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万見
- EMDB-36147: Extracellular domain of gamma delta TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36147
タイトルExtracellular domain of gamma delta TCR
マップデータ
試料
  • 複合体: Extracellular domain of gamma delta TCR
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1
キーワードReceptor / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell receptor complex / gamma-delta T cell activation / T cell receptor complex / small molecule binding / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. ...: / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor gamma variable 5 / T cell receptor delta variable 1 / T cell receptor delta constant / T cell receptor gamma constant 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Xin W / Chi X / Huang B / Su Q / Zhou Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structures of human γδ T cell receptor-CD3 complex.
著者: Weizhi Xin / Bangdong Huang / Ximin Chi / Yuehua Liu / Mengjiao Xu / Yuanyuan Zhang / Xu Li / Qiang Su / Qiang Zhou /
要旨: Gamma delta (γδ) T cells, a unique T cell subgroup, are crucial in various immune responses and immunopathology. The γδ T cell receptor (TCR), which is generated by γδ T cells, recognizes a ...Gamma delta (γδ) T cells, a unique T cell subgroup, are crucial in various immune responses and immunopathology. The γδ T cell receptor (TCR), which is generated by γδ T cells, recognizes a diverse range of antigens independently of the major histocompatibility complex. The γδ TCR associates with CD3 subunits, initiating T cell activation and holding great potential in immunotherapy. Here we report the structures of two prototypical human Vγ9Vδ2 and Vγ5Vδ1 TCR-CD3 complexes, revealing two distinct assembly mechanisms that depend on Vγ usage. The Vγ9Vδ2 TCR-CD3 complex is monomeric, with considerable conformational flexibility in the TCRγ-TCRδ extracellular domain and connecting peptides. The length of the connecting peptides regulates the ligand association and T cell activation. A cholesterol-like molecule wedges into the transmembrane region, exerting an inhibitory role in TCR signalling. The Vγ5Vδ1 TCR-CD3 complex displays a dimeric architecture, whereby two protomers nestle back to back through the Vγ5 domains of the TCR extracellular domains. Our biochemical and biophysical assays further corroborate the dimeric structure. Importantly, the dimeric form of the Vγ5Vδ1 TCR is essential for T cell activation. These findings reveal organizing principles of the γδ TCR-CD3 complex, providing insights into the unique properties of γδ TCR and facilitating immunotherapeutic interventions.
履歴
登録2023年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36147.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36147.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.521
最小 - 最大-3.5362146 - 5.488895
平均 (標準偏差)-0.0015925192 (±0.090098895)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 278.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36147_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36147_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Extracellular domain of gamma delta TCR

全体名称: Extracellular domain of gamma delta TCR
要素
  • 複合体: Extracellular domain of gamma delta TCR
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1

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超分子 #1: Extracellular domain of gamma delta TCR

超分子名称: Extracellular domain of gamma delta TCR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant

分子名称: T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Author stated: 1-22:Signal peptide, 23-31:Flag tag. / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.320574 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCMDYKDDDD KGGSETGAQK VTQAQSSVSM PVRKAVTLNC LYETSWWSYY IFWYKQLPSK EMIFLIRQG SDEQNAKSGR YSVNFKKAAK SVALTISALQ LEDSAKYFCA LGDPGGLNTD KLIFGKGTRV TVEPRSQPHT K PSVFVMKN ...文字列:
MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCMDYKDDDD KGGSETGAQK VTQAQSSVSM PVRKAVTLNC LYETSWWSYY IFWYKQLPSK EMIFLIRQG SDEQNAKSGR YSVNFKKAAK SVALTISALQ LEDSAKYFCA LGDPGGLNTD KLIFGKGTRV TVEPRSQPHT K PSVFVMKN GTNVACLVKE FYPKDIRINL VSSKKITEFD PAIVISPSGK YNAVKLGKYE DSNSVTCSVQ HDNKTVHSTD FE VKTDSTD HVKPKETENT KQPSKSCHKP KAIVHTEKVN MMSLTVLGLR MLFAKTVAVN FLLTAKLFFL

UniProtKB: T cell receptor delta variable 1, T cell receptor delta constant

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分子 #2: T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1

分子名称: T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Author stated: 1-22:Signal peptide, 23-31:Flag tag. / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.755172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCMDYKDDDD KGGSETGSSN LEGGTKSVTR PTRSSAEITC DLTVINAFYI HWYLHQEGKA PQRLLYYDV SNSKDVLESG LSPGKYYTHT PRRWSWILIL RNLIENDSGV YYCATWDRGN PKTHYYKKLF GSGTTLVVTD K QLDADVSP ...文字列:
MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCMDYKDDDD KGGSETGSSN LEGGTKSVTR PTRSSAEITC DLTVINAFYI HWYLHQEGKA PQRLLYYDV SNSKDVLESG LSPGKYYTHT PRRWSWILIL RNLIENDSGV YYCATWDRGN PKTHYYKKLF GSGTTLVVTD K QLDADVSP KPTIFLPSIA ETKLQKAGTY LCLLEKFFPD VIKIHWQEKK SNTILGSQEG NTMKTNDTYM KFSWLTVPEK SL DKEHRCI VRHENNKNGV DQEIIFPPIK TDVITMDPKD NCSKDANDTL LLQLTNTSAY YMYLLLLLKS VVYFAIITCC LLR RTAFCC NGEKS

UniProtKB: T cell receptor gamma variable 5, T cell receptor gamma constant 1

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 567573
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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