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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 in complex with human antibody DENV-115 IgG at 4 deg C (subparticle LLR-LRR) | |||||||||
![]() | postprocessed map | |||||||||
![]() |
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![]() | dengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / virus | |||||||||
機能・相同性 | ![]() clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Fibriansah G / Ng TS / Tan AWK / Shi J / Lok SM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ultrapotent human antibodies lock E protein dimers of diverse DENV3 morphological variants 著者: Fibriansah G / Ng TS / Lim XN / Shebanova A / Ng LC / Tan SL / Tan AWK / Shi J / Crowe JE / Lok SM | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 31.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 240.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 34.3 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 24.9 MB 25 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8jn1MC ![]() 8jn2C ![]() 8jn3C ![]() 8jn4C ![]() 8jn5C ![]() 8jn6C ![]() 8jn7C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocessed map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.622 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_36429_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_36429_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 in complex with human...
全体 | 名称: Dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 in complex with human antibody DENV-115 IgG at 4 deg C |
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要素 |
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-超分子 #1: Dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 in complex with human...
超分子 | 名称: Dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 in complex with human antibody DENV-115 IgG at 4 deg C タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19
超分子 | 名称: Dengue virus serotype 3 strain EHIE46200Y19 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Human antibody DENV-115 IgG (heavy and light chain)
超分子 | 名称: Human antibody DENV-115 IgG (heavy and light chain) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Envelope protein (Fragment)
分子 | 名称: Envelope protein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 53.731734 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNVTT DSRCPTQGEA ILPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLELIEGKV VQHENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST ...文字列: MRCVGVGNRD FVEGLSGATW VDVVLEHGGC VTTMAKNKPT LDIELQKTEA TQLATLRKLC IEGKITNVTT DSRCPTQGEA ILPEEQDQN YVCKHTYVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF QCLELIEGKV VQHENLKYTV IITVHTGDQH QVGNETQGVT A EITPQAST VEAILPEYGT LGLECSPRTG LDFNEMILLT MKNKAWMVHR QWFFDLPLPW TSGATTETPT WNKKELLVTF KN AHAKKQE VVVLGSQEGA MHTALTGATE IQTSGGTSIF AGHLKCRLKM DKLELKGMSY AMCSNAFVLK KEVSETQHGT ILI KVEYKG EDAPCKIPFS TEDGQGKAHN GRLITANPVV TKKEELVNIE AEPPFGESNI IIGIGDKALR INWYKKGSSI GKMF EATAR GARRMAILGD TAWDFGSVGG VLNSLGKMVH QIFGSAYTAL FSGVSWIMKI GIGVLLTWIG LNSKNTSMSF SCIVI GIIT LYLGAVVQA UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Polyprotein
分子 | 名称: Polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.365854 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SVALAPHVGM GLDTRAQTWM SAEGAWRQIE KVETWAFRHP GFTILALFLA HYIGTSLTQK VVIFILLMLV TPSMT UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Human antibody DENV-115 heavy chain
分子 | 名称: Human antibody DENV-115 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.607289 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGAPVKV SCEASGYTFT DYFIHWVRQA PGQGLEWMGW INPISGGTNY HPRFHGGVTM TRDTSMKVAY MELKRLTSD DTAVYFCARG RDFRGGYSQL DYWGQGTLVT VSS |
-分子 #4: Human antibody DENV-115 light chain
分子 | 名称: Human antibody DENV-115 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.49662 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGGSSNIA INTVNWYQQV PGTAPKLLMY SNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC ATWDDSLKDV LFGGGTKLTV L |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA) |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | The purified virus was mixed with DENV-115 IgG at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and then the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 22.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 4.6000000000000005 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 181866 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||
得られたモデル | ![]() PDB-8jn1: |