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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human ATG9A in LMNG micelles | |||||||||
![]() | The autophagy relate transmembrane protein ATG9A, lipid scramblase | |||||||||
![]() |
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![]() | Lipid scramblase / ATG9A / single particle cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() phospholipid scramblase activity / programmed necrotic cell death / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / bone morphogenesis / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome assembly ...phospholipid scramblase activity / programmed necrotic cell death / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / bone morphogenesis / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome / trans-Golgi network / mitochondrial membrane / recycling endosome / recycling endosome membrane / late endosome / late endosome membrane / endosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / mitochondrion / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å | |||||||||
![]() | Yang W / Goran S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for lipid transfer by the ATG2A-ATG9A complex 著者: Yang W / Goran S | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 726.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 20 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 68.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 764.8 MB 764.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 633.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 633.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | The autophagy relate transmembrane protein ATG9A, lipid scramblase | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A of ATG9A
ファイル | emd_37088_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of ATG9A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of ATG9A
ファイル | emd_37088_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of ATG9A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : ATG9A trimer
全体 | 名称: ATG9A trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: ATG9A trimer
超分子 | 名称: ATG9A trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 283 KDa |
-分子 #1: Autophagy-related protein 9A
分子 | 名称: Autophagy-related protein 9A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 94.551031 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAQFDTEYQR LEASYSDSPP GEEDLLVHVA EGSKSPWHHI ENLDLFFSRV YNLHQKNGFT CMLIGEIFEL MQFLFVVAFT TFLVSCVDY DILFANKMVN HSLHPTEPVK VTLPDAFLPA QVCSARIQEN GSLITILVIA GVFWIHRLIK FIYNICCYWE I HSFYLHAL ...文字列: MAQFDTEYQR LEASYSDSPP GEEDLLVHVA EGSKSPWHHI ENLDLFFSRV YNLHQKNGFT CMLIGEIFEL MQFLFVVAFT TFLVSCVDY DILFANKMVN HSLHPTEPVK VTLPDAFLPA QVCSARIQEN GSLITILVIA GVFWIHRLIK FIYNICCYWE I HSFYLHAL RIPMSALPYC TWQEVQARIV QTQKEHQICI HKRELTELDI YHRILRFQNY MVALVNKSLL PLRFRLPGLG EA VFFTRGL KYNFELILFW GPGSLFLNEW SLKAEYKRGG QRLELAQRLS NRILWIGIAN FLLCPLILIW QILYAFFSYA EVL KREPGA LGARCWSLYG RCYLRHFNEL EHELQSRLNR GYKPASKYMN CFLSPLLTLL AKNGAFFAGS ILAVLIALTI YDED VLAVE HVLTTVTLLG VTVTVCRSFI PDQHMVFCPE QLLRVILAHI HYMPDHWQGN AHRSQTRDEF AQLFQYKAVF ILEEL LSPI VTPLILIFCL RPRALEIIDF FRNFTVEVVG VGDTCSFAQM DVRQHGHPQW LSAGQTEASV YQQAEDGKTE LSLMHF AIT NPGWQPPRES TAFLGFLKEQ VQRDGAAASL AQGGLLPENA LFTSIQSLQS ESEPLSLIAN VVAGSSCRGP PLPRDLQ GS RHRAEVASAL RSFSPLQPGQ APTGRAHSTM TGSGVDARTA SSGSSVWEGQ LQSLVLSEYA STEMSLHALY MHQLHKQQ A QAEPERHVWH RRESDESGES APDEGGEGAR APQSIPRSAS YPCAAPRPGA PETTALHGGF QRRYGGITDP GTVPRVPSH FSRLPLGGWA EDGQSASRHP EPVPEEGSED ELPPQVHKV UniProtKB: Autophagy-related protein 9A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.17 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |