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万見
- EMDB-3306: Structure of human TFIID-IIA bound to core promoter DNA (locally-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3306
タイトルStructure of human TFIID-IIA bound to core promoter DNA (locally-refined lobe C)
マップデータLocally-refined lobe C of human TFIID bound to super core promoter DNA
試料
  • 試料: Lobe C of human TFIID-TFIIA complex bound to the downstream region of super core promoter DNA
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IID
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIA
  • DNA: Super core promoter
キーワードTFIID / TFIIA / transcription / RNA polymerase II / general transcription factors / preinitiation complex / core promoter / DNA binding
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å
データ登録者Louder RK / He Y / Lopez-Blanco JR / Fang J / Chacon P / Nogales E
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of promoter-bound TFIID and model of human pre-initiation complex assembly.
著者: Robert K Louder / Yuan He / José Ramón López-Blanco / Jie Fang / Pablo Chacón / Eva Nogales /
要旨: The general transcription factor IID (TFIID) plays a central role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription by nucleating pre-initiation complex (PIC) assembly at the ...The general transcription factor IID (TFIID) plays a central role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription by nucleating pre-initiation complex (PIC) assembly at the core promoter. TFIID comprises the TATA-binding protein (TBP) and 13 TBP-associated factors (TAF1-13), which specifically interact with a variety of core promoter DNA sequences. Here we present the structure of human TFIID in complex with TFIIA and core promoter DNA, determined by single-particle cryo-electron microscopy at sub-nanometre resolution. All core promoter elements are contacted by subunits of TFIID, with TAF1 and TAF2 mediating major interactions with the downstream promoter. TFIIA bridges the TBP-TATA complex with lobe B of TFIID. We also present the cryo-electron microscopy reconstruction of a fully assembled human TAF-less PIC. Superposition of common elements between the two structures provides novel insights into the general role of TFIID in promoter recognition, PIC assembly, and transcription initiation.
履歴
登録2016年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年2月3日-
マップ公開2016年3月30日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3306.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3306.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally-refined lobe C of human TFIID bound to super core promoter DNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 384 pix.
= 506.88 Å		1.32 Å/pix.
x 384 pix.
= 506.88 Å		1.32 Å/pix.
x 384 pix.
= 506.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.03581309 - 0.07569469
平均 (標準偏差)0.00005752 (±0.0011652)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 506.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z506.880506.880506.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-64
NX/NY/NZ6161129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0360.0760.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lobe C of human TFIID-TFIIA complex bound to the downstream regio...

全体名称: Lobe C of human TFIID-TFIIA complex bound to the downstream region of super core promoter DNA
要素
  • 試料: Lobe C of human TFIID-TFIIA complex bound to the downstream region of super core promoter DNA
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IID
  • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIA
  • DNA: Super core promoter

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超分子 #1000: Lobe C of human TFIID-TFIIA complex bound to the downstream regio...

超分子名称: Lobe C of human TFIID-TFIIA complex bound to the downstream region of super core promoter DNA
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: This reconstruction was obtained from a sample that contained the full TFIID, TFIIA, and super core promoter DNA, but TFIIA and parts of TFIID (lobes A and B) and promoter DNA (-40 to -5) ...詳細: This reconstruction was obtained from a sample that contained the full TFIID, TFIIA, and super core promoter DNA, but TFIIA and parts of TFIID (lobes A and B) and promoter DNA (-40 to -5) have been masked out in this reconstruction.
Number unique components: 3
分子量理論値: 1.34 MDa

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分子 #1: General transcription factor IID

分子名称: General transcription factor IID / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TFIID / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa / 別称: Human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear extract
分子量理論値: 1.26 MDa

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分子 #2: General transcription factor IIA

分子名称: General transcription factor IIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TFIIA / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 27 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: Super core promoter

分子名称: Super core promoter / タイプ: dna / ID: 3 / Name.synonym: SCP
詳細: The super core promoter is a composite sequence combining promoter motifs from several strong promoters from humans and D. melanogaster.
分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56 KDa
配列文字列:
GAAGGGCGCC TATAAAAGGG GGTGGGGGCG CGTTCGTCCT CAGTCGCGAT CGAACACTCG AGCCGAGCAG ACGTGCCTAC GGACCATGG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
詳細: 10 mM HEPES, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl, 3% trehalose 1 mM DTT, 0.0125% NP-40
グリッド詳細: Amorphous continuous carbon over C-flat holey carbon support (4 um holes with 2 um spacing) on 400 mesh copper grid.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Incubate 4 ul of sample on grid for 10 minutes, then blot for 4 seconds with force 15.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
詳細The camera was operated in counting mode with a dose rate of 8 electrons/pixel per second, with a total exposure time of 10 seconds fractionated over 20 frames.
日付2014年8月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1253
詳細: Whole-micrograph drift correction was performed using MotionCorr before averaging the frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37879 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Final rounds of 3D image classification and refinement were performed within a mask around the lobe C of TFIID and bound downstream promoter DNA.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND4, RELION, Bsoft
詳細: After whole micrograph drift correction, per-particle beam-induced motion and radiation damage were corrected using the particle polishing procedure within RELION. Final map was filtered ...詳細: After whole micrograph drift correction, per-particle beam-induced motion and radiation damage were corrected using the particle polishing procedure within RELION. Final map was filtered according to local resolution using Bsoft.
使用した粒子像数: 28448
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4rgw

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

4atg

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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