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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3329 | |||||||||
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タイトル | Cryo electron microscopy of a complex of Tor and Lst8 | |||||||||
![]() | volume for dimer of Tor/Lst8 heterodimers | |||||||||
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![]() | cryo-EM / Tor / Lst8 / mTOR / kinase / PIKK / S/T protein kinase / TORC1 / mTORC1 | |||||||||
機能・相同性 | TORC1 complex / : / : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å | |||||||||
![]() | Baretic D / Berndt A / Ohashi Y / Johnson CM / Williams RL | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Tor forms a dimer through an N-terminal helical solenoid with a complex topology. 著者: Domagoj Baretić / Alex Berndt / Yohei Ohashi / Christopher M Johnson / Roger L Williams / ![]() 要旨: The target of rapamycin (Tor) is a Ser/Thr protein kinase that regulates a range of anabolic and catabolic processes. Tor is present in two complexes, TORC1 and TORC2, in which the Tor-Lst8 ...The target of rapamycin (Tor) is a Ser/Thr protein kinase that regulates a range of anabolic and catabolic processes. Tor is present in two complexes, TORC1 and TORC2, in which the Tor-Lst8 heterodimer forms a common sub-complex. We have determined the cryo-electron microscopy (EM) structure of Tor bound to Lst8. Two Tor-Lst8 heterodimers assemble further into a dyad-symmetry dimer mediated by Tor-Tor interactions. The first 1,300 residues of Tor form a HEAT repeat-containing α-solenoid with four distinct segments: a highly curved 800-residue N-terminal 'spiral', followed by a 400-residue low-curvature 'bridge' and an extended 'railing' running along the bridge leading to the 'cap' that links to FAT region. This complex topology was verified by domain insertions and offers a new interpretation of the mTORC1 structure. The spiral of one TOR interacts with the bridge of another, which together form a joint platform for the Regulatory Associated Protein of TOR (RAPTOR) regulatory subunit. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 116.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 69 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | volume for dimer of Tor/Lst8 heterodimers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Complex of Tor1 with Lst8
全体 | 名称: Complex of Tor1 with Lst8 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Complex of Tor1 with Lst8
超分子 | 名称: Complex of Tor1 with Lst8 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Dimer of Tor1/Lst8 heterodimers / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 622 KDa |
-分子 #1: Target of rapamycin (Tor)
分子 | 名称: Target of rapamycin (Tor) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Tor1 / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 277 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | GO: TORC1 complex |
-分子 #2: Lst8
分子 | 名称: Lst8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Lethal with SEC13 protein 8 / コピー数: 2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 34 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 50 mM Hepes pH 7.4 (23 deg C), 75 mM KCl, 250 mM NaCl, 0.3 % (v/v) CHAPS, 1 mM TCEP |
グリッド | 詳細: Quantifoil Au R 0.6/1.0 or Au R 1.2/1.3, 300 mesh grids, blotted for 11-13 s at 4 deg C |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 手法: 11-13 s at 4 deg C |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2015年5月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 2332 / 平均電子線量: 40 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 105263 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 47000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | An initial model for the FATKIN was derived from 4JSV. A poly-ALA model was built into the remaining density (about half of the total). The full model was refined by Phenix real space, global minimization, 2-fold NCS, one B-factor per residue, secondary structure rstraints, ramachandran restraints |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-5fvm: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: C / Chain - #1 - Chain ID: D |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | An initial model for the Lst8 was derived from 4JSV. A poly-ALA model was adjusted to the density. The full model was refined by Phenix real space, global minimization, 2-fold NCS, one B-factor per residue, secondary structure rstraints, ramachandran restraints |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-5fvm: |