細Protocol: Rigid Body. The EF-Tu domains were separately fitted by manual docking using program O (pdb codes for fitted coordinates: 1LS2, 1LU3)
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: cross correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1ls2:
Fitting of EF-Tu and tRNA in the Low Resolution Cryo-EM Map of an EF-Tu Ternary Complex (GDP and Kirromycin) Bound to E. coli 70S Ribosome

PDB-1lu3:
Separate Fitting of the Anticodon Loop Region of tRNA (nucleotide 26-42) in the Low Resolution Cryo-EM Map of an EF-Tu Ternary Complex (GDP and Kirromycin) Bound to E. coli 70S Ribosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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