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万見
- EMDB-1100: Structural insights into the assembly of the type III secretion n... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1100
タイトルStructural insights into the assembly of the type III secretion needle complex.
マップデータnone
試料
  • 試料: Needle Complex of the Type III Secretion from Salmonella typhimurium
  • タンパク質・ペプチド: PrgH
  • タンパク質・ペプチド: PrgK
  • タンパク質・ペプチド: InvG
  • タンパク質・ペプチド: PrgJ
  • タンパク質・ペプチド: PRGI
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) / Salmonella tyhpimurium
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Marlovits TC / Kubori T / Sukhan A / Thomas DR / Galan JE / Unger VM
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Structural insights into the assembly of the type III secretion needle complex.
著者: Thomas C Marlovits / Tomoko Kubori / Anand Sukhan / Dennis R Thomas / Jorge E Galán / Vinzenz M Unger /
要旨: Type III secretion systems (TTSSs) mediate translocation of virulence factors into host cells. We report the 17-angstrom resolution structures of a central component of Salmonella typhimurium TTSS, ...Type III secretion systems (TTSSs) mediate translocation of virulence factors into host cells. We report the 17-angstrom resolution structures of a central component of Salmonella typhimurium TTSS, the needle complex, and its assembly precursor, the bacterial envelope-anchored base. Both the base and the fully assembled needle complex adopted multiple oligomeric states in vivo, and needle assembly was accompanied by recruitment of the protein PrgJ as a structural component of the base. Moreover, conformational changes during needle assembly created scaffolds for anchoring both PrgJ and the needle substructure and may provide the basis for substrate-specificity switching during type III secretion.
履歴
登録2004年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2004年10月21日-
マップ公開2004年12月21日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.050322561
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.050322561
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1100.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1100.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈none
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 200 pix.
= 560. Å		2.8 Å/pix.
x 200 pix.
= 560. Å		2.8 Å/pix.
x 200 pix.
= 560. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0227 / ムービー #1: 0.0503226
最小 - 最大-0.198282 - 0.318236
平均 (標準偏差)0.000171837 (±0.022488)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 560 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z560.000560.000560.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1980.3180.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Needle Complex of the Type III Secretion from Salmonella typhimurium

全体名称: Needle Complex of the Type III Secretion from Salmonella typhimurium
要素
  • 試料: Needle Complex of the Type III Secretion from Salmonella typhimurium
  • タンパク質・ペプチド: PrgH
  • タンパク質・ペプチド: PrgK
  • タンパク質・ペプチド: InvG
  • タンパク質・ペプチド: PrgJ
  • タンパク質・ペプチド: PRGI

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超分子 #1000: Needle Complex of the Type III Secretion from Salmonella typhimurium

超分子名称: Needle Complex of the Type III Secretion from Salmonella typhimurium
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: theoretical molecular weight for the base (without the needle filament and the inner rod) is approximately 2.7MDa
集合状態: 20 / Number unique components: 5

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分子 #1: PrgH

分子名称: PrgH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

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分子 #2: PrgK

分子名称: PrgK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella tyhpimurium
分子量実験値: 28 MDa

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分子 #3: InvG

分子名称: InvG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量実験値: 60 MDa

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分子 #4: PrgJ

分子名称: PrgJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量実験値: 10 MDa

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分子 #5: PRGI

分子名称: PRGI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Salmonella tyhpimurium
分子量実験値: 8 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10mM Tris-HCl 500mM NaCl 0.2% LDAO
グリッド詳細: 400 mesh Cu/Rh grid
凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: Vitrification carried out in the cold room / 手法: Blot for 15 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: 220,000
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 79 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 0.8 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected interactively at the computer terminal.
CTF補正詳細: phase flipping, each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C20 (20回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, IMAGIC, MRC / 詳細: supervised projection matching procedure / 使用した粒子像数: 1391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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