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- EMDB-37088: Cryo-EM structure of human ATG9A in LMNG micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37088
タイトルCryo-EM structure of human ATG9A in LMNG micelles
マップデータThe autophagy relate transmembrane protein ATG9A, lipid scramblase
試料
  • 複合体: ATG9A trimer
    • タンパク質・ペプチド: Autophagy-related protein 9A
キーワードLipid scramblase / ATG9A / single particle cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of macrophage cytokine production / phospholipid scramblase activity / protein localization to Golgi apparatus / programmed necrotic cell death / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / negative regulation of interferon-beta production / bone morphogenesis / phagophore assembly site ...negative regulation of macrophage cytokine production / phospholipid scramblase activity / protein localization to Golgi apparatus / programmed necrotic cell death / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / negative regulation of interferon-beta production / bone morphogenesis / phagophore assembly site / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome assembly / mitophagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / autophagosome / synaptic membrane / trans-Golgi network / mitochondrial membrane / recycling endosome / recycling endosome membrane / late endosome membrane / late endosome / endosome / Golgi membrane / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 9 / Autophagy protein ATG9
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 9A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Yang W / Goran S
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31950410540 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)QN2021032004L 中国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Structural basis for lipid transfer by the ATG2A-ATG9A complex.
著者: Wang Y / Dahmane S / Ti R / Mai X / Zhu L / Carlson LA / Stjepanovic G
履歴
登録2023年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The autophagy relate transmembrane protein ATG9A, lipid scramblase
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.0017125634 - 2.4717972
平均 (標準偏差)0.00032822895 (±0.013354312)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 510.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ATG9A trimer

全体名称: ATG9A trimer
要素
  • 複合体: ATG9A trimer
    • タンパク質・ペプチド: Autophagy-related protein 9A

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超分子 #1: ATG9A trimer

超分子名称: ATG9A trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 283 KDa

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分子 #1: Autophagy-related protein 9A

分子名称: Autophagy-related protein 9A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 94.551031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAQFDTEYQR LEASYSDSPP GEEDLLVHVA EGSKSPWHHI ENLDLFFSRV YNLHQKNGFT CMLIGEIFEL MQFLFVVAFT TFLVSCVDY DILFANKMVN HSLHPTEPVK VTLPDAFLPA QVCSARIQEN GSLITILVIA GVFWIHRLIK FIYNICCYWE I HSFYLHAL ...文字列:
MAQFDTEYQR LEASYSDSPP GEEDLLVHVA EGSKSPWHHI ENLDLFFSRV YNLHQKNGFT CMLIGEIFEL MQFLFVVAFT TFLVSCVDY DILFANKMVN HSLHPTEPVK VTLPDAFLPA QVCSARIQEN GSLITILVIA GVFWIHRLIK FIYNICCYWE I HSFYLHAL RIPMSALPYC TWQEVQARIV QTQKEHQICI HKRELTELDI YHRILRFQNY MVALVNKSLL PLRFRLPGLG EA VFFTRGL KYNFELILFW GPGSLFLNEW SLKAEYKRGG QRLELAQRLS NRILWIGIAN FLLCPLILIW QILYAFFSYA EVL KREPGA LGARCWSLYG RCYLRHFNEL EHELQSRLNR GYKPASKYMN CFLSPLLTLL AKNGAFFAGS ILAVLIALTI YDED VLAVE HVLTTVTLLG VTVTVCRSFI PDQHMVFCPE QLLRVILAHI HYMPDHWQGN AHRSQTRDEF AQLFQYKAVF ILEEL LSPI VTPLILIFCL RPRALEIIDF FRNFTVEVVG VGDTCSFAQM DVRQHGHPQW LSAGQTEASV YQQAEDGKTE LSLMHF AIT NPGWQPPRES TAFLGFLKEQ VQRDGAAASL AQGGLLPENA LFTSIQSLQS ESEPLSLIAN VVAGSSCRGP PLPRDLQ GS RHRAEVASAL RSFSPLQPGQ APTGRAHSTM TGSGVDARTA SSGSSVWEGQ LQSLVLSEYA STEMSLHALY MHQLHKQQ A QAEPERHVWH RRESDESGES APDEGGEGAR APQSIPRSAS YPCAAPRPGA PETTALHGGF QRRYGGITDP GTVPRVPSH FSRLPLGGWA EDGQSASRHP EPVPEEGSED ELPPQVHKV

UniProtKB: Autophagy-related protein 9A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.17 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 224219
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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