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- EMDB-3581: Structure of 70S ribosome from Lactococcus lactis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3581
タイトルStructure of 70S ribosome from Lactococcus lactis
マップデータ
試料
  • 複合体: 70S ribosome
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 48種
キーワードribosome / 70S / lactoccocus lactis / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


primary metabolic process / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...primary metabolic process / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal protein L31 type B / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S21, conserved site ...Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal protein L31 type B / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal L32p protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
50S ribosomal protein L32 / 50S ribosomal protein L34 / 50S ribosomal protein L28 / 30S ribosomal protein S21 / 30S ribosomal protein S4 / Ribosome hibernation promotion factor / 50S ribosomal protein L31 type B / 30S ribosomal protein S16 / 50S ribosomal protein L27 / 50S ribosomal protein L21 ...50S ribosomal protein L32 / 50S ribosomal protein L34 / 50S ribosomal protein L28 / 30S ribosomal protein S21 / 30S ribosomal protein S4 / Ribosome hibernation promotion factor / 50S ribosomal protein L31 type B / 30S ribosomal protein S16 / 50S ribosomal protein L27 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L19 / 30S ribosomal protein S20 / 50S ribosomal protein L20 / 50S ribosomal protein L35 / 30S ribosomal protein S15 / 50S ribosomal protein L17 / 30S ribosomal protein S11 / 30S ribosomal protein S13 / 50S ribosomal protein L36 / 50S ribosomal protein L15 / 50S ribosomal protein L30 / 30S ribosomal protein S5 / 50S ribosomal protein L18 / 50S ribosomal protein L6 / 30S ribosomal protein S8 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 50S ribosomal protein L5 / 50S ribosomal protein L24 / 50S ribosomal protein L14 / 30S ribosomal protein S17 / 50S ribosomal protein L29 / 50S ribosomal protein L16 / 30S ribosomal protein S3 / 50S ribosomal protein L22 / 30S ribosomal protein S19 / 50S ribosomal protein L2 / 50S ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L4 / 50S ribosomal protein L3 / 30S ribosomal protein S10 / 50S ribosomal protein L33 3 / 30S ribosomal protein S2 / 30S ribosomal protein S18 / 30S ribosomal protein S6 / 30S ribosomal protein S9 / 50S ribosomal protein L13 / 30S ribosomal protein S7 / 30S ribosomal protein S12
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌) / Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌) / Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Franken LE / Oostergetel GT
資金援助 オランダ, 2件
OrganizationGrant number国
NWOTOPGO L.10.060 オランダ
European Research CouncilERC-2014-ADG オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A general mechanism of ribosome dimerization revealed by single-particle cryo-electron microscopy.
著者: Linda E Franken / Gert T Oostergetel / Tjaard Pijning / Pranav Puri / Valentina Arkhipova / Egbert J Boekema / Bert Poolman / Albert Guskov /
要旨: Bacteria downregulate their ribosomal activity through dimerization of 70S ribosomes, yielding inactive 100S complexes. In Escherichia coli, dimerization is mediated by the hibernation promotion ...Bacteria downregulate their ribosomal activity through dimerization of 70S ribosomes, yielding inactive 100S complexes. In Escherichia coli, dimerization is mediated by the hibernation promotion factor (HPF) and ribosome modulation factor. Here we report the cryo-electron microscopy study on 100S ribosomes from Lactococcus lactis and a dimerization mechanism involving a single protein: HPF. The N-terminal domain of HPF binds at the same site as HPF in Escherichia coli 100S ribosomes. Contrary to ribosome modulation factor, the C-terminal domain of HPF binds exactly at the dimer interface. Furthermore, ribosomes from Lactococcus lactis do not undergo conformational changes in the 30S head domains upon binding of HPF, and the Shine-Dalgarno sequence and mRNA entrance tunnel remain accessible. Ribosome activity is blocked by HPF due to the inhibition of mRNA recognition by the platform binding center. Phylogenetic analysis of HPF proteins suggests that HPF-mediated dimerization is a widespread mechanism of ribosome hibernation in bacteria.When bacteria enter the stationary growth phase, protein translation is suppressed via the dimerization of 70S ribosomes into inactive complexes. Here the authors provide a structural basis for how the dual domain hibernation promotion factor promotes ribosome dimerization and hibernation in bacteria.
履歴
登録2017年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月15日-
マップ公開2017年10月11日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5myj
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5myj
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3581.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.105 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.0636561 - 0.16130547
平均 (標準偏差)0.00072141824 (±0.006043833)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 663.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1051.1051.105
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z663.000663.000663.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0640.1610.001

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添付データ

-
添付マップデータ: emd 3581 additional.map

ファイルemd_3581_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : 70S ribosome

全体名称: 70S ribosome
要素
  • 複合体: 70S ribosome
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31 type B
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome hibernation promotion factor

+
超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#51
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌)

+
分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
分子量理論値: 497.142344 KDa
配列文字列: UUGAGAGUUU GAUCCUGGCU CAGGACGAAC GCUGGCGGCG UGCCUAAUAC AUGCAAGUUG AGCGAUGAAG AUUGGUGCUU GCACCAAUU UGAAGAGCAG CGAACGGGUG AGUAACGCGU GGGGAAUCUG CCUUUGAGCG GGGGACAACA UUUGGAAACG A AUGCUAAU ...文字列:
UUGAGAGUUU GAUCCUGGCU CAGGACGAAC GCUGGCGGCG UGCCUAAUAC AUGCAAGUUG AGCGAUGAAG AUUGGUGCUU GCACCAAUU UGAAGAGCAG CGAACGGGUG AGUAACGCGU GGGGAAUCUG CCUUUGAGCG GGGGACAACA UUUGGAAACG A AUGCUAAU ACCGCAUAAU AACUUUAAAC AUAAGUUUUA AGUUUGAAAG AUGCAAUUGC AUCACUCAAA GAUGAUCCCG CG UUGUAUU AGCUAGUUGG UGAGGUAAAG GCUCACCAAG GCGAUGAUAC AUAGCCGACC UGAGAGGGUG AUCGGCCACA UUG GGACUG AGACACGGCC CAAACUCCUA CGGGAGGCAG CAGUAGGGAA UCUUCGGCAA UGGACGAAAG UCUGACCGAG CAAC GCCGC GUGAGUGAAG AAGGUUUUCG GAUCGUAAAA CUCUGUUGGU AGAGAAGAAC GUUGGUGAGA GUGGAAAGCU CAUCA AGUG ACGGUAACUA CCCAGAAAGG GACGGCUAAC UACGUGCCAG CAGCCGCGGU AAUACGUAGG UCCCGAGCGU UGUCCG GAU UUAUUGGGCG UAAAGCGAGC GCAGGUGGUU UAUUAAGUCU GGUGUAAAAG GCAGUGGCUC AACCAUUGUA UGCAUUG GA AACUGGUAGA CUUGAGUGCA GGAGAGGAGA GUGGAAUUCC AUGUGUAGCG GUGAAAUGCG UAGAUAUAUG GAGGAACA C CGGUGGCGAA AGCGGCUCUC UGGCCUGUAA CUGACACUGA GGCUCGAAAG CGUGGGGAGC AAACAGGAUU AGAUACCCU GGUAGUCCAC GCCGUAAACG AUGAGUGCUA GAUGUAGGGA GCUAUAAGUU CUCUGUAUCG CAGCUAACGC AAUAAGCACU CCGCCUGGG GAGUACGACC GCAAGGUUGA AACUCAAAGG AAUUGACGGG GGCCCGCACA AGCGGUGGAG CAUGUGGUUU A AUUCGAAG CAACGCGAAG AACCUUACCA GGUCUUGACA UACUCGUGCU AUUCCUAGAG AUAGGAAGUU CCUUCGGGAC AC GGGAUAC AGGUGGUGCA UGGUUGUCGU CAGCUCGUGU CGUGAGAUGU UGGGUUAAGU CCCGCAACGA GCGCAACCCC UAU UGUUAG UUGCCAUCAU UAAGUUGGGC ACUCUAACGA GACUGCCGGU GAUAAACCGG AGGAAGGUGG GGAUGACGUC AAAU CAUCA UGCCCCUUAU GACCUGGGCU ACACACGUGC UACAAUGGAU GGUACAACGA GUCGCGAGAC AGUGAUGUUU AGCUA AUCU CUUAAAACCA UUCUCAGUUC GGAUUGUAGG CUGCAACUCG CCUACAUGAA GUCGGAAUCG CUAGUAAUCG CGGAUC AGC ACGCCGCGGU GAAUACGUUC CCGGGCCUUG UACACACCGC CCGUCACACC ACGGGAGUUG GGAGUACCCG AAGUAGG UU GCCUAACCGC AAGGAGGGCG CUUCCUAAGG UAAGACCGAU GACUGGGGUG AAGUCGUAAC AAGGUAGCCG UAUCGGAA G GUGCGGCUGG AUCA

GENBANK: GENBANK: AM406671.1

+
分子 #31: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
分子量理論値: 938.591125 KDa
配列文字列: CAAAGUUAAU AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAA GAGCCGAUGA AGGACGUGAC UAACGACGAU AUUCUAGGGG GAGCAGUAA GUACGCAUUG AUCCCUAGGU CUCCGAAUGG GGAAACCCAG CUGUUACUAG CAGUUAUUCA UGAGUGAAUA C AUAGCUCA ...文字列:
CAAAGUUAAU AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAA GAGCCGAUGA AGGACGUGAC UAACGACGAU AUUCUAGGGG GAGCAGUAA GUACGCAUUG AUCCCUAGGU CUCCGAAUGG GGAAACCCAG CUGUUACUAG CAGUUAUUCA UGAGUGAAUA C AUAGCUCA UGUAAAGGUA ACGCAGAGAA CUGAAACAUC UAAGUACCUG CAGGAAGAGA AAGUAAAAAC GAUUUCGUAA GU AGCGGCG AGCGAACGCG AAGAAGGGCA AACCAAGAAG CUUGCUUCUU GGGGUUGUAG GACUGCAACG UGGACUUAAG CAU UAUAGU CGAAUAACCU GGGAAGGUUA AUCAAAGAGG GUAAUAAUCC CGUAGACAAA AUAGCGCUUA UACCUAGCAG UAUC CUGAG UAGGGCUGGA CACGCGAAAU CCAGUUUGAA UCCGGGAGGA CCAUCUCCCA ACCCUAAAUA CUCCUUAGUG ACCGA UAGU GAACCAGUAC CGUGAGGGAA AGGUGAAAAG AACCCCGAGA GGGGAGUGAA AUAGCACCUG AAACCGUGUG CCUACA AGA AGUUCGAGCC CGUUAAUGGG UGAGAGCGUG CCUUUUGUAG AAUGAACCGG CGAGUUACGU UAUGAUGCGA GGUUAAG UU GAAGAGACGG AGCCGUAGGG AAACCGAGUC UGAAUAGGGC GACUUAGUAU CAUGAUGUAG ACCCGAAACC UAGUGACC U AUCCAUGAGC AGGGUGAAGG UGUGGUAAGA CGCACUGGAG GCCCGAACCA GGACACGUUG AAAAGUGUUU GGAUGACUU GUGGAUAGCG GAGAAAUUCC AAACGAACUG GGAGAUAGCU GGUUCUCUCC GAAAUAGCUU UAGGGCUAGC GUCGAAAUGU AAGUGUAUU GGAGGUAGAG CACUGUUUGG GUGAGGGGUC CGUCUAGGAU UACCAAUCUC AGAUAAACUC CGAAUGCUAA U ACACAUGU UCGGCAGUCA GACUGCGAGU GCUAAGAUCC GUAGUCGAAA GGGAAACAGC CCAGACCAAC AGCUAAGGUC CC AAAAUAU AUGUUAAGUG GAAAAGGAUG UGGGGUUGCA CAGACAACUA GGAUGUUAGC UCAGAAGCAG CUAUCAUUCA AAG AGUGCG UAAUAGCUCA CUAGUCGAGU GACCCUGCGC CGAAAAUGUA CCGGGGCUAA ACAUAUUACC GAAGCUUUGG AUUG AUAUU UUAUCAAUGG UAGGAGAGCG UUCUUAACCG CAAUGAAGGU AUACCGUGAG GAGUGCUGGA GCGUUAAGAA GUGAG AAUG CCGGUAUGAG UAGCGCAAGA UAAGUGAGAA UCUUAUCCAC CGUAAGACUA AGGUUUCCAG GGGAAGGCUC GUCCGC CCU GGGUUAGUCG GGACCUAAGG CGAGGCCGAA AGGCGUAGUC GAUGGACAAC UGGUUGAUAU UCCAGUACUA GAUAUGA UC GUGAUGGAGG GACGCAGUAG GCUAAGAGAU GCCAGUUAAU GGAUCCUGGU CUAAGCAGUG AGGUGUGAGA UGUGUCAA A UGCAUUUCUC UCUAACAUUG AGCUGUGAUG GGGAAGCAAC UACGGUUGCG AACUCUCUGA UGUCACACUG CCAAGAAAA GCUUCUAGCG UAAAGUCAUA UCUACCCGUA CCGCAAACCG ACACAGGUAG UCGAGGCGAG UAGCCUCAGG UGAUCGAGAG AACUCUCGU UAAGGAACUC GGCAAAAUAG CCCCGUAACU UCGGGAGAAG GGGUGCUGGU GUAAAAGCCA GCCGCAGUGA A UAGGCCCA AGCAACUGUU UAUCAAAAAC ACAGCUCUCU GCUAAACCGC AAGGUGAUGU AUAGGGGGUG ACGCCUGCCC GG UGCUGGA AGGUUAAGAG GAGUGCUUAG ACGUAAGUCG AAGGUAUGAA UUGAAGCCCC AGUAAACGGC GGCCGUAACU AUA ACGGUC CUAAGGUAGC GAAAUUCCUU GUCGGGUAAG UUCCGACCCG CACGAAAGGC GUAAUGAUUU GGGCACUGUC UCAA CGAGA GACUCGGUGA AAUUUUAGUA CCUGUGAAGA UGCAGGUUAC CCGCGACAGG ACGGAAAGAC CCCAUGGAGC UUUAC UGUA GUUUGAUAUU GAGUACCUGU AAGUCAUGUA CAGGAUAGGU AGGAGCCAUU GAAAUAGGGA CGCUAGUUUC UAUUGA GGC GUUGUUGGGA UACUACCCUU GACUUAUGGU UACUCUAACC CGCUGGCAUA AUCGGCCAGG GAGACAGUGU CUGACGG AC AGUUUGACUG GGGCGGUCGC CUCCUAAAGA GUAACGGAGG CGCUCAAAGG UUGGCUCAGA UUGGUUGGAA AUCAAUCG U AGAGUGUAAA GGUAAAAGCC AGCUUGACUG CGAGAGCUAC AACUCGAGCA GGUAGGAAAC UAGGACUUAG UGAUCCGGU GGUACCGCAU GGAAGGGCCA UCGCUCAACG GAUAAAAGCU ACCCUGGGGA UAACAGGCUU AUCUCCCCCA AGAGUUCACA UCGACGGGG AGGUUUGGCA CCUCGAUGUC GGCUCGUCGC AUCCUGGGGC UGUAGUCGGU CCCAAGGGUU GGGCUGUUCG C CCAUUAAA GCGGCACGCG AGCUGGGUUC AGAACGUCGU GAGACAGUUC GGUCCCUAUC CGUCGCGGGC GUAGGUAAUU UG AGAGGAU CUGUCCUUAG UACGAGAGGA CCGGGAUGGA CUUACCGCUG GUGUACCAGU UGUUCCGCCA GGAGCACGGC UGG AUAGCU AUGUAGGGAA GGGAUAAGCG CUGAAAGCAU CUAAGUGCGA AGCCCACCUC AAGAUGAGAU UACCCAUUCG UAAG AAUUA AGAGCCCAGA GAGAUGAUCU GGUAGAUAGG CUGGAAGUGG AAGAGUUGCG AGACUUGGAG CGGACCAGUA CUAAU CGCU CGAGGACUUU ACC

GENBANK: GENBANK: AM406671.1

+
分子 #32: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 32 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
分子量理論値: 37.065969 KDa
配列文字列:
UUGGUAUUAA UUGCAUAGGA GAUAUACCUG UUCCCAUGUC GAACACAGAA GUCAAGUCCU AUUGCGCUGG AAGUACUUGG GGGUUGCCC CCUGGGAGAU AAAGACGAUG CCAAGU

GENBANK: GENBANK: AM406671.1

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 28.58976 KDa
配列文字列: MSVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKPY IFTERNGIHV IDLQKTVKLV DDAYNYVKNA SQEGAVVLFV GTKKQAAEAV KEEALRAGQ YYVNHRWLGG MLTNWNTIQT RVTRLKEINK MEEEGTFEVL PKKEVVLLNK ERERLEKFIG GIADMPRIPD V MYIVDPHA ...文字列:
MSVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKPY IFTERNGIHV IDLQKTVKLV DDAYNYVKNA SQEGAVVLFV GTKKQAAEAV KEEALRAGQ YYVNHRWLGG MLTNWNTIQT RVTRLKEINK MEEEGTFEVL PKKEVVLLNK ERERLEKFIG GIADMPRIPD V MYIVDPHA EQIAVKEAKT LGIPVVAMVD TNADPEPIDV VIPANDDAIR AVKLITAKMA DAIIEGRQGE DAAEDFVAEE AA SEESLEE LAEIVEGK

UniProtKB: 30S ribosomal protein S2

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 24.058795 KDa
配列文字列: MGQKVHPIGM RVGVIRDWDA KWYAEKEYAD YLHEDLAIRQ LIQTKLADAS VSLIETERAI NKVIVTLHTA KPGMVIGKSG ANVDALRAE LNKLTGKQVH INIVEIKKPD LDAHLVGEGI AKQLEARIAF RRAQKQAIQR AMRAGAKGIK TQVSGRLNGA D IARAEGYS ...文字列:
MGQKVHPIGM RVGVIRDWDA KWYAEKEYAD YLHEDLAIRQ LIQTKLADAS VSLIETERAI NKVIVTLHTA KPGMVIGKSG ANVDALRAE LNKLTGKQVH INIVEIKKPD LDAHLVGEGI AKQLEARIAF RRAQKQAIQR AMRAGAKGIK TQVSGRLNGA D IARAEGYS EGTVPLHTLR ADIDYAWEEA DTTYGKLGVK VWIYRGEVLP TKKSVKGEK

UniProtKB: 30S ribosomal protein S3

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 23.232605 KDa
配列文字列: MSRYTGPSWK QSRRYGISLT GSGKEIARRN YVPGQHGPNN RSKLSEYGLQ LAEKQKLRFT YGLSERQFRN LYVAATKVKE GTVGYNFMT LLEQRLDNVV YRLGLATTRR QARQFVNHGH ILVDGKRVDI PSFRVQPGQV ISVREKSMKV PAILEAVEAT K GRANFVSF ...文字列:
MSRYTGPSWK QSRRYGISLT GSGKEIARRN YVPGQHGPNN RSKLSEYGLQ LAEKQKLRFT YGLSERQFRN LYVAATKVKE GTVGYNFMT LLEQRLDNVV YRLGLATTRR QARQFVNHGH ILVDGKRVDI PSFRVQPGQV ISVREKSMKV PAILEAVEAT K GRANFVSF DADKLEGTLV RLPERDEINP EINDALIVEF YNKMM

UniProtKB: 30S ribosomal protein S4

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 17.609285 KDa
配列文字列:
MAENRRNDRE QSEFEERVVS INRVTKVVKG GRRLRFAALV VVGDRNGRVG FGTGKAQEVP EAIRKAIEAA KKNLITVPMV GTTLPHEAL GVFGGGKILL KPAVEGAGVA AGGAVRAVLE LAGVADVTSK SLGSNTPINV VRATVDGLTQ LKRAEEVAAL R GKSVSDFA

UniProtKB: 30S ribosomal protein S5

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 11.321831 KDa
配列文字列:
MTKYEILYII RPNIDEEAKT ALVERFDAIL TENGAANLES KDWEKRKLAY EINDFREGIY HIATFEAETT SEALSEFDRL AKINLDILR HMIVKVEA

UniProtKB: 30S ribosomal protein S6

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 17.713443 KDa
配列文字列:
MRKNRAPKRE VLADPMYNSI VVTRLINRVM LDGKRGVAAQ IVYGAFKQIE EATGNNPLEV FETAMENIMP VLEVRARRVG GSNYQVPVE VRPERRTTLG LRWLVTIARN RGEHTMQDRL AKEILDAANN TGAAVKKRED THKMAEANRA FAHFRW

UniProtKB: 30S ribosomal protein S7

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 14.692106 KDa
配列文字列:
MVMTDPIADF LTRIRNGNMR KFDVVEAPAS KIKRQIAEIL KAEGYVKDVE YVEDNKQGVI RVFLKYGKNG EKVITNLKRI SKPGLRVYV KSDDVPKVLN GLGTAIISTS TGVVTDKVAR QTNVGGEVIA YIW

UniProtKB: 30S ribosomal protein S8

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 14.124289 KDa
配列文字列:
MAQVQYAGTG RRKNAVARVR LVPGTGKITV NGREVESYIP HADMRLVINQ PFAATQTEGS YDTLVNVNGG GVSGQAGAIR HGIARALLQ VDPDFRSALK RAGLLTRDAR MVERKKPGLK KARKASQFSK R

UniProtKB: 30S ribosomal protein S9

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 11.764765 KDa
配列文字列:
MATKKIRIRL KAYEHRILDA AAEKIVETAK RTNAEVSGPI PLPTDRSVYT VIRATHKYKD SREQFEMRTH KRLIDIIEPT QKTVDSLMK LDLPSGVNIE IKL

UniProtKB: 30S ribosomal protein S10

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 13.310352 KDa
配列文字列:
MAKITRKRRV KKNIESGIVH IQSTFNNTIV MITDVHGNAL AWSSAGALGF KGSKKSTPFA AQMASEAAAK AAQEQGLKTV SVTVKGPGS GRESAIRALA AAGLNVTSIS DVTPVPHNGA RPPKRRRV

UniProtKB: 30S ribosomal protein S11

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 15.157884 KDa
配列文字列:
MPTINQLVRK PRRAQVTKSK SPAMNVGYNS RKKVQTKLAS PQKRGVATRV GTMTPKKPNS ALRKFARVRL SNLMEVTAYI PGIGHNLQE HSVVLLRGGR VKDLPGVRYH IVRGALDTAG VADRKQSRSK YGAKKPKA

UniProtKB: 30S ribosomal protein S12

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 13.519672 KDa
配列文字列:
MARFAGVDIP NEKRIVISLT YVFGVGLQTS KKVLAAAGVS EDIRTKDLTS DQEDAIRREL DGLKLEGDLR REVSLNIKRL MEIGSYRGM RHRRGLPTRG QNTKNNARTR KGPAKSIAGK KK

UniProtKB: 30S ribosomal protein S13

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 7.151611 KDa
配列文字列:
MAKKSMVVKN QRPAKFSTQA YTRCERCGRP HSVYRKFKLC RICLRELAYK GQLPGVKKAS W

UniProtKB: 30S ribosomal protein S14 type Z

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 10.367041 KDa
配列文字列:
MAISKEKKQE IIAQYARKEG DTGSPEVQIA VLTWEINHLN DHIKSHKKDH ATQRGLMKKI GHRRNLLGYL RGKDVQRYRE LIASLGLRR

UniProtKB: 30S ribosomal protein S15

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 10.270938 KDa
配列文字列:
MSVKIRLTRM GSKKKPFYRI NVADSRAPRD GKFIETVGTY NPLVTENQVT LKEERVLEWL SNGAQPSDTV RNLLSKAGVM KKFHESKLS K

UniProtKB: 30S ribosomal protein S16

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 10.166831 KDa
配列文字列:
MERKQRKVYQ GRVVSDKMDK TITVVVETKR NHPVYGKRIN YSKKYKAHDE NNSAKTGDIV RIMETRPLSK DKHFRLVEIV EEAVII

UniProtKB: 30S ribosomal protein S17

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 9.392087 KDa
配列文字列:
MAQQRRGGFK RRKKVDFIAA NKIEVVDYKD TELLKRFISE RGKILPRRVT GTSAKNQRKV VNAIKRARVM ALLPFVAEDQ N

UniProtKB: 30S ribosomal protein S18

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 10.595238 KDa
配列文字列:
MGRSLKKGPF VDEHLMKKVE AQTNAERKSV IKTWSRRSTI FPNFVGLTIA VYDGRKHVPV YVQEDMVGHK LGEFAPTRTY RGHAADDKK TRR

UniProtKB: 30S ribosomal protein S19

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 8.38474 KDa
配列文字列:
MANIKSAIKR AELNKIANER NAQQKSAMRT LIKKFEAAPS EELYRAASST IDKAASKGLI HANKASRDKA RLAAKLG

UniProtKB: 30S ribosomal protein S20

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 7.041308 KDa
配列文字列:
MSKTLVRKNE SLDDALRRFK RSVTKAGTLQ ELRKREHYEK PSVKRKRKSE AARKRKKY

UniProtKB: 30S ribosomal protein S21

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 7.187417 KDa
配列文字列:
MSKECYFTGR KTVSSNNRSH AMNQTKRVVK PNLQKVTILE NGELKTVWAS AKALKKLPAG VERV

UniProtKB: 50S ribosomal protein L28

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 7.874178 KDa
配列文字列:
MKLSETKSLL KDLRALSVEE LTTREAELKK ELFDLRFQAA AGRLENTAKL DEVKKTIARV KTVQAELNK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L29

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 6.202401 KDa
配列文字列:
MAQIKITLVN SPIGRIPAQR KTVKALGLGK LNSSVVKEGS PAILGMVNSI SHLVKVEEA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L30

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L31 type B

分子名称: 50S ribosomal protein L31 type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 9.366479 KDa
配列文字列:
MKQNIHPNYQ PVVFMDTTTG YKFLTGSTKG SKETVEWEDG NTYPLIRVEI SSDSHPFYTG RQKFQAADGR IARFEKKYGK Q

UniProtKB: 50S ribosomal protein L31 type B

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 6.681631 KDa
配列文字列:
MAVPARHTSS AKKNRRRTHY KLTAPTVTFD ETTGDYRHSH RVSLKGYYKG RKVRDTK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L32

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L33 3

分子名称: 50S ribosomal protein L33 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 5.567652 KDa
配列文字列:
MLRKAGLACT VCGSRNYTLN LSSVAKEKRV EVKKFCRTCG KHTLHKETR

UniProtKB: 50S ribosomal protein L33 3

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 5.200206 KDa
配列文字列:
MKRTYQPHKK SRKTTHGFRS RMATKNGRRV LAARRRKGRA SLTV

UniProtKB: 50S ribosomal protein L34

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 7.844419 KDa
配列文字列:
MPKQKTHRAS AKRFKRTGNG GLKRFRAYTS HRFHGKSVKQ RRQLRKASMV SKGDFKRIRR MVATMK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L35

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 4.432446 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEYCKVIRRN GRVMVICPAN PKHKQRQG

UniProtKB: 50S ribosomal protein L36

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 29.641348 KDa
配列文字列: MGIKVYKPTT NGRRNMTGSD FAEITTSTPE KSLLVSMSKT AGRNNTGRIT VRHHGGGHKR KYRMIDFKRT TDNVVAKVAT IEYDPNRTA NIALIVYANG VKSYILAAKG LEVGMTVVSG PDADIKVGNA LPLANIPVGT LIHNIELKPG KGGQLVRSAG A SAQVLGSE ...文字列:
MGIKVYKPTT NGRRNMTGSD FAEITTSTPE KSLLVSMSKT AGRNNTGRIT VRHHGGGHKR KYRMIDFKRT TDNVVAKVAT IEYDPNRTA NIALIVYANG VKSYILAAKG LEVGMTVVSG PDADIKVGNA LPLANIPVGT LIHNIELKPG KGGQLVRSAG A SAQVLGSE GKYTLVRLQS GEVRMILSTC RATIGVVGNE QQSLINLGKA GRTRHMGIRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGR QP VGRKSPM TPWGKPALGL KTRNKKAKSS KLIVRRIND

UniProtKB: 50S ribosomal protein L2

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 21.956568 KDa
配列文字列: MSKGILGKKV GMTQIFTDNG ELIPVTVIEA TPNTVLQVKS VETDGYEATQ VGFDTLREVL TNKPAKGHAA KANTTPKRFV REFKGLEGA EVGAEITVDT FAAGDVVDVT GTSKGKGFQG PIKRHGQSRG PMAHGSRYHR RPGSMGPVAA NKVPKGKKLA G RMGNKRVT ...文字列:
MSKGILGKKV GMTQIFTDNG ELIPVTVIEA TPNTVLQVKS VETDGYEATQ VGFDTLREVL TNKPAKGHAA KANTTPKRFV REFKGLEGA EVGAEITVDT FAAGDVVDVT GTSKGKGFQG PIKRHGQSRG PMAHGSRYHR RPGSMGPVAA NKVPKGKKLA G RMGNKRVT VQNLVIAQVL PEKNVILVKG NVPGAKKSLI VVKSAIKAK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L3

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 22.393461 KDa
配列文字列: MAKVSLFKQD GSQAGEVTLN DSVFGIEPNE SVVFDVVISQ RASLRQGTHA HKNRSAVSGG GKKPWRQKGT GRARQGSTRS PQWRGGGTV FGPNPRSYAY KLPQKVRQLA LKSVYSTKVT DGKLIAVDTL DFAAPKTAEF AKVISALSIE RKVLVVLPNE G NEFAELSA ...文字列:
MAKVSLFKQD GSQAGEVTLN DSVFGIEPNE SVVFDVVISQ RASLRQGTHA HKNRSAVSGG GKKPWRQKGT GRARQGSTRS PQWRGGGTV FGPNPRSYAY KLPQKVRQLA LKSVYSTKVT DGKLIAVDTL DFAAPKTAEF AKVISALSIE RKVLVVLPNE G NEFAELSA RNLENVKVTT ANSASVLDIV SADKLLVVQS ALTQIEEVLA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L4

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 20.03427 KDa
配列文字列:
MTNRLKEKYT NEVVPALTEQ FNYTSIMAVP KVDKIVINMG VGDAVNNSKN LDKAVAELAL ISGQKPLITK AKKSVAAFRL REGMPIGAK VTLRGERMFE FLDKLVTVSL PRVRDFHGVS NKAFDGRGNY TLGVKEQLIF PEINYDDVDK VRGMDIVIVT T ANTDEESR ELLAKLGMPF AK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L5

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 19.313266 KDa
配列文字列:
MSRIGNKVIV IPAGVSVEVN GATVTVKGPK GELVRSFNEN ITLEIAENEI TVKRPNDTKE MKMLHGTTRA LLANMVEGVS NGFSKALEM IGVGYRAQLQ GTKLVLSVGK SHQDEVEAPE NIKFVVATPT SIVVEGISKE AVGQTAAYIR SRRSPEPYKG K GIRYVGEY VRRKEGKTGK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L6

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 16.192855 KDa
配列文字列:
MMKTTFMANA QNVDRKWYVV DATDVPLGRL SAVVASVLRG KNKPTYTPHA DTGDFVIVVN AEKIKLTGKK ATDKVYYSHS LHPGGLKSV TAGELREKNA VRLIEKSVKG MLPHNTLGRA QGMKLKVFVG AEHTHTAQKP EVLDITGLI

UniProtKB: 50S ribosomal protein L13

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 12.944098 KDa
配列文字列:
MIQTESRLKV ADNSGAKELL TIRVLGGSSR KFAGIGDIVV ATVKSAAPGG AVKKGEVVKA VIVRTKSGAK RPDGSYIKFD ENAAVLIRD DKTPRGTRIF GPVARELREG GYMKIVSLAP EVL

UniProtKB: 50S ribosomal protein L14

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 15.376553 KDa
配列文字列:
MELHSLKAAE GSRKVRNRVG RGTSSGNGKT SGRGQKGQKS RSGGGVRPGF EGGQTELFRR MPKRGFLNVN RKEYAIVNLE TLNRLEDGA TVSAETLVAA KIVKDVKSGV KVLANGELTA KNLTVKVAKV SAAAKAAIEA AGGSVEEA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L15

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 15.375058 KDa
配列文字列:
MLVPKRVKHR REFRGKMRGY AKGGDTVSFG EYGLQATTSH WITNRQIEAA RIAMTRYMKR NGQVWIKIFP HKSYTAKAIG VRMGSGKGA PEGWVAPVKR GVVMFELGGV DEATAREALR LASHKLPVKT KFVKRGEA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L16

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 14.280492 KDa
配列文字列:
MSNRKLGRTS SQRKAMLRDL TTDLIINETI VTTEARAKEV RRTVEKMITL GKKGDLSARR AAAAYVRNEI AIKDFNEETE TFPTALQKL FNDLAKRYEG RNGGYTRILK VEPRRGDAAP MAIIELV

UniProtKB: 50S ribosomal protein L17

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 12.426203 KDa
配列文字列:
MISKPDKNKL RQKRHTRVRG KISGTTETPR LNVFRSNTNI YAQVIDDVTG TTLASASSLK LTGTKTEQAA EVGKLVAEAA KAKGVEEVV FDRGGYLYHG RVAALATAAR EAGLKF

UniProtKB: 50S ribosomal protein L18

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 13.129329 KDa
配列文字列:
MNLIESINAA QLRTDIPDFR PGDTVRVHAK VVEGTRERIQ IFEGVVIARK NSGINETYTV RKISNGVGVE RIFPVHTPRV EKIEVIRHG KVRRAKLYYL RALTGKKARI AERRR

UniProtKB: 50S ribosomal protein L19

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 13.726362 KDa
配列文字列:
MARVKGSVAT RKRRKRILKL AKGYYGAKHR LFKTAKEQVM NSYYYAFRDR RQKKRDFRKL WIARINAAAR MNGLSYSKLM HGLKLADIE VNRKMLADIA IADAAAFTAL AEEAKKALAK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L20

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 11.444199 KDa
配列文字列:
MSNYAIIKTG GKQVKVEEGS VIYVEKLNVE AGQTVTFDEV IFVGGETTKV GAPLVEGATV VGEVEKHGKQ KKVVTFQYKP KKHSHRKQG HRQPYTKVVI KSVNA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L21

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 12.49054 KDa
配列文字列:
MAEITSAKAT AKTVRVSPRK TRLVIDLIRG KRVADAIAIL KFTPTKAAVE VENVLNSAIA NAENNFGLEK ANLVVSETFI NEGPTMKRF RPRAKGSASP INKRTAHITV VVAEKE

UniProtKB: 50S ribosomal protein L22

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 10.819567 KDa
配列文字列:
MSLYDIIRKP IITEASMAAM DQKKYTFEVD SRAHKLLIKQ AVEAVFDVKV ASVNTISVKP KSKRVGKYTG TKSGYKKAIV TLTEDSKTI EIFGEDAE

UniProtKB: 50S ribosomal protein L23

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 10.897782 KDa
配列文字列:
MFVKTGDTVK VIAGKDRGTT GKVIKALPKV NKVVVEGVAI MKKHQKPNSE NPSGAILEIE APIHVSNVQV LDKNGVAGRV GYKVVDDKK VRFNKKSGEI LD

UniProtKB: 50S ribosomal protein L24

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 10.053518 KDa
配列文字列:
MLELNLQLFA HKKGGGSTSN GRDSQAKRLG AKASDGELVS GGSILFRQRG THIHPGTNVG RGGDDTLFAK IEGTVKFEMK RGKKHVSVY PVVAK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L27

+
分子 #51: Ribosome hibernation promotion factor

分子名称: Ribosome hibernation promotion factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363
分子量理論値: 21.345988 KDa
配列文字列:
MIKFNIRGEN VEVTDAIRAY VEDKIGKLDK YFNDGHEVTA YVNLKVYTEK RAKVEVTLPA KNVTLRAEDT SQDMYSSIDF VEEKLERQI RKYKTRMNRK PRNAVPTGQV FGDEFAPLDT TDEVAEDHVD IVRTKHVALK PMDAEEAVLQ MDMLGHDFYV F TDADSNGT HVVYRRTDGR YGLIETE

UniProtKB: Ribosome hibernation promotion factor

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Cs-corrector (CEOS, Heidelberg, Germany)
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: RANSAC in Xmipp
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 43530
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: Xmipp
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5myj:
Structure of 70S ribosome from Lactococcus lactis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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